genome.fa.s316.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold316
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  597962

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164965--165005	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
169205--169413	104	2.0	104	98	0	400	33	17	18	31	1.94
170266--170351	29	2.9	30	70	8	86	44	2	2	51	1.27
174437--174492	22	2.7	21	83	8	71	35	7	3	53	1.46
174602--174644	22	2.0	22	86	9	61	37	6	2	53	1.41
174694--174725	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
175012--175078	15	4.3	15	76	12	64	35	0	7	56	1.27
175020--175082	15	4.2	15	78	13	67	31	0	7	60	1.26
177208--177288	39	2.0	40	92	2	137	40	4	2	51	1.37
177316--177353	16	2.3	17	90	4	60	28	2	0	68	1.03
180152--180218	28	2.4	29	80	14	70	38	1	2	56	1.24
188964--189108	74	2.0	72	83	5	184	37	7	24	29	1.83
192999--193030	16	2.0	16	93	0	55	18	0	3	78	0.89
195233--196023	42	18.9	42	79	4	643	38	18	31	11	1.87
195251--196023	84	9.2	84	81	4	747	38	18	31	11	1.87
195322--196022	211	3.3	209	82	4	852	38	18	31	10	1.85
208664--208704	18	2.5	15	85	14	55	19	0	2	78	0.87
210727--210770	20	2.2	20	91	0	70	29	6	13	50	1.68
210737--210777	20	2.0	20	90	0	64	34	12	9	43	1.75
215425--215463	20	2.0	20	84	0	51	30	15	10	43	1.80
217971--218023	17	3.2	16	82	10	63	81	1	16	0	0.79
217974--218022	21	2.5	19	83	9	62	81	2	16	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217971--218023	25	2.2	24	86	3	70	81	1	16	0	0.79
222486--222544	13	4.6	13	75	12	68	40	0	0	59	0.97
225280--225317	19	2.1	19	85	5	51	44	5	2	47	1.39
225433--225466	17	2.0	17	88	0	50	52	8	0	38	1.33
225683--225729	13	3.8	12	80	8	58	40	0	2	57	1.11
225691--225737	25	1.9	24	91	4	76	40	0	2	57	1.11
226296--226335	20	2.1	19	90	4	62	57	2	2	37	1.26
227933--227984	20	2.6	19	75	19	52	28	19	3	48	1.66
229166--229232	17	3.7	17	72	20	64	44	1	2	50	1.26
229163--229233	20	3.7	21	73	19	73	46	1	2	49	1.25
229160--229233	37	2.0	37	94	0	130	47	1	2	48	1.24
229318--229378	27	2.3	27	81	10	74	47	1	0	50	1.10
230785--230834	10	5.3	10	74	13	52	44	0	0	56	0.99
230779--230853	27	2.9	27	84	7	93	49	0	0	50	1.00
230785--230844	15	4.1	16	77	20	60	46	0	0	53	1.00
231331--231366	3	12.0	3	87	0	54	63	5	0	30	1.17
232974--233005	7	4.6	7	96	0	55	84	0	0	15	0.63
236011--236083	2	36.5	2	75	15	62	45	2	4	47	1.36
238150--238201	2	26.0	2	86	0	50	55	5	0	38	1.24
238740--238772	2	16.5	2	93	0	57	45	3	0	51	1.16
238781--238810	13	2.3	13	94	0	51	46	10	13	30	1.75
238877--238929	3	17.7	3	96	0	88	66	3	0	30	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240579--240641	12	4.8	13	71	19	51	55	0	1	42	1.09
242215--242249	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
242670--242720	15	3.1	17	75	13	52	54	0	0	45	0.99
244581--244645	35	1.9	33	81	12	78	40	1	0	58	1.07
244594--244658	20	3.2	20	78	12	60	43	1	0	55	1.09
244618--244663	20	2.4	19	82	10	58	45	0	0	54	0.99
244629--244717	34	2.7	33	77	18	96	46	1	0	52	1.07
244580--244720	34	4.2	32	70	21	94	43	1	0	55	1.08
246213--246277	32	2.0	32	100	0	130	35	9	18	36	1.83
247272--247296	7	3.6	7	100	0	50	88	12	0	0	0.53
247695--247724	15	1.9	16	93	6	53	30	6	0	63	1.20
256513--256642	66	2.0	66	84	3	172	46	17	19	16	1.85
260806--260905	50	2.0	50	83	11	127	46	0	0	54	1.00
262010--262070	3	20.7	3	88	3	88	62	0	3	34	1.12
262384--262443	8	7.9	8	75	14	56	38	0	0	61	0.96
264926--265493	172	3.3	171	74	12	428	47	5	6	41	1.53
265584--265647	29	2.2	29	85	0	92	51	3	0	45	1.17
267072--267109	19	2.1	19	85	9	53	60	0	5	34	1.19
267193--267226	15	2.3	15	89	0	50	35	0	5	58	1.22
268481--268511	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
269821--269877	15	3.8	15	70	29	50	64	0	1	33	1.04
269928--269974	11	4.3	11	76	10	51	46	4	2	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270979--271017	20	1.9	21	94	5	71	46	0	0	53	1.00
271830--271884	26	2.1	26	89	0	83	38	7	16	38	1.76
272282--272316	13	2.6	13	90	4	52	57	5	0	37	1.23
277211--277284	21	3.5	20	83	3	85	36	25	2	35	1.71
280565--280624	21	2.9	21	80	5	68	36	15	1	46	1.55
283567--283605	11	3.5	11	86	13	53	56	0	0	43	0.99
283621--283759	73	1.9	74	86	4	201	49	0	3	46	1.24
288587--288660	20	3.6	20	85	7	69	31	14	12	41	1.83
288606--288660	20	2.7	20	88	8	76	30	14	10	43	1.80
290614--291086	28	17.0	28	77	6	444	24	17	28	28	1.98
290581--290890	56	5.4	56	80	8	261	24	18	29	27	1.98
308282--308441	40	3.8	40	76	15	158	40	13	14	31	1.84
308322--308505	50	3.9	50	75	13	208	41	11	16	29	1.84
308282--308495	90	2.4	90	95	0	383	40	12	15	30	1.85
308282--308495	20	9.7	20	70	18	131	40	12	15	30	1.85
308834--308876	20	2.2	20	84	12	54	60	13	9	16	1.58
309639--309663	13	1.9	13	100	0	50	64	12	0	24	1.27
314165--314219	19	2.9	19	76	15	60	63	0	0	36	0.95
314161--314284	18	6.6	18	64	15	54	64	4	0	30	1.17
314244--314342	26	3.8	25	74	13	85	67	6	1	25	1.19
314255--314342	42	2.1	43	83	10	110	68	4	1	26	1.16
314998--315111	9	12.6	9	70	21	62	24	0	2	71	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315025--315097	20	3.8	20	75	18	64	27	0	2	69	1.02
315025--315097	18	3.8	19	75	14	69	27	0	2	69	1.02
314978--315128	26	5.5	25	74	18	99	25	1	3	69	1.11
315023--315128	9	11.3	9	69	17	56	25	0	1	71	1.02
315078--315131	14	3.9	14	75	24	60	29	1	0	68	1.00
315053--315128	27	2.8	26	84	7	98	23	1	1	73	0.98
315628--315681	15	3.6	15	80	14	58	62	1	1	33	1.16
315656--315773	10	11.8	10	74	7	69	50	0	2	45	1.21
315656--315721	19	3.3	19	69	10	51	53	0	3	43	1.16
315734--315773	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
316542--316576	16	2.1	17	89	5	54	37	2	0	60	1.12
319509--319552	22	2.0	22	81	0	52	47	2	2	47	1.27
327427--327473	16	3.1	16	79	17	55	70	10	14	4	1.31
328585--328984	27	14.7	27	84	4	493	23	32	15	28	1.95
328585--328981	108	3.7	109	90	2	577	23	32	15	28	1.95
328983--329471	28	17.1	28	86	4	559	29	29	18	22	1.97
329093--329228	32	4.4	32	86	7	158	31	30	16	22	1.95
329576--329724	48	3.1	47	93	1	235	20	29	15	34	1.93
329576--329744	48	3.6	47	90	1	230	20	27	15	35	1.94
330396--330449	24	2.2	24	90	0	81	55	3	31	9	1.49
330404--330455	24	2.1	24	92	3	86	42	3	42	11	1.59
334962--334991	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335026--335068	14	3.2	13	80	9	50	58	2	0	39	1.11
335404--335495	18	5.3	18	73	8	84	35	10	9	43	1.73
340269--340365	18	5.4	18	81	1	106	41	8	7	43	1.62
340348--340408	16	3.9	15	77	10	59	39	6	8	45	1.60
340348--340408	32	1.9	32	86	0	86	39	6	8	45	1.60
341197--341257	28	2.2	28	93	0	104	52	0	0	47	1.00
341433--341515	19	4.2	19	74	17	69	53	0	1	45	1.08
341422--341505	45	1.9	43	83	9	107	55	0	1	42	1.07
341699--341763	31	2.1	31	86	8	89	44	3	6	46	1.44
341711--341831	51	2.4	49	77	11	131	39	2	3	54	1.30

Tables:   1   2   3   4   5