genome.fa.s328.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold328
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  936272

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735064--735130	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
735086--735110	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
735880--736494	49	12.9	49	82	10	661	32	17	24	25	1.97
735942--736494	92	5.9	92	91	3	822	31	17	24	25	1.97
736515--736830	34	9.4	34	80	12	302	31	12	34	21	1.90
736637--736854	34	7.0	30	79	13	219	29	13	32	23	1.93
736636--736854	63	3.5	64	92	4	329	29	13	32	23	1.93
738298--738393	1	96.0	1	74	0	66	2	4	8	85	0.80
738298--738369	18	4.2	17	81	13	85	1	2	9	86	0.74
738298--738394	21	4.7	20	77	18	83	2	4	9	84	0.83
738299--738393	24	3.8	25	79	12	106	2	4	8	85	0.81
738311--738391	35	2.3	34	85	8	101	2	4	7	85	0.82
738296--738390	48	2.0	48	86	10	133	2	6	8	83	0.89
748093--748119	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
752273--752400	52	2.5	52	93	3	215	31	17	17	33	1.93
752273--752420	52	2.9	50	85	12	185	32	17	17	32	1.94
752409--752433	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
752474--752540	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
752496--752520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
753289--753903	49	12.9	49	82	10	661	32	17	24	25	1.97
753351--753903	92	5.9	92	91	3	822	31	17	24	25	1.97
753924--754205	34	8.4	34	80	13	277	30	12	35	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754045--754229	29	6.0	30	83	12	232	28	14	33	23	1.94
753944--754229	63	4.4	65	91	6	372	30	13	33	22	1.92
755673--755770	1	98.0	1	73	0	61	2	4	9	84	0.82
755674--755748	6	12.8	6	76	16	68	1	2	10	85	0.76
755673--755767	27	3.6	25	75	17	93	2	4	9	84	0.84
755673--755771	13	7.6	12	76	19	92	2	4	10	83	0.85
755686--755755	33	2.1	33	86	7	97	2	4	8	84	0.85
755673--755749	22	3.7	19	79	17	82	1	2	10	85	0.75
756925--756986	29	2.1	29	87	0	88	30	14	16	38	1.88
760753--760807	20	2.8	20	91	0	92	41	10	16	30	1.83
767053--767181	52	2.5	52	90	0	204	31	17	16	34	1.92
767053--767202	52	2.9	50	78	11	158	33	16	16	34	1.91
767246--767328	13	5.5	13	70	27	58	36	16	12	34	1.86
767246--767347	32	3.2	31	94	1	177	36	17	11	34	1.87
767254--767349	19	5.8	18	73	26	104	37	16	11	34	1.85
771851--771904	28	1.9	28	96	0	99	55	12	3	27	1.54
775842--775879	18	2.1	18	100	0	76	28	0	21	50	1.49
777055--777118	16	3.9	17	78	13	62	40	28	17	14	1.88
778528--778560	15	2.1	16	88	5	50	15	27	0	57	1.38
788175--788792	323	1.9	323	91	1	1024	43	9	9	37	1.70
789208--789245	20	1.9	20	89	10	60	63	0	0	36	0.95
790494--790542	21	2.2	21	82	13	55	51	6	0	42	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790969--791002	17	1.9	18	94	5	61	14	8	0	76	1.01
800183--800235	26	2.0	26	100	0	106	18	15	30	35	1.92
801974--802379	206	2.0	206	93	0	695	38	15	20	25	1.92
808434--808490	18	3.0	19	82	12	64	43	0	1	54	1.10
809244--809278	14	2.5	14	90	0	52	57	0	2	40	1.14
813365--813401	16	2.4	16	90	4	58	83	2	13	0	0.74
813375--813403	11	2.5	12	94	5	51	89	0	10	0	0.48
815750--815790	11	3.6	11	83	6	55	80	2	17	0	0.82
815751--815793	23	1.9	22	90	4	68	76	2	20	0	0.89
816538--816619	29	2.9	29	67	22	68	25	9	14	50	1.74
816438--816666	113	2.1	112	80	7	261	23	12	15	48	1.80
816750--817222	58	8.4	58	67	16	179	29	10	12	47	1.76
816863--816955	29	3.2	29	67	17	84	29	13	10	46	1.78
817038--817133	46	2.1	46	86	3	131	29	11	14	44	1.80
817306--817484	78	2.3	78	84	5	229	34	11	18	35	1.88
818777--818826	20	2.5	20	96	0	91	44	14	16	26	1.85
819192--819250	29	2.0	29	100	0	118	40	13	10	35	1.78
826524--826591	18	4.1	17	73	19	54	54	1	2	41	1.24
826599--826640	11	3.8	11	87	0	57	66	0	0	33	0.92
826599--826639	22	1.9	21	90	5	64	68	0	0	31	0.90
828946--828984	20	1.9	21	89	5	62	2	12	5	79	1.00
834971--835010	15	2.6	16	88	4	55	42	2	2	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835822--835902	28	3.1	27	77	18	82	53	0	0	46	1.00
836335--836408	29	2.5	29	82	6	87	39	2	2	55	1.28
836395--836437	23	1.9	23	90	4	70	53	2	0	44	1.13
836451--836476	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
836538--836587	22	2.2	23	86	13	68	58	0	2	40	1.10
837666--838101	238	1.9	229	81	7	538	28	11	18	41	1.85
839482--839550	32	2.2	30	82	5	75	46	1	5	46	1.35
839970--840062	46	2.0	46	97	0	177	21	30	24	23	1.99
841342--841403	26	2.3	26	76	15	63	59	0	3	37	1.13
841987--842097	57	1.9	59	88	3	172	47	5	10	36	1.61
842856--842897	19	2.2	20	86	4	59	0	35	0	64	0.94
843372--843423	19	2.7	19	96	0	95	30	11	15	42	1.82
845054--845079	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
845034--845098	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
846849--847408	279	2.0	279	100	0	1120	29	16	28	26	1.97
847914--847938	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
854063--854088	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
854043--854107	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
855070--855149	38	2.1	38	83	2	108	41	1	6	51	1.35
857420--857530	48	2.3	48	96	1	206	48	3	0	47	1.19
857802--857873	25	2.7	27	71	18	71	48	4	0	47	1.21
866898--866924	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867731--867840	58	1.9	58	81	3	132	31	17	30	20	1.96
867894--868258	49	7.9	43	82	10	379	28	18	27	25	1.98
867842--868217	92	4.1	92	94	1	626	29	18	27	24	1.98
867776--868217	184	2.3	185	88	4	634	30	17	27	24	1.97
868307--868432	28	4.4	28	89	2	162	19	19	27	34	1.95
868423--868497	35	2.2	35	85	2	107	36	10	32	21	1.88
868475--868646	29	5.9	29	82	4	195	24	16	30	27	1.97
868327--868646	56	5.4	57	71	12	220	25	17	29	27	1.97
868482--868652	86	2.0	86	87	2	245	22	16	31	28	1.96
870081--870138	1	58.0	1	75	0	53	1	0	10	87	0.60
870072--870138	12	5.2	12	84	12	89	1	0	11	86	0.64
870072--870137	9	7.6	9	81	8	66	1	0	12	86	0.64
870072--870138	27	2.6	24	82	15	89	1	0	11	86	0.64
870081--870138	31	1.9	29	89	6	89	1	0	10	87	0.60
883993--884121	52	2.5	52	98	0	249	28	17	17	35	1.93
884164--884228	32	2.0	32	96	0	121	38	15	12	33	1.85
884164--884248	19	4.7	19	75	19	92	38	14	12	34	1.84
896401--896434	6	5.7	6	86	13	52	85	0	0	14	0.60
897833--897988	66	2.4	65	78	1	159	17	23	16	42	1.89
897879--898331	65	7.1	64	71	9	210	16	22	18	42	1.89
897968--898125	66	2.4	65	78	4	165	15	20	20	42	1.89
898020--898248	123	1.9	123	81	1	280	16	21	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899279--899305	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
901218--901307	44	2.0	45	86	2	128	26	11	15	46	1.79
903326--903384	31	1.9	30	86	6	82	44	10	1	44	1.48
903670--903713	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
904581--904678	43	2.3	43	90	0	160	32	14	19	33	1.92
904762--904826	33	2.0	32	87	3	94	43	15	13	27	1.85
905415--905574	80	2.0	80	96	0	293	36	21	2	38	1.67
913473--913633	63	2.6	63	89	2	243	32	18	16	32	1.93
913694--913755	32	1.9	33	86	3	90	41	12	16	29	1.85
917593--917641	17	2.7	17	84	9	53	79	0	18	2	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6