genome.fa.s318.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold318
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  411206

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7700--7823	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
7700--7843	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
7832--7856	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7897--7963	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
7919--7943	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
9104--9148	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
11367--11392	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
12077--12178	37	2.6	37	81	10	107	15	22	19	42	1.89
12157--12245	42	2.2	40	82	7	110	19	19	12	49	1.79
12573--12991	42	10.2	42	75	10	285	15	25	18	40	1.90
12865--12923	31	1.9	31	89	0	91	8	32	20	38	1.83
13555--13599	10	4.6	10	81	13	58	80	2	0	17	0.82
13558--13596	20	2.0	20	94	0	69	79	2	0	17	0.84
13878--13951	29	2.5	30	88	4	114	58	12	14	14	1.64
18620--18674	20	2.7	21	85	5	76	30	18	16	34	1.93
23814--23950	52	2.7	52	82	2	170	41	9	16	32	1.81
24586--24724	59	2.4	57	79	9	147	25	8	10	55	1.62
24691--24975	58	5.1	57	76	10	266	27	8	15	49	1.73
24776--24880	49	2.1	49	82	3	122	28	7	13	50	1.68
27552--27581	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
30157--30203	24	2.0	24	86	0	67	36	4	12	46	1.62
31754--31803	22	2.3	23	79	10	59	38	6	4	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32343--32408	22	3.0	22	86	0	87	48	9	7	34	1.63
32880--32966	22	4.0	22	89	0	120	42	12	5	39	1.67
34752--34789	20	1.9	20	84	10	51	23	21	13	42	1.88
37978--38035	28	2.1	28	81	6	66	34	8	6	50	1.60
38559--38597	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
38587--38650	32	2.0	32	84	3	83	31	15	12	40	1.85
44958--45394	61	7.3	60	78	6	415	27	27	17	27	1.98
44958--45389	239	1.8	238	83	6	586	27	27	17	27	1.98
45382--45700	42	8.0	41	71	15	206	20	25	13	41	1.88
45493--45701	75	2.8	76	80	4	233	18	24	13	43	1.86
45536--45672	35	3.8	34	71	11	112	19	27	16	36	1.93
45645--45900	42	6.6	42	68	14	106	21	23	14	40	1.90
45446--45894	188	2.3	189	85	3	569	20	24	13	41	1.88
45874--45977	35	2.8	37	83	9	122	21	21	15	42	1.89
45644--45976	75	4.4	75	78	6	287	21	22	14	41	1.90
49001--49168	51	3.3	51	78	0	165	30	20	10	38	1.87
49106--49334	79	2.9	79	82	3	282	27	24	11	35	1.90
49106--49371	79	3.4	77	78	9	259	28	24	11	35	1.90
50370--50436	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
50894--50919	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
50958--51033	21	3.7	21	80	3	100	30	18	10	40	1.84
50978--51051	20	3.7	20	78	3	94	32	20	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50958--51051	41	2.3	41	98	0	179	30	19	11	38	1.87
52808--52832	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
55954--56020	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
56478--56503	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56542--56617	21	3.7	21	80	3	100	30	18	10	40	1.84
56562--56635	20	3.7	20	78	3	94	32	20	12	35	1.89
56542--56635	41	2.3	41	98	0	179	30	19	11	38	1.87
57374--57398	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
59982--60011	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
59966--60034	33	2.1	33	86	0	93	33	13	17	36	1.88
60427--60471	23	2.0	23	82	8	56	28	8	22	40	1.84
63706--63885	79	2.3	79	82	5	213	33	11	25	30	1.90
63831--63997	51	3.3	50	82	6	210	31	11	26	29	1.91
63930--64261	78	4.2	79	85	1	443	32	13	24	29	1.94
63930--64261	157	2.1	157	85	3	445	32	13	24	29	1.94
64218--64287	28	2.5	27	82	13	88	28	17	28	25	1.97
64159--64368	107	2.0	106	86	2	296	30	16	26	26	1.96
66753--66846	30	3.5	30	67	27	100	40	12	17	29	1.86
66732--66866	50	2.7	50	91	2	218	40	12	17	28	1.86
70497--70535	20	1.9	21	94	5	71	35	10	20	33	1.86
70567--70603	13	2.8	13	87	0	56	35	18	13	32	1.90
73168--73223	19	2.9	19	83	2	76	32	21	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74028--74070	21	2.0	21	86	8	61	39	6	13	39	1.72
74280--74344	33	2.0	33	84	0	85	40	12	15	32	1.84
75045--75111	33	2.0	33	88	5	100	34	14	14	35	1.88
75081--75131	20	2.5	20	96	0	93	33	13	17	35	1.89
81296--81322	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
83832--83893	20	3.2	19	84	6	79	33	12	16	37	1.87
83921--83974	20	2.7	20	91	5	83	33	12	18	35	1.89
93698--93736	16	2.4	17	86	4	53	64	0	0	35	0.94
94602--94648	24	2.0	24	82	0	58	40	4	0	55	1.19
100996--101065	32	2.2	32	87	5	97	42	5	11	40	1.65
101458--101505	17	2.7	18	80	3	53	72	4	2	20	1.11
101483--101521	15	2.5	16	83	4	53	79	10	0	10	0.94
102271--102342	20	3.6	20	78	0	90	31	13	13	40	1.85
110909--111215	83	3.7	83	85	3	397	23	28	15	33	1.95
110899--111383	28	17.4	27	81	5	398	25	28	16	30	1.96
110906--111547	84	7.7	83	80	6	451	26	28	16	28	1.97
110899--111525	56	11.2	56	83	5	488	25	29	16	28	1.97
111084--112152	28	37.1	28	78	6	748	29	28	16	25	1.97
111591--111859	32	8.8	31	80	7	196	31	28	17	21	1.96
111244--111983	57	12.7	63	78	10	373	30	29	16	23	1.96
111065--112152	85	12.6	86	79	9	755	29	28	16	25	1.97
112966--113016	20	2.5	20	80	0	57	35	11	11	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124609--124864	130	2.0	130	87	4	374	30	23	10	35	1.89
124669--124786	51	2.3	51	85	0	164	31	25	11	32	1.90
124723--125025	79	3.8	79	80	6	362	30	23	11	34	1.90
124723--125023	158	1.9	158	87	2	444	29	23	11	34	1.90
124959--125058	51	2.0	51	90	7	159	32	26	8	34	1.85
124961--125074	51	2.2	52	86	9	155	34	28	6	31	1.82
126819--126848	13	2.3	13	94	0	51	30	20	10	40	1.85
129211--129418	79	2.6	79	84	6	278	28	25	12	33	1.92
129350--129468	50	2.4	51	89	1	177	26	26	15	31	1.95
129479--129598	51	2.4	51	88	0	186	29	25	13	32	1.93
129578--129651	28	2.7	27	89	6	112	21	29	20	28	1.98
129272--129626	129	2.7	130	87	3	509	27	25	13	33	1.94
129606--129866	79	3.3	77	78	8	265	25	24	15	34	1.95
129530--129725	107	1.8	106	81	6	243	26	23	15	34	1.95
142170--142232	1	63.0	1	83	0	81	92	7	0	0	0.40
142170--142230	8	7.9	8	89	10	92	91	8	0	0	0.41
142171--142230	15	3.9	15	89	10	95	91	8	0	0	0.41
143213--143842	61	10.6	62	78	10	606	25	26	19	29	1.98
143211--143825	116	5.2	116	78	10	506	26	26	19	28	1.99
143215--143804	177	3.3	176	86	2	790	25	26	19	28	1.99
143871--144093	42	5.2	41	78	8	162	20	24	11	43	1.84
143955--144112	41	3.8	41	80	4	120	22	24	10	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147145--147349	79	2.6	78	82	3	241	30	23	12	33	1.92
147283--147413	52	2.6	51	83	7	162	27	27	13	31	1.94
147305--147641	115	3.0	116	78	10	326	29	24	13	32	1.94
147449--147651	106	1.9	107	84	7	270	27	27	14	31	1.95
151206--151230	10	2.5	10	100	0	50	84	16	0	0	0.63
152565--152654	30	3.0	30	88	0	135	23	26	16	33	1.96
152619--152683	32	1.9	34	90	9	107	21	26	13	38	1.91
152668--152947	28	9.9	28	77	7	205	28	29	17	24	1.97
152666--152947	113	2.5	112	81	4	298	29	29	17	24	1.97
152668--152944	85	3.3	82	78	8	263	28	29	17	24	1.97

Tables:   1   2   3