genome.fa.s328.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold328
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  936272

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339--363	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
322--384	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
4424--4526	54	1.9	54	83	0	134	25	4	33	36	1.77
5912--5936	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6027--6051	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6007--6074	33	2.1	32	86	2	91	35	16	14	33	1.89
12376--12416	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
12683--12722	20	2.0	21	85	5	55	22	45	25	7	1.78
14707--14731	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14802--14869	33	2.1	32	86	2	91	36	17	13	32	1.89
23414--23538	20	5.7	20	71	18	97	43	12	15	28	1.83
24922--24949	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
31066--31105	15	2.7	15	88	0	53	80	0	2	17	0.83
36762--36792	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
49206--49263	30	1.9	30	85	0	80	39	31	8	20	1.83
50672--50704	16	2.1	16	100	0	66	42	12	12	33	1.79
51561--51635	36	2.1	36	100	0	150	48	22	5	24	1.71
62419--62494	39	1.9	39	100	0	152	36	27	13	22	1.91
65941--65972	16	2.1	16	94	5	57	71	0	18	9	1.12
68788--68937	34	4.2	34	76	16	135	57	0	2	40	1.15
72350--72422	26	2.9	24	72	25	62	49	2	2	45	1.31
72921--72960	12	3.3	12	89	6	55	30	0	2	67	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72921--73170	94	2.7	94	78	13	273	33	8	5	52	1.55
73107--73148	16	2.6	16	92	3	66	21	2	4	71	1.16
79706--79730	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
83683--83710	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
86247--86272	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
86225--86292	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
86333--86385	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
94996--95021	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
94974--95041	33	2.1	33	88	2	102	33	13	19	33	1.90
95082--95134	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
97217--97486	144	1.9	143	80	6	321	39	12	14	32	1.84
112727--112768	17	2.5	17	92	0	66	85	0	11	2	0.68
113630--113799	49	3.5	48	75	7	155	34	9	15	41	1.79
113629--114039	48	8.5	49	70	10	182	36	13	12	37	1.82
128084--128144	29	2.2	27	88	5	86	54	1	0	44	1.10
128093--128144	27	2.0	27	85	7	72	55	1	0	42	1.10
130073--130109	17	2.2	16	90	4	56	62	8	2	27	1.37
130264--130305	19	2.3	19	80	16	52	45	0	14	40	1.45
130350--130644	149	2.0	149	97	0	554	49	6	22	22	1.72
134210--134263	28	2.0	27	92	3	90	59	9	0	31	1.29
134637--134680	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
134821--134872	14	3.4	14	71	19	50	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134834--134892	17	3.5	17	73	13	50	44	0	0	55	0.99
135627--135662	18	2.0	18	94	0	63	75	0	11	13	1.06
135611--135659	25	2.0	24	84	8	62	73	0	16	10	1.09
136697--137290	166	3.6	164	77	6	565	32	10	7	49	1.65
136766--137213	167	2.7	162	79	8	497	31	10	8	50	1.65
136591--137213	333	1.9	331	81	6	767	31	11	8	49	1.68
140810--141167	155	2.3	155	78	8	379	25	15	19	39	1.91
141076--141353	155	1.8	151	79	7	319	28	14	17	39	1.89
142913--142944	16	2.0	16	93	0	55	43	6	3	46	1.44
146470--146495	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
146647--146678	17	1.9	17	93	6	57	68	3	0	28	1.04
151068--152187	560	2.0	560	99	0	2222	35	18	17	29	1.94
154047--154152	37	2.8	38	81	7	101	37	18	15	28	1.91
153973--154152	38	4.8	38	77	7	179	38	17	15	28	1.90
166853--166896	18	2.5	17	81	7	52	77	2	0	20	0.88
168308--168802	132	3.8	129	86	3	661	21	25	15	38	1.92
168244--168824	44	13.3	45	75	10	370	21	24	14	39	1.91
168308--168873	132	4.3	132	82	5	625	21	24	14	39	1.91
168753--168961	90	2.3	89	77	4	206	18	21	14	45	1.85
168788--168959	45	3.9	44	83	3	193	18	20	15	46	1.84
170123--170812	165	4.2	164	81	8	685	31	9	6	52	1.60
170123--170812	330	2.1	331	81	6	803	31	9	6	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170123--170850	331	2.2	331	80	5	742	31	9	7	51	1.61
171367--171392	9	2.9	9	100	0	52	80	0	19	0	0.71
171343--171399	23	2.3	25	82	14	66	73	1	21	3	1.07
172410--172439	9	3.3	9	90	0	51	66	0	0	33	0.92
172492--172870	150	2.5	149	86	3	512	37	12	13	36	1.82
175000--175034	18	1.9	18	88	11	54	60	8	2	28	1.41
175000--175035	19	1.9	18	88	5	54	61	8	2	27	1.39
180058--180105	20	2.3	20	89	10	71	41	12	18	27	1.86
182631--182784	73	2.1	73	86	2	213	31	19	8	40	1.81
184544--184683	52	2.7	52	81	6	167	43	11	15	30	1.81
184742--184780	20	2.0	20	100	0	78	30	20	7	41	1.80
190133--190166	17	1.9	18	88	5	52	44	20	5	29	1.75
190406--190478	21	3.6	21	68	7	60	39	13	12	34	1.82
192975--193016	12	3.2	13	86	10	59	73	0	23	2	0.94
193772--194217	169	2.6	170	80	10	441	38	9	9	42	1.71
200573--200612	21	1.9	21	90	10	64	37	7	7	47	1.60
202403--202623	34	6.5	33	82	9	266	40	26	7	24	1.82
202405--202623	68	3.2	67	85	3	296	40	26	7	25	1.82
202403--202623	102	2.2	101	89	1	352	40	26	7	24	1.82
207029--207245	34	6.4	33	81	9	249	40	26	7	25	1.82
207031--207245	68	3.2	67	84	3	279	40	26	7	25	1.83
207029--207245	102	2.1	101	89	1	353	40	26	7	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213045--213069	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
213025--213091	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
213132--213156	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
213165--213285	52	2.3	52	95	0	215	35	17	18	28	1.93
222627--222653	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
222781--222819	21	1.9	21	89	5	62	33	23	0	43	1.54
223093--223137	20	2.2	20	84	8	54	22	42	24	11	1.86
225168--225221	20	2.7	20	100	0	108	25	14	14	44	1.84
225207--225233	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
225187--225252	33	2.0	32	91	2	105	28	15	15	40	1.87
225168--225274	20	5.8	19	79	17	75	30	13	16	39	1.87
225303--225367	33	2.0	33	84	6	87	30	12	21	35	1.90
231090--231142	3	17.7	3	84	0	70	67	1	1	28	1.11
232269--232361	48	1.9	49	84	6	127	47	21	8	22	1.78
234300--234341	22	2.1	19	86	13	57	42	4	0	52	1.22
236455--236494	18	2.3	18	91	4	64	55	0	0	45	0.99
237909--237953	19	2.4	19	85	7	56	82	4	13	0	0.82
237909--237956	10	4.7	10	76	5	51	81	4	14	0	0.84
239416--239527	51	2.2	50	88	1	161	29	14	10	45	1.78
239466--239507	20	2.1	20	86	0	57	30	11	4	52	1.59
240447--240487	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
241441--241494	27	1.9	26	85	14	72	38	1	18	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245375--245445	27	2.6	27	86	6	90	23	7	22	46	1.76
248020--248065	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
249951--250019	27	2.5	27	86	11	88	27	5	20	46	1.73
250481--250521	21	2.0	21	85	0	55	56	9	2	31	1.45
252427--252457	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
252430--252485	23	2.4	24	82	11	64	41	0	0	58	0.98
252459--252520	28	2.2	28	78	18	67	46	0	0	53	1.00
252402--252506	38	2.9	37	75	20	105	40	0	0	59	0.98
253572--253649	36	2.2	36	85	0	102	43	15	12	28	1.83
254621--254668	15	3.1	15	81	3	60	58	0	4	37	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6