genome.fa.s327.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold327
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  596179

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145--171	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
1852--2144	48	6.6	42	67	19	136	29	18	27	23	1.98
1759--2222	88	5.0	92	78	12	417	29	18	26	24	1.98
1768--2222	181	2.5	178	82	12	518	29	19	26	24	1.98
4004--4106	1	103.0	1	72	0	80	0	0	13	86	0.57
4004--4108	11	9.9	11	78	18	91	0	0	14	85	0.59
4014--4106	6	16.7	6	80	17	112	0	0	13	86	0.58
4004--4106	17	6.3	16	82	14	115	0	0	13	86	0.57
4004--4096	26	3.5	27	78	15	113	0	0	13	86	0.58
4005--4106	33	3.1	31	85	13	134	0	0	13	86	0.58
17938--18086	52	2.9	51	84	4	208	32	18	18	31	1.94
18075--18099	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18140--18206	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
18162--18186	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22424--22453	12	2.5	12	94	0	51	83	0	0	16	0.65
22423--22455	13	2.6	13	85	4	50	81	0	0	18	0.68
23797--23840	19	2.3	19	84	7	54	25	6	25	43	1.79
23849--24019	29	5.9	29	78	6	166	39	5	19	35	1.75
23852--24019	59	2.9	57	85	5	210	39	5	19	36	1.74
26559--26920	79	4.6	79	88	2	480	27	22	12	37	1.90
26559--26920	157	2.3	157	86	4	489	27	22	12	37	1.90
26875--27025	51	3.0	50	84	7	205	31	25	7	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27010--27080	28	2.5	28	78	15	74	23	28	19	28	1.99
29218--29257	18	2.3	18	87	8	57	57	5	2	35	1.34
32254--32309	2	28.0	2	92	0	94	48	3	0	48	1.19
32967--33007	22	1.9	22	85	5	57	68	2	0	29	1.03
32978--33024	22	2.1	22	81	14	53	65	2	0	31	1.04
33553--33621	22	2.9	23	83	12	70	66	11	1	20	1.31
33552--33617	26	2.6	25	79	13	73	66	12	1	19	1.31
33614--33656	16	2.6	16	85	3	59	62	4	4	27	1.35
34886--34926	4	10.2	4	89	0	55	41	0	7	51	1.30
34886--34926	6	6.8	6	88	0	55	41	0	7	51	1.30
34888--34927	10	4.0	10	90	0	62	40	0	10	50	1.36
49587--49649	32	2.0	32	96	0	117	49	6	22	22	1.72
50261--50303	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
51422--51468	23	2.1	23	84	11	62	51	0	0	48	1.00
51459--51492	9	3.6	9	85	14	50	47	0	0	52	1.00
51850--51905	28	2.0	26	86	13	76	44	0	0	55	0.99
51932--51970	7	5.3	7	82	11	51	25	2	2	69	1.14
51957--52020	22	2.9	22	72	11	67	40	0	0	59	0.97
59044--59097	20	2.6	21	82	2	65	31	14	11	42	1.81
59913--59946	17	1.9	18	94	5	61	44	2	0	52	1.16
65004--66844	920	2.0	920	85	2	2505	35	15	11	37	1.83
70082--70124	23	1.9	23	85	4	61	65	0	4	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73033--73081	24	2.0	24	92	0	80	32	16	22	28	1.95
73074--73177	40	2.6	40	92	0	163	30	26	8	33	1.87
74434--74483	21	2.4	21	86	0	64	58	0	2	40	1.10
74428--74519	21	4.5	21	68	5	62	55	3	4	36	1.36
74560--74629	21	3.3	20	75	13	61	51	8	8	31	1.63
74687--74727	21	2.0	21	85	0	55	53	12	0	34	1.38
74646--74725	40	2.0	40	85	5	106	48	11	3	36	1.57
74596--75165	274	2.1	278	94	2	1013	46	10	8	34	1.68
74927--75018	21	4.5	19	75	18	71	52	6	3	38	1.44
74965--75084	42	2.9	42	80	12	124	50	8	5	35	1.56
74966--75084	21	5.8	21	72	13	95	51	7	5	35	1.55
75137--75199	21	3.0	20	77	6	72	46	11	4	38	1.61
75231--75286	21	2.7	21	78	10	69	55	5	5	33	1.45
75276--75326	21	2.4	22	86	6	77	62	5	0	31	1.19
76249--76274	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
78648--78694	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
78815--78853	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
78839--78917	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
80936--80966	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
82770--82814	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
85031--85056	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
85845--85963	21	5.9	20	68	11	82	47	8	8	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85846--85921	40	1.9	40	83	0	98	47	9	7	35	1.65
86107--86188	11	7.7	11	71	16	66	57	3	1	37	1.24
86051--86194	41	3.5	41	77	4	148	58	5	2	33	1.36
85987--86197	21	10.1	21	72	12	132	55	6	3	34	1.44
86358--86448	21	4.4	21	79	10	89	53	7	5	32	1.52
86390--86425	11	3.4	11	84	7	56	63	5	0	30	1.17
86343--86448	21	5.1	21	75	16	80	51	8	6	33	1.58
86666--86732	31	2.2	31	81	5	73	50	8	8	31	1.64
87734--87883	20	7.4	21	70	12	98	36	10	13	39	1.79
87729--87883	41	3.8	40	82	4	150	36	10	12	39	1.79
87746--87889	40	3.6	40	82	1	162	36	11	13	38	1.81
88553--88589	16	2.4	16	91	8	60	83	0	16	0	0.64
88750--88794	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
91011--91036	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
91825--91943	21	5.9	20	68	11	82	47	8	8	36	1.64
91826--91901	40	1.9	40	83	0	98	47	9	7	35	1.65
92087--92168	11	7.7	11	71	16	66	57	3	1	37	1.24
92031--92174	41	3.5	41	77	4	148	58	5	2	33	1.36
91967--92177	21	10.1	21	72	12	132	55	6	3	34	1.44
92031--92190	83	1.9	82	81	6	189	57	5	3	33	1.38
92336--92426	21	4.4	21	79	10	89	53	7	5	32	1.52
92368--92403	11	3.4	11	84	7	56	63	5	0	30	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92321--92426	21	5.1	21	75	16	80	51	8	6	33	1.58
92648--92714	31	2.2	31	81	5	73	50	8	8	31	1.64
93716--93865	20	7.4	21	70	12	98	36	10	13	39	1.79
93711--93865	41	3.8	40	82	4	150	36	10	12	39	1.79
93728--93871	40	3.6	40	82	1	162	36	11	13	38	1.81
94535--94575	14	2.9	14	83	16	57	85	0	14	0	0.60
94780--94831	26	2.0	26	96	0	95	50	9	3	36	1.54
98035--98072	15	2.4	16	86	8	51	65	7	0	26	1.19
101497--101538	21	2.0	21	85	4	57	54	11	2	30	1.49
102824--102856	16	2.2	15	89	10	50	72	0	0	27	0.85
102853--102899	19	2.4	19	85	7	58	68	0	0	31	0.90
102852--102902	17	2.9	18	78	18	63	64	0	0	35	0.94
103156--103353	50	4.0	50	86	2	254	30	17	18	33	1.94
107682--107858	50	3.6	49	89	3	264	27	20	19	31	1.97
107682--107878	50	3.9	50	87	2	261	28	19	19	31	1.97
117120--117207	20	4.8	19	76	21	89	28	15	13	42	1.86
117120--117187	33	2.1	33	97	0	127	26	16	14	42	1.86
117138--117168	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
119592--119665	28	2.7	27	81	8	87	25	28	17	28	1.98
119650--119760	50	2.2	51	83	1	134	28	26	14	30	1.95
119769--119917	79	1.9	79	87	5	221	27	22	14	34	1.94
121452--121501	17	3.0	16	79	5	55	20	2	2	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122222--122266	24	2.0	22	87	12	65	37	4	22	35	1.74
126570--126718	76	2.0	75	84	6	185	24	18	14	42	1.87
127451--127597	66	2.2	66	81	0	177	26	20	10	42	1.84
127623--127757	66	2.1	66	81	2	157	21	22	16	40	1.91
127570--127757	64	2.9	65	79	3	198	21	20	15	42	1.89
128341--128531	98	1.9	98	86	2	267	40	11	13	34	1.81
129146--129188	15	3.0	14	83	6	52	23	0	2	74	0.93
133118--133302	34	5.5	34	87	3	257	40	26	7	25	1.82
136539--136634	34	2.9	34	88	1	149	40	26	7	26	1.81
139401--139694	96	3.0	96	91	3	462	35	15	13	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5