genome.fa.s314.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold314
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  443445

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 338 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911--949	13	3.0	13	88	0	60	30	20	17	30	1.96
3782--3812	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
7875--7900	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7960--8032	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
7939--8015	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
7939--8032	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
9417--9586	84	2.0	85	96	1	315	30	17	17	34	1.93
10163--10192	12	2.5	12	94	0	51	93	3	0	3	0.42
11472--11820	60	5.7	61	80	7	348	25	23	18	33	1.97
11472--11794	120	2.6	121	81	8	393	26	23	18	31	1.97
13896--13945	20	2.4	21	90	3	75	40	12	18	30	1.86
16473--16932	158	2.9	158	80	4	441	28	23	10	36	1.89
16575--16971	79	5.1	79	77	10	318	29	23	10	35	1.89
22449--22478	14	2.2	14	94	5	53	60	13	20	6	1.55
27920--28660	35	21.4	35	78	3	656	22	20	12	44	1.84
29929--30416	167	2.9	167	84	5	562	30	9	7	52	1.61
31811--32426	134	4.4	142	82	11	659	36	9	10	43	1.72
35883--35936	13	4.3	12	76	15	56	66	0	0	33	0.92
35883--35930	19	2.5	20	81	18	59	66	0	0	33	0.92
36164--36194	16	1.9	16	93	0	53	70	19	0	9	1.14
42544--42606	29	2.3	26	81	10	74	38	1	0	60	1.07
43913--43943	15	2.1	15	93	0	53	70	0	3	25	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46873--46949	36	2.2	35	90	2	118	15	18	12	53	1.73
50228--50280	19	2.7	19	88	2	70	39	13	15	32	1.85
52950--52989	21	1.9	21	89	0	62	57	22	2	17	1.52
55080--55123	21	2.0	21	86	4	61	36	13	11	38	1.81
55087--55141	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
55172--55236	13	5.0	13	90	0	103	32	12	13	41	1.82
55172--55236	26	2.5	26	97	0	121	32	12	13	41	1.82
57593--57729	52	2.6	52	80	10	154	30	25	10	32	1.90
57737--57959	52	4.4	51	82	2	250	30	25	11	32	1.91
57942--58013	28	2.6	28	86	0	90	26	29	18	26	1.98
57893--58102	107	2.0	108	84	6	284	27	26	13	32	1.94
59173--59197	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59260--59284	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
59293--59413	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
66323--66368	7	7.1	7	80	14	55	86	13	0	0	0.56
66323--66371	24	2.0	24	92	0	80	87	12	0	0	0.54
66610--66648	16	2.4	16	91	0	60	84	7	7	0	0.77
66627--66652	9	2.9	9	100	0	52	88	0	11	0	0.52
67574--67709	31	4.5	31	78	9	145	25	32	16	25	1.96
67637--67690	27	2.0	27	88	0	81	22	33	16	27	1.95
67658--68298	33	19.0	33	81	12	628	20	33	12	33	1.90
67606--67723	60	2.0	58	85	3	155	22	33	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68036--68095	27	2.2	27	84	0	75	20	36	15	28	1.92
68300--68475	31	5.5	32	89	6	243	28	38	17	15	1.90
68300--68475	64	2.8	62	86	6	228	28	38	17	15	1.90
68468--69335	49	17.7	49	86	5	1175	24	26	17	31	1.97
68468--69335	150	5.9	148	89	4	1208	24	26	17	31	1.97
68468--69505	199	5.2	198	85	8	1316	24	26	16	32	1.96
69065--69335	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
69249--69386	52	2.6	52	82	3	159	25	23	15	34	1.95
69249--69643	171	2.3	171	93	1	673	24	24	14	36	1.93
70442--70508	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
70462--70486	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
70549--70573	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70582--70702	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
77609--77653	7	6.1	7	80	10	54	86	13	0	0	0.57
77609--77656	24	2.0	23	92	4	78	87	12	0	0	0.54
77912--77936	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
77895--77926	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
77896--77933	16	2.4	16	86	8	51	86	5	7	0	0.69
77896--77938	9	4.9	9	80	5	52	86	4	9	0	0.71
78860--78942	31	2.7	31	92	0	130	28	31	18	21	1.97
78923--78976	27	2.0	27	88	0	81	22	33	16	27	1.95
78944--79625	33	20.0	33	80	13	611	20	33	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78944--79625	140	5.0	137	81	10	701	20	33	12	33	1.90
79363--79422	27	2.2	27	84	0	75	20	36	15	28	1.92
79627--79802	31	5.5	32	89	6	243	28	38	17	15	1.90
79627--79802	64	2.8	62	86	6	228	28	38	17	15	1.90
79795--80760	49	19.7	49	87	5	1335	24	26	17	31	1.97
79795--80826	199	5.2	196	87	5	1431	24	26	16	32	1.96
79795--80759	248	3.9	248	94	2	1591	24	26	17	32	1.97
80490--80760	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
80674--80811	52	2.6	52	82	3	159	25	23	15	34	1.95
80674--81068	171	2.3	171	93	1	673	24	24	14	36	1.93
81867--81933	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
81887--81911	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
81974--81998	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82007--82127	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
89558--89734	72	2.5	72	96	0	318	36	16	14	33	1.89
89702--89757	20	2.8	21	82	12	73	39	19	8	32	1.83
89785--89856	20	3.7	19	83	3	72	38	16	15	29	1.89
89804--89856	19	2.7	19	88	2	70	39	16	16	26	1.91
90279--90314	18	2.0	18	88	0	54	47	8	0	44	1.33
91434--91460	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
91711--91823	30	3.9	27	75	19	88	43	0	0	56	0.99
91704--91828	55	2.2	57	83	10	152	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91730--91810	18	4.4	18	68	24	53	43	0	0	56	0.99
91704--91841	57	2.4	55	77	17	140	39	0	0	59	1.03
98296--98427	42	3.1	42	85	2	158	45	2	43	8	1.46
109504--109536	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
120293--120344	12	4.2	12	77	18	52	78	1	1	17	0.93
120292--120351	25	2.5	24	78	7	59	75	1	1	21	0.99
120424--120534	57	1.9	57	90	0	177	23	18	13	44	1.86
120668--120744	38	2.0	38	87	0	109	45	18	20	15	1.85
121119--121173	20	2.8	20	82	0	65	23	14	16	45	1.84
123465--123772	79	3.9	78	79	5	289	27	24	14	33	1.94
137167--137844	61	11.0	62	89	3	953	25	25	19	29	1.98
137167--137868	123	5.7	122	88	3	971	24	26	19	29	1.99
140214--140271	24	2.3	27	85	8	77	74	1	1	22	1.01
140344--140454	57	1.9	57	92	0	186	22	18	14	44	1.86
140584--140664	38	2.2	38	88	2	119	45	16	22	16	1.85
141035--141064	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
143400--143586	78	2.4	77	82	4	239	26	24	12	35	1.92
145482--145546	23	2.8	23	76	4	69	63	20	10	6	1.48
151178--151220	21	2.0	21	86	0	59	27	18	25	27	1.98
153100--153190	4	22.5	4	87	1	56	37	31	5	25	1.79
153100--153190	12	7.5	12	77	6	67	37	31	5	25	1.79
154080--154206	65	2.0	65	96	0	236	34	15	18	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157406--157502	20	4.8	20	79	9	88	40	11	12	36	1.79
157406--157480	20	3.7	20	87	3	96	44	10	13	32	1.78
159814--159861	15	3.1	16	79	11	55	20	2	2	75	1.02
173581--173930	74	4.8	72	77	5	314	55	11	1	31	1.46
174030--174307	74	3.8	73	76	7	226	53	11	2	31	1.51
173658--174379	376	1.9	380	82	4	915	53	12	2	31	1.50
174453--174596	69	2.1	71	85	5	195	55	10	2	31	1.45
174643--174668	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
174668--174702	6	5.7	6	96	3	61	48	2	0	48	1.16
174959--175006	23	2.0	23	84	11	62	41	0	4	54	1.20

Tables:   1   2   3