genome.fa.s321.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold321
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1060354

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841694--841780	41	2.1	42	89	4	133	49	0	12	37	1.41
849534--849568	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
852014--852044	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
852755--852787	16	2.2	16	89	10	52	42	0	3	54	1.15
853147--853192	22	2.2	20	84	7	56	60	0	0	39	0.97
853206--853269	25	2.5	26	80	7	69	51	0	0	48	1.00
853228--853272	19	2.4	19	88	0	63	46	0	0	53	1.00
860594--860638	24	1.9	23	90	4	72	48	0	0	51	1.00
861284--861322	20	1.9	21	89	5	62	41	0	2	56	1.13
861444--861485	19	2.3	19	79	4	50	52	4	0	42	1.22
862753--862778	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
863243--863281	19	2.1	19	90	9	62	43	0	0	56	0.99
867751--867835	24	3.7	22	76	10	82	63	0	0	36	0.95
867748--867817	31	2.2	32	82	10	81	67	0	0	32	0.91
867748--867829	19	4.4	19	77	11	71	64	0	0	35	0.94
867761--867817	13	4.4	13	81	18	66	68	0	0	31	0.90
867746--867817	24	2.9	27	82	14	91	66	0	0	33	0.92
867787--867840	17	3.0	18	81	10	58	59	0	0	40	0.98
868604--868656	20	2.6	21	79	11	65	39	0	0	60	0.97
870213--870278	16	4.1	16	69	11	53	48	0	4	46	1.22
870340--870386	11	4.0	13	71	23	50	51	0	0	48	1.00
870331--870392	32	1.9	33	87	9	92	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870333--870383	22	2.3	23	80	9	63	50	0	0	49	1.00
871072--871103	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
873609--873645	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
879380--879439	22	2.9	21	74	18	56	36	6	1	55	1.36
879457--879497	18	2.2	19	86	4	57	51	2	0	46	1.14
880667--880734	16	4.2	16	84	5	93	27	4	14	52	1.61
880667--880751	32	2.7	32	78	8	93	28	4	17	49	1.67
880833--880857	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
881562--881631	16	4.1	16	69	16	59	24	15	17	42	1.88
881566--881610	21	2.1	21	84	8	56	24	15	13	46	1.82
881597--881643	16	2.9	16	83	0	67	31	17	10	40	1.83
881690--881737	25	2.0	24	84	15	64	50	0	0	50	1.00
882684--882796	8	14.1	8	70	25	55	38	0	2	58	1.12
882681--882739	22	2.7	21	76	7	64	40	0	1	57	1.09
882702--882752	20	2.7	20	82	11	54	45	0	1	52	1.12
882766--882816	22	2.3	22	80	12	61	35	0	3	60	1.15
883333--883358	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
883710--883749	14	2.9	14	85	11	55	50	0	0	50	1.00
889775--889817	19	2.3	19	83	0	50	53	0	0	46	1.00
889928--889970	18	2.3	19	88	8	61	51	0	0	48	1.00
890237--890289	2	26.5	2	92	0	88	49	1	1	47	1.23
890975--891065	40	2.4	39	82	10	100	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891101--891130	15	1.9	16	93	6	53	43	6	0	50	1.28
891417--891456	2	20.0	2	87	10	55	45	2	0	52	1.14
891964--891999	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
895283--895500	34	6.4	34	82	9	250	40	26	7	25	1.83
895286--895500	68	3.2	67	84	3	279	40	26	7	25	1.83
895285--895500	102	2.1	101	88	1	333	40	25	7	25	1.82
896355--896570	34	6.3	34	77	6	161	42	23	6	27	1.79
896355--896570	102	2.1	103	82	4	258	42	23	6	27	1.79
898534--898579	20	2.4	19	79	10	58	50	0	0	50	1.00
900757--900835	38	2.1	39	97	2	151	21	17	17	43	1.89
909186--909212	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
910972--911021	23	2.1	24	88	3	75	60	0	0	40	0.97
911252--911296	24	2.0	23	86	8	65	51	0	0	48	1.00
911249--911333	34	2.6	33	76	10	79	50	0	0	49	1.00
912794--912834	3	13.7	3	89	0	64	34	60	0	4	1.18
912748--912834	9	9.3	9	72	7	66	31	57	2	9	1.42
912794--912872	9	8.8	9	77	5	61	30	54	1	13	1.48
915854--915890	2	19.0	2	88	5	58	48	2	0	48	1.15
919518--919564	2	23.0	2	80	20	53	46	6	0	46	1.28
928034--928093	30	2.0	31	87	6	88	56	1	0	41	1.09
928136--928333	95	2.1	95	87	8	296	61	3	5	30	1.33
929611--929690	32	2.5	32	84	8	117	48	1	2	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930231--930255	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
930450--930481	6	5.5	6	96	3	57	87	0	12	0	0.54
935463--935514	2	26.0	2	88	0	77	44	0	5	50	1.26
937030--937081	25	2.0	27	82	10	65	28	0	1	69	0.99
937482--937574	21	4.6	20	75	15	75	49	0	1	49	1.07
937483--937574	41	2.2	41	81	16	111	48	0	1	50	1.08
937887--937927	17	2.5	17	81	14	50	53	0	0	46	1.00
937875--937958	34	2.5	32	81	14	91	50	0	1	48	1.08
948833--949172	167	2.0	167	95	0	617	43	15	19	21	1.87
951035--951064	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
960266--960346	14	6.1	14	70	17	57	41	0	0	58	0.98
962252--962314	18	3.4	19	76	6	67	42	0	1	55	1.09
962252--962329	36	2.1	37	83	9	97	39	0	2	57	1.12
963352--963394	17	2.4	18	85	11	54	51	4	0	44	1.22
963980--964015	13	2.6	14	91	4	56	63	0	2	33	1.08
964393--964445	23	2.3	23	78	9	56	64	15	13	7	1.49
966327--966378	2	26.5	2	84	11	72	50	0	1	48	1.12
968415--968474	11	5.2	12	78	13	65	65	1	0	33	1.03
968390--968507	40	2.8	41	77	15	107	55	0	0	43	1.05
968590--968632	18	2.3	18	92	4	68	55	0	0	44	0.99
968617--968675	23	2.4	24	83	16	77	66	0	0	33	0.92
968617--968679	12	5.2	12	75	9	58	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968618--968682	22	3.0	21	71	22	53	69	0	0	30	0.89
968609--968717	49	2.2	48	77	8	112	62	0	0	37	0.96
968705--968757	26	2.1	25	82	10	63	56	0	0	43	0.99
969891--969926	18	2.0	18	94	0	63	19	5	52	22	1.66
972520--972560	2	20.5	2	90	9	66	48	2	0	48	1.14
985343--985456	30	3.9	29	78	9	115	15	32	2	49	1.59
985329--985467	33	4.3	33	76	7	106	14	33	2	48	1.58
985364--985470	9	11.6	9	72	9	56	13	34	2	49	1.56
985409--985470	3	20.7	3	86	0	70	6	35	1	56	1.35
985328--985455	27	4.6	27	74	5	112	14	33	3	48	1.60
986645--986678	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
988036--988082	23	2.0	24	87	4	69	48	2	0	48	1.13
988028--988060	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
991836--991871	18	1.9	19	88	5	56	41	0	0	58	0.98
992875--992931	17	3.1	18	77	12	62	45	0	0	54	0.99
993206--993289	19	4.1	20	74	18	73	61	1	1	35	1.11
993206--993289	5	17.2	5	72	18	61	61	1	1	35	1.11
993230--993284	29	1.9	29	89	10	87	65	1	0	32	1.03
993234--993289	24	2.2	24	84	6	76	66	1	0	32	1.03
993206--993289	9	8.6	10	71	17	61	61	1	1	35	1.11
993298--993353	20	2.8	19	79	15	51	51	0	0	48	1.00
994069--994121	22	2.3	23	78	15	65	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
994070--994149	30	2.6	32	79	16	89	45	0	0	55	0.99
994629--994661	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
995056--995102	19	2.5	20	75	10	53	51	0	2	46	1.13
996300--996352	22	2.5	21	82	8	63	47	0	0	52	1.00
1004137--1004277	69	2.0	70	89	4	214	39	12	12	36	1.81
1005741--1005915	95	1.9	93	87	4	262	39	2	2	54	1.30
1005741--1005936	95	2.1	93	84	9	247	39	3	2	54	1.29
1013360--1013417	23	2.4	25	82	5	66	36	1	1	60	1.17
1013497--1013549	23	2.3	24	81	12	67	39	0	1	58	1.09
1013521--1013609	8	10.0	9	73	17	53	37	2	0	60	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6