genome.fa.s318.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold318
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  411206

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 341 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152932--153686	60	12.5	59	86	5	912	27	25	17	29	1.98
152934--153686	121	6.2	121	86	4	959	27	25	17	29	1.98
153766--153838	32	2.3	32	90	4	112	27	26	21	24	2.00
153606--153809	91	2.3	91	87	2	286	28	26	19	25	1.99
153947--154171	62	3.6	61	76	10	197	23	19	12	44	1.85
154070--154198	61	2.1	62	82	1	152	24	20	11	44	1.84
155087--155134	17	2.7	18	80	3	53	72	4	2	20	1.11
155112--155150	15	2.5	16	83	4	53	79	10	0	10	0.94
155129--155200	28	2.6	27	78	6	81	72	6	0	20	1.08
157670--158111	79	5.6	78	79	6	457	27	24	13	33	1.93
157670--158111	157	2.8	157	85	2	577	27	24	13	33	1.93
158043--158161	51	2.3	51	85	5	152	27	24	14	33	1.94
161238--161314	41	1.9	40	84	12	104	27	3	6	62	1.37
166589--166626	19	2.0	20	84	5	51	7	13	7	71	1.31
167650--167703	26	2.1	26	82	0	63	42	5	7	44	1.55
171455--171479	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171433--171498	19	3.8	19	72	25	65	33	12	15	39	1.84
171437--171503	32	2.1	33	94	2	118	35	11	16	35	1.86
171541--171565	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
171574--171702	52	2.5	52	92	0	213	35	17	17	29	1.93
178503--178669	83	2.0	83	96	0	307	38	10	13	36	1.80
180742--180820	28	2.8	28	100	0	158	25	18	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180888--180937	22	2.3	22	86	3	75	48	0	2	50	1.12
180904--180955	16	3.2	16	86	0	77	51	0	1	46	1.12
180905--180965	32	1.9	32	83	6	79	52	0	1	45	1.10
181409--181451	16	2.6	16	88	7	59	79	0	0	20	0.74
185744--185892	52	2.9	51	87	4	217	32	17	17	32	1.93
185881--185905	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185968--185992	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
186798--187077	43	5.6	52	79	10	223	32	16	24	26	1.96
186846--187085	92	2.5	95	85	6	315	32	16	24	26	1.96
187131--187228	28	3.4	28	85	2	115	18	16	28	36	1.92
187131--187448	30	10.6	30	77	9	197	27	15	28	29	1.96
187202--187292	35	2.6	34	81	5	103	38	12	28	20	1.89
187271--187444	29	5.9	29	82	7	181	25	16	29	28	1.97
188824--188869	15	3.0	16	87	9	69	0	0	13	86	0.56
199967--200147	52	3.5	52	97	0	335	33	19	17	29	1.95
206335--206483	52	2.9	52	87	0	217	31	15	18	34	1.92
206419--206528	32	3.4	32	67	16	100	32	18	18	30	1.95
206472--206496	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
206418--206548	65	2.0	65	100	0	262	34	16	18	30	1.93
206611--206635	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
216579--216630	26	2.0	26	92	0	86	65	7	5	21	1.40
222504--222540	13	2.8	13	91	0	65	35	8	18	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222995--223117	32	4.0	29	76	19	124	29	14	22	33	1.94
223525--223576	20	2.6	20	96	0	95	40	7	11	40	1.70
224300--224339	15	2.7	15	92	3	64	5	15	0	80	0.88
226290--226473	52	3.6	52	77	3	160	41	15	14	28	1.86
230615--231006	154	2.6	153	85	2	482	39	17	17	25	1.91
231060--231307	58	4.3	57	73	14	172	37	21	5	35	1.77
231176--231459	29	9.7	29	75	10	188	39	17	7	34	1.78
231176--231459	58	4.9	56	78	10	223	39	17	7	34	1.78
231179--231375	87	2.3	87	81	9	217	41	17	5	35	1.72
232375--232421	23	2.0	23	95	0	85	57	19	4	19	1.57
232925--232969	21	2.1	21	87	0	63	73	0	2	24	0.95
233076--233679	168	3.6	165	85	4	768	52	7	9	29	1.63
234508--234634	49	2.6	50	87	5	177	24	12	20	42	1.87
234865--234910	24	1.9	24	100	0	92	21	21	21	34	1.97
239539--239726	99	1.9	99	89	0	295	29	19	21	29	1.98
240552--240622	32	2.2	32	92	0	115	33	9	18	38	1.84
240571--240595	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
240661--240815	52	3.0	52	88	1	213	36	19	14	29	1.92
241705--241747	21	2.1	21	87	8	63	23	18	13	44	1.86
243129--243154	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
243107--243174	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
250384--250434	20	2.5	21	90	9	79	39	11	19	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253165--253240	20	3.7	20	81	13	75	32	14	11	40	1.82
257452--257512	21	3.0	21	77	15	74	36	11	16	36	1.85
257557--257587	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
257541--257607	33	2.0	33	86	11	93	37	13	17	31	1.89
257575--257627	20	2.7	20	93	0	97	43	11	18	26	1.84
261506--261573	27	2.5	27	77	13	77	72	8	14	4	1.26
261543--261609	21	3.0	23	76	10	66	68	8	14	7	1.37
261520--261581	27	2.2	28	83	11	74	75	4	12	6	1.15
262751--262893	29	4.8	29	73	14	112	23	36	16	23	1.94
262923--262984	27	2.3	27	86	8	83	20	30	14	33	1.93
262900--262984	26	3.2	26	79	11	93	21	30	12	35	1.91
262953--263340	34	11.9	34	76	11	330	23	31	10	35	1.88
262953--263391	68	6.7	66	75	10	373	23	31	9	35	1.87
263056--263114	27	2.2	27	90	0	91	22	28	11	37	1.89
262946--263346	129	3.1	129	84	6	458	22	31	10	35	1.88
262871--263216	162	2.2	154	83	9	421	22	31	10	35	1.88
263397--263535	32	4.4	31	79	8	120	30	28	17	23	1.97
263799--264323	156	3.4	155	84	1	681	25	24	15	34	1.95
263595--264325	52	14.0	52	72	8	317	24	24	15	35	1.94
264261--264393	61	2.2	61	83	0	158	22	24	13	39	1.90
265252--265289	20	1.9	20	100	0	76	31	15	10	42	1.81
281798--281904	32	3.3	32	66	14	94	29	28	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281800--282000	64	3.1	64	86	6	257	25	27	10	36	1.89
281832--282010	32	5.6	32	68	13	118	24	26	10	37	1.88
281964--282011	16	3.0	15	79	11	51	20	27	14	37	1.92
281901--282035	64	2.1	64	93	2	227	21	28	11	38	1.89
282095--282178	32	2.6	32	86	0	123	22	26	11	39	1.89
283360--283608	52	4.8	52	72	7	159	33	20	18	28	1.96
283525--283639	52	2.2	52	87	0	158	33	24	17	25	1.96
284182--284397	110	2.0	111	82	4	267	38	10	9	41	1.72
284362--284414	25	2.1	25	83	13	65	26	3	15	54	1.57
286676--287196	179	2.9	179	86	3	733	40	13	11	33	1.81
288038--288180	61	2.3	62	87	3	209	3	18	13	65	1.41
288023--288183	61	2.7	60	85	6	200	3	17	14	65	1.40
288704--288825	14	8.9	14	68	18	69	45	10	18	25	1.82
288739--288823	25	3.8	23	71	23	65	47	10	17	24	1.79
288730--288825	43	2.2	43	92	0	156	45	10	18	25	1.81
288848--288914	4	17.2	4	71	17	52	22	1	0	76	0.87
288847--288914	13	5.1	13	75	10	57	22	1	0	76	0.87
292145--292365	28	7.8	28	87	4	302	28	29	17	24	1.97
293395--293473	32	2.5	32	89	4	117	25	15	11	48	1.78
303378--303416	12	3.2	12	85	0	51	33	10	15	41	1.81
303365--303416	24	2.1	25	85	3	70	30	9	19	40	1.83
308533--309424	446	2.0	446	98	0	1739	39	14	19	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311247--311285	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
311406--311451	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
313142--313166	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
313736--313776	20	2.2	19	86	8	57	46	19	9	24	1.80
313869--313894	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
313850--313914	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
313883--313934	20	2.6	20	96	0	95	46	13	11	28	1.78
315855--315888	16	2.0	18	88	11	54	23	20	0	55	1.43
319679--319779	32	3.1	32	94	1	166	34	11	17	35	1.87
319678--319774	19	5.7	19	70	27	83	34	12	17	36	1.87

Tables:   1   2   3