genome.fa.s314.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold314
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  443445

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 338 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175357--175389	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
175824--175865	21	2.0	21	90	0	66	40	2	0	57	1.12
179401--179453	19	2.7	19	73	23	56	62	0	0	37	0.96
179407--179470	19	3.2	19	75	16	67	57	0	0	42	0.98
180253--180325	29	2.5	29	84	0	101	61	8	1	28	1.33
180521--180577	29	2.0	28	93	3	96	21	10	19	49	1.78
185153--185197	24	1.9	24	90	4	74	20	6	26	46	1.75
185671--185703	12	2.7	13	86	13	52	18	0	6	75	1.00
185671--185717	24	1.9	24	82	4	58	23	0	6	70	1.10
188863--189045	34	5.4	34	86	0	251	26	7	26	39	1.83
189352--189414	19	3.3	19	86	0	81	28	17	17	36	1.93
193480--193664	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
194655--194706	21	2.5	19	80	17	59	59	1	0	38	1.08
194654--194714	23	2.6	24	80	19	67	59	3	0	37	1.14
195759--195788	16	1.9	15	93	6	51	30	0	10	60	1.30
195982--196040	16	3.8	16	84	8	77	42	1	1	54	1.20
195997--196045	14	3.4	14	83	13	55	42	0	2	55	1.11
196164--196212	14	3.5	14	78	10	55	36	2	6	55	1.37
196325--196402	31	2.8	27	73	17	70	53	1	1	43	1.16
196507--196591	34	2.5	35	83	12	90	51	1	1	45	1.16
196522--196611	34	2.7	33	81	11	103	50	0	1	48	1.08
196369--196672	111	2.9	101	79	13	319	53	1	0	44	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196612--196688	22	3.5	21	73	19	59	58	3	1	36	1.25
197072--197118	20	2.5	19	80	10	60	40	0	2	57	1.11
196924--197245	115	2.8	113	80	11	322	42	2	0	54	1.17
196955--197283	116	2.9	115	77	14	328	42	1	0	55	1.15
197898--197942	12	4.1	11	86	13	58	68	0	2	28	1.01
198901--198934	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
200159--200191	16	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
219147--219172	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
219870--219913	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
221721--221746	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
223805--223835	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
227887--227912	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
234064--234160	19	5.7	19	70	27	92	35	19	12	32	1.89
234059--234159	32	3.1	32	97	1	184	34	19	11	33	1.89
234083--234139	13	3.9	13	74	24	51	33	19	14	33	1.91
236136--236240	52	2.0	52	83	0	129	20	20	20	39	1.93
236140--236253	52	2.2	52	79	0	120	22	19	18	39	1.92
236658--236891	32	7.4	32	84	1	267	30	29	17	21	1.97
236891--237056	57	2.9	57	84	0	224	27	23	13	36	1.92
237021--237521	52	9.7	51	79	3	435	23	22	16	37	1.93
237021--237488	104	4.5	104	82	2	521	23	22	15	38	1.93
237022--237521	156	3.2	154	78	3	509	23	22	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239472--239764	146	2.0	147	97	0	561	25	15	12	45	1.82
240891--240951	27	2.2	27	85	5	77	24	19	11	44	1.84
240927--241106	97	1.9	97	83	2	236	31	20	11	37	1.88
243283--243637	153	2.3	151	78	8	362	40	15	15	29	1.88
245433--245690	124	2.1	124	96	1	473	46	6	9	36	1.63
247608--247792	97	1.9	96	83	5	239	37	10	23	28	1.88
250139--250330	31	6.2	31	97	0	357	36	20	19	23	1.95
254676--254871	41	4.9	39	75	9	162	46	13	22	17	1.83
254698--254852	82	1.9	79	81	6	186	45	13	22	18	1.85
254894--255391	105	4.7	104	72	9	339	43	14	20	21	1.87
255233--255487	110	2.3	110	81	4	282	40	14	22	21	1.90
256848--257387	79	6.9	78	79	7	436	36	14	22	27	1.92
256860--257387	157	3.4	155	82	7	559	37	13	22	27	1.91
256860--257387	236	2.2	237	81	5	611	37	13	22	27	1.91
256848--257387	158	3.4	157	82	6	619	36	14	22	27	1.92
262529--262555	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
267982--268152	34	5.1	34	79	3	157	26	26	10	36	1.89
268126--268299	27	6.4	27	85	2	195	25	32	13	29	1.93
268133--268288	55	2.9	54	86	2	206	23	32	13	30	1.93
268144--268312	82	2.1	81	83	6	207	24	33	13	28	1.93
268386--268759	32	11.7	32	78	6	364	29	30	18	22	1.97
268386--268759	64	5.8	64	86	3	434	29	30	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268768--268981	52	3.9	52	72	10	167	25	21	15	38	1.92
268768--269006	113	2.1	113	86	0	325	24	22	14	38	1.92
273042--273080	16	2.4	16	91	0	60	28	5	25	41	1.77
274825--274859	17	2.1	17	100	0	70	28	22	17	31	1.96
275370--275842	79	6.0	79	80	2	481	36	10	23	28	1.89
277683--277728	24	1.9	24	82	8	58	21	4	43	30	1.72
278908--279652	61	12.3	59	80	6	726	29	17	25	27	1.97
278908--279645	120	6.1	120	85	2	868	29	17	25	27	1.98
288803--288847	23	1.9	24	90	4	74	4	8	26	60	1.46
288803--288865	25	2.6	24	85	5	74	3	7	26	61	1.39
288803--288847	12	3.8	12	85	5	65	4	8	26	60	1.46
290421--290493	20	3.7	19	83	7	76	30	16	15	38	1.89
290543--290568	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
290523--290587	33	2.0	33	87	0	94	36	15	16	30	1.90
290628--290680	20	2.7	20	93	0	88	32	13	16	37	1.88
295787--295813	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
296381--296508	28	4.9	26	65	22	63	32	21	7	38	1.82
296384--296546	76	2.1	77	89	1	247	33	22	6	38	1.80
301174--301238	33	2.0	33	87	0	94	36	15	15	32	1.89
302171--302547	189	2.0	189	92	1	630	37	16	18	27	1.92
302762--303911	42	27.3	41	72	5	393	37	17	25	18	1.93
302762--303932	84	13.9	83	75	6	615	38	17	25	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302751--303911	126	9.2	124	74	7	498	37	17	25	18	1.93
304035--304190	43	3.6	43	82	9	167	41	14	22	21	1.89
304254--304352	42	2.4	42	94	0	171	36	15	26	22	1.93
304254--304377	42	2.9	42	87	3	124	39	15	25	19	1.91
305652--305708	21	2.8	21	75	17	57	14	7	1	77	1.06
310240--310287	21	2.3	20	82	6	60	43	16	16	22	1.87
311136--311264	52	2.5	52	93	0	213	28	17	17	35	1.93
311359--311383	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
311338--311402	32	2.0	32	93	0	112	36	15	12	35	1.85
311340--311423	19	4.7	19	78	18	99	36	16	11	34	1.86
312172--312901	43	16.0	43	80	12	780	31	17	24	26	1.97
312172--312901	92	8.0	87	90	4	822	31	17	24	26	1.97
312286--312353	22	3.1	21	66	26	52	30	17	25	26	1.97
312172--312855	135	5.0	134	83	9	843	31	17	24	26	1.97
312675--312742	21	3.2	21	63	19	50	29	16	27	26	1.97
312894--313193	32	9.3	32	86	5	365	19	18	33	29	1.95
312894--313193	65	4.6	64	84	6	383	19	18	33	29	1.95
312894--313197	97	3.1	96	85	5	389	20	17	32	29	1.95
313187--313583	34	12.0	33	82	7	418	35	12	32	19	1.89
313189--313588	67	6.1	68	83	9	445	35	12	31	20	1.90
313265--313324	27	2.2	27	84	0	75	31	13	35	20	1.91
313187--313626	100	4.5	99	84	8	472	35	12	31	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313335--313743	67	6.3	63	83	7	331	33	14	29	21	1.93
313523--313774	94	2.7	93	82	6	276	34	16	27	22	1.95
313391--313779	34	12.2	31	81	8	246	34	14	29	21	1.93
313563--313779	62	3.5	60	79	7	222	32	17	28	22	1.96
313468--313776	32	9.8	30	79	8	174	33	15	28	22	1.95
315037--315099	28	2.3	27	86	5	90	3	7	7	80	0.99
315048--315103	16	3.8	16	70	15	57	5	8	5	80	1.02
319645--319671	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
319712--319736	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
319725--319869	52	2.8	50	85	6	200	35	19	16	28	1.94

Tables:   1   2   3