genome.fa.s302.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold302
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  555664

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131672--131902	116	2.0	116	93	0	390	28	11	19	40	1.87
139202--139233	15	2.1	15	94	0	55	53	6	31	9	1.58
139396--139499	16	6.2	16	73	7	73	44	12	17	25	1.84
139461--139499	8	4.9	8	93	0	69	41	12	20	25	1.88
140965--140998	2	17.0	2	87	0	50	44	0	2	52	1.16
144116--144152	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
151568--151593	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
151576--151613	20	1.9	20	88	0	58	42	18	7	31	1.79
151548--151614	33	2.0	32	86	11	91	35	17	10	35	1.85
151644--151670	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
152213--152259	19	2.7	17	78	15	60	31	34	2	31	1.70
152223--152263	19	2.2	19	95	0	73	26	36	2	34	1.70
160283--160349	33	2.0	32	86	11	91	34	17	11	35	1.87
160379--160405	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
164011--164042	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
166764--166810	20	2.3	21	82	10	62	42	10	14	31	1.80
171320--171429	52	2.1	52	93	0	184	31	17	12	38	1.87
171457--171481	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171526--171611	32	2.7	32	88	0	136	38	17	11	32	1.86
172932--172957	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
172912--172975	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
172912--172975	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173005--173079	20	3.7	20	83	5	80	29	17	14	38	1.89
175504--175541	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
179513--179659	52	2.8	51	87	4	213	31	17	17	34	1.93
179715--179781	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
179737--179761	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
180140--180170	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
184248--184273	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
184228--184291	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
184228--184291	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
184971--185415	49	9.4	48	75	11	407	32	18	24	24	1.97
185147--185404	43	5.7	43	77	10	255	31	19	24	25	1.98
184987--185415	92	4.6	92	89	3	581	32	18	24	24	1.97
185405--185556	32	4.9	31	82	7	175	30	17	27	24	1.97
193784--193913	52	2.5	52	89	0	206	31	18	15	34	1.92
193784--193934	52	2.9	52	87	2	187	32	17	15	34	1.92
200363--200402	13	3.1	13	88	0	62	32	17	15	35	1.91
206022--206059	20	1.9	20	100	0	76	31	15	10	42	1.81
209515--209548	17	2.0	17	94	0	59	38	29	8	23	1.85
214943--214967	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
217277--217305	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
220377--220429	3	17.0	3	84	7	70	66	0	3	30	1.10
221334--221372	12	3.2	12	85	3	51	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221322--221399	25	3.1	25	73	12	70	39	0	1	58	1.06
221337--221382	21	2.2	20	80	3	56	34	0	0	65	0.93
221433--221476	22	2.0	23	86	13	65	25	4	9	61	1.45
222338--222376	2	20.5	2	89	10	64	48	0	0	51	1.00
227343--227395	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
227456--227481	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
227436--227503	33	2.1	33	94	2	120	33	20	13	32	1.91
233614--233651	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
236084--236108	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
236096--236148	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
236198--236223	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
236178--236244	33	2.1	32	91	2	107	34	19	11	34	1.88
237716--238075	52	7.1	52	78	8	233	33	15	25	25	1.95
237732--238075	49	6.8	49	80	6	303	32	15	25	25	1.96
237834--238083	101	2.5	101	85	3	312	33	16	25	24	1.96
238092--238275	27	6.6	29	81	10	197	19	16	30	33	1.93
238658--238748	37	2.5	37	96	3	168	43	13	16	26	1.84
239770--239816	8	5.9	8	78	14	53	0	4	12	82	0.80
249439--249490	28	1.9	27	85	14	72	30	21	23	25	1.99
249339--249487	79	1.9	79	84	0	199	34	12	24	28	1.92
249322--249502	79	2.3	79	73	7	177	34	13	23	29	1.92
249474--249588	51	2.3	51	81	6	126	32	12	26	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249576--249650	28	2.7	28	82	10	91	25	16	32	26	1.96
249646--249798	51	3.0	49	81	7	164	34	12	24	28	1.92
249656--249798	50	2.9	49	85	5	180	34	11	24	28	1.91
249730--249875	79	1.8	79	83	2	195	34	14	23	27	1.94
252243--252298	20	2.8	20	94	0	94	44	16	12	26	1.83
253316--253343	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
253393--253448	19	2.9	19	86	2	67	35	17	14	32	1.90
253433--253459	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
254003--254076	22	3.5	22	67	14	66	27	29	2	40	1.70
254828--254856	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
259410--259458	3	16.3	3	100	0	98	32	34	0	32	1.58
261052--261100	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
261150--261205	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
261190--261216	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
263126--263155	6	5.2	6	92	8	53	66	0	0	33	0.92
263220--263413	62	3.1	62	91	0	307	22	19	15	42	1.89
263769--263837	33	2.1	33	88	0	102	47	10	21	20	1.79
263997--264056	24	2.5	24	97	2	113	58	0	38	3	1.15
267672--267716	21	2.1	21	88	8	65	42	2	4	51	1.34
268971--269005	14	2.4	14	90	9	52	0	5	5	88	0.63
274345--274379	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
283913--283954	3	14.0	3	94	0	75	33	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284777--284835	26	2.3	26	77	13	68	15	6	6	71	1.29
284708--284961	141	1.8	141	93	1	447	18	7	4	68	1.31
284817--284885	7	8.4	8	71	28	56	21	4	1	72	1.10
288165--288220	20	2.7	20	88	5	76	41	12	17	28	1.86
288165--288243	20	3.8	20	78	6	68	37	10	15	36	1.81
288002--288281	133	2.1	133	94	0	488	34	13	18	33	1.90
288267--288294	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
289100--289399	29	10.1	30	81	4	315	24	29	16	29	1.97
289100--289421	59	5.4	60	81	5	352	24	28	17	29	1.97
289108--289395	88	3.2	88	84	7	352	25	28	17	28	1.97
289402--290069	32	21.5	31	71	16	415	24	26	11	37	1.89
289371--290076	62	11.4	62	73	13	358	24	26	11	37	1.90
289096--289492	30	13.4	29	77	10	245	24	27	16	31	1.96
289397--289771	94	4.0	92	76	13	313	23	26	11	38	1.89
289586--289818	121	1.9	122	86	6	330	23	27	12	37	1.90
290078--290157	30	2.7	30	94	0	133	27	33	18	20	1.96
290144--290957	28	28.8	28	80	5	769	29	29	17	23	1.97
291066--291326	52	5.0	51	75	10	206	24	23	15	36	1.94
291955--292001	20	2.3	21	85	10	62	44	10	19	25	1.82
293916--294278	181	2.0	181	94	0	636	30	17	11	39	1.86
297676--297812	50	2.7	51	86	1	186	45	12	12	29	1.78
297869--297941	20	3.8	20	78	14	89	28	17	13	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298617--298903	80	3.6	78	80	5	303	37	6	25	30	1.82
301987--302336	66	5.4	65	77	8	297	34	16	21	26	1.95
302239--302458	76	3.1	68	77	11	217	35	15	23	26	1.94
301981--302336	129	2.8	128	73	13	334	35	16	21	26	1.95
302284--302425	76	1.9	77	90	1	232	33	15	25	25	1.95
307010--307037	6	4.7	6	100	0	56	71	0	0	28	0.86
307050--307149	14	8.2	14	62	28	50	41	6	33	20	1.76
307045--307284	35	6.9	35	98	0	462	42	5	32	20	1.76
308378--309413	79	13.1	79	90	0	1574	27	25	14	33	1.94
320416--320444	10	3.0	10	95	5	51	82	10	0	6	0.83

Tables:   1   2   3   4