genome.fa.s316.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold316
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  597962

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1419--1448	5	6.0	5	92	0	51	80	0	16	3	0.85
1670--1704	16	2.2	16	89	0	52	11	0	5	82	0.82
2660--2767	44	2.5	42	83	10	135	35	14	13	36	1.86
14427--14487	24	2.5	24	76	5	61	72	0	21	6	1.07
14837--14880	23	2.0	23	82	13	56	20	2	2	75	1.03
22296--22841	27	20.0	27	91	2	860	22	34	14	28	1.94
22296--22841	164	3.3	163	92	3	893	22	34	14	28	1.94
22824--23767	32	29.8	32	93	3	1545	31	33	19	15	1.93
28441--28491	20	2.6	19	78	3	57	52	1	3	41	1.31
28500--28545	14	3.3	14	87	9	67	36	0	6	56	1.25
29108--29158	23	2.2	24	85	3	68	43	1	0	54	1.11
29354--29403	25	1.9	27	84	8	68	52	0	2	46	1.12
29854--29895	19	2.1	21	86	8	61	54	14	9	21	1.68
30183--30226	22	2.0	23	82	13	56	59	2	2	36	1.23
30507--31442	470	2.0	470	98	0	1818	31	17	16	34	1.92
32497--32543	22	2.1	23	84	4	60	25	21	10	42	1.85
35109--35204	39	2.4	40	85	5	122	30	17	27	25	1.97
35114--35204	42	2.3	39	86	5	119	31	16	26	25	1.96
35138--35216	42	2.0	40	82	7	97	29	16	27	26	1.97
39476--39573	50	2.0	50	100	0	196	37	22	6	33	1.79
45232--45266	16	2.2	16	89	0	52	57	2	0	40	1.14
45937--45978	16	2.5	17	74	18	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46084--46114	16	1.9	16	93	0	53	45	19	3	32	1.66
48895--48950	20	2.8	20	86	5	78	41	16	14	28	1.87
52058--52245	52	3.7	52	81	5	213	43	12	15	28	1.84
52061--52245	101	1.8	104	83	3	250	43	12	15	28	1.83
52423--53208	392	2.0	391	97	0	1493	30	20	12	35	1.90
59876--59946	27	2.7	27	91	2	108	23	35	19	21	1.96
66198--66287	33	2.6	34	89	3	128	25	27	8	37	1.86
66269--66780	27	18.7	27	80	3	477	24	30	14	31	1.95
66269--66780	55	9.3	55	80	4	466	24	30	14	31	1.95
66271--66815	82	6.7	81	80	4	522	24	29	14	31	1.95
66682--66810	27	4.8	27	79	4	82	24	24	13	38	1.90
66809--67189	28	13.6	28	91	1	566	30	28	17	23	1.97
70275--70400	52	2.4	52	91	0	225	26	19	17	36	1.94
70409--70433	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
70492--70537	19	2.4	19	92	0	83	43	17	10	28	1.82
70769--71453	28	24.0	28	85	6	858	30	29	16	23	1.96
81527--81589	30	2.1	30	90	0	99	12	41	0	46	1.42
81483--81577	42	2.3	42	83	3	120	13	42	1	43	1.51
84132--84170	20	2.0	20	94	0	69	35	25	12	25	1.92
84783--84836	20	2.7	19	85	8	63	37	11	18	33	1.86
87579--87655	20	3.5	20	77	17	82	41	10	11	36	1.76
90269--90308	21	1.9	21	85	10	55	40	12	20	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93659--93970	79	4.0	79	82	7	350	29	25	12	33	1.92
93659--93949	157	1.9	157	86	5	419	29	24	11	34	1.90
93929--93998	28	2.5	28	86	4	97	24	25	20	30	1.99
93798--94156	186	1.9	186	83	5	458	28	24	13	33	1.93
93955--94410	79	5.8	79	80	5	463	27	22	13	35	1.92
93851--94079	107	2.1	107	83	6	295	27	26	14	31	1.95
93691--94237	265	2.1	264	84	3	708	28	23	13	34	1.93
93963--94392	237	1.8	237	82	4	562	27	23	13	35	1.92
96235--96279	23	1.9	24	90	4	74	53	8	4	33	1.52
97733--97773	21	2.0	21	85	9	57	34	21	4	39	1.75
102899--102938	13	2.7	15	81	18	57	55	0	0	45	0.99
102897--102960	28	2.2	29	83	2	85	50	1	1	46	1.20
103105--103642	171	3.2	164	82	7	578	43	7	3	44	1.50
103748--104174	174	2.5	175	80	8	462	45	5	5	44	1.49
104306--104343	13	2.6	15	84	16	53	47	0	0	52	1.00
112262--112304	15	2.9	15	77	16	54	41	0	0	58	0.98
112265--112315	17	3.2	16	83	8	59	35	0	1	62	1.06
112265--112315	8	6.4	8	82	8	59	35	0	1	62	1.06
112566--112610	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
113458--113499	20	2.1	20	82	8	50	54	9	0	35	1.33
113468--113530	26	2.5	26	75	19	62	60	6	0	33	1.22
114536--114566	16	1.9	16	93	0	53	19	32	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115055--115101	23	2.0	23	84	8	60	36	4	2	57	1.30
115391--115427	3	12.3	3	94	0	65	0	35	0	64	0.94
115752--115808	27	2.1	27	84	12	73	66	0	0	33	0.92
115877--115955	15	5.2	15	72	11	54	45	0	1	53	1.08
115918--115955	18	2.1	18	85	9	51	42	0	0	57	0.98
116476--116519	21	2.2	19	88	8	61	27	2	2	68	1.14
117653--117722	28	2.4	31	79	11	85	37	2	2	57	1.29
118856--118901	23	2.0	23	83	12	58	52	8	10	28	1.66
119343--119446	49	2.2	46	78	16	104	34	4	0	59	1.25
122468--122506	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
124678--124704	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
124867--124931	22	2.8	23	81	11	80	50	0	0	49	1.00
124882--124919	10	3.7	10	89	3	58	52	0	0	47	1.00
125165--125204	20	2.0	21	90	5	64	45	0	0	55	0.99
126581--126606	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
127098--127131	3	11.3	3	100	0	68	32	32	0	35	1.58
127142--127181	6	6.7	6	97	0	71	55	0	0	45	0.99
127513--127541	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
128738--128794	21	2.7	21	84	13	80	40	0	0	59	0.97
128859--128988	32	4.1	33	71	22	93	56	0	0	41	1.10
128917--128947	15	2.1	15	100	0	62	58	0	0	41	0.98
133284--133329	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139886--139943	30	1.9	30	83	13	75	43	1	0	55	1.10
142067--142098	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
142426--142466	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
144400--144437	16	2.3	17	90	4	60	31	2	5	60	1.33
144433--144468	16	2.2	16	90	0	54	27	0	11	61	1.30
144690--144791	15	6.6	15	67	23	52	41	0	0	56	1.12
146997--147036	21	1.9	21	84	0	53	25	10	10	55	1.64
147069--147115	17	2.8	17	78	12	53	44	6	0	48	1.28
147067--147115	21	2.5	20	81	15	57	44	6	0	48	1.27
147825--147884	30	2.0	30	83	6	77	43	0	0	56	0.99
147836--147930	22	4.3	23	73	7	72	48	0	0	51	1.00
149389--149435	13	3.6	13	77	8	51	65	0	2	31	1.04
150356--150400	18	2.6	17	83	13	56	8	11	17	62	1.53
150851--150886	18	2.1	17	89	5	54	19	0	2	77	0.88
151031--151055	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
151289--151333	16	3.0	15	78	21	58	60	0	0	40	0.97
151289--151327	13	2.7	14	81	18	53	61	0	0	38	0.96
153677--153711	19	1.9	18	88	11	54	74	0	5	20	1.02
158343--158393	23	2.3	23	83	10	61	60	0	0	39	0.97
158352--158397	16	2.8	17	83	9	60	60	0	0	39	0.97
158533--158596	2	32.5	2	93	3	103	45	0	1	53	1.10
159642--159671	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160284--160365	32	2.5	33	78	8	85	40	3	2	53	1.32
160347--160402	11	5.2	11	81	10	71	32	0	0	67	0.91
160347--160389	17	2.6	17	82	17	63	30	0	0	69	0.88
160346--160402	16	3.9	15	76	17	57	31	0	0	68	0.90
162385--162455	23	3.0	23	78	14	65	56	0	1	42	1.08
163646--163694	4	12.8	4	77	16	50	75	2	22	0	0.90
164202--164244	21	2.0	21	86	4	59	23	4	4	67	1.28
164214--164253	21	1.9	21	90	10	64	22	0	5	72	1.04
164872--164905	17	2.0	17	88	0	50	26	0	5	67	1.13
164929--164997	14	4.8	14	75	10	68	40	1	1	56	1.17

Tables:   1   2   3   4   5