genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold334
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  475332

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5323--5355	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
9481--9522	16	2.9	15	83	13	52	33	11	14	40	1.82
9492--9545	21	2.9	19	81	18	69	33	11	14	40	1.82
9575--9635	19	3.6	18	75	25	69	37	18	11	32	1.86
9565--9646	32	2.6	32	96	0	146	36	17	12	34	1.87
9592--9646	13	3.8	13	75	25	56	32	16	14	36	1.89
10447--11109	337	2.0	332	88	4	976	42	6	7	43	1.57
16789--16817	12	2.4	12	100	0	58	24	10	20	44	1.82
21656--21734	39	2.0	39	90	0	122	51	17	12	17	1.75
25264--25333	33	2.1	33	86	0	95	30	15	8	45	1.76
29579--29649	32	2.2	33	79	2	81	28	15	4	52	1.61
35283--35344	29	2.1	29	88	5	90	59	0	0	40	0.97
35258--35351	46	2.0	48	83	8	122	60	1	0	38	1.04
35388--35419	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
35926--35950	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
36498--36583	31	2.6	33	77	10	88	29	6	6	56	1.52
37648--37674	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
45050--45080	15	2.1	15	100	0	62	25	6	19	48	1.72
54389--54430	22	1.9	22	90	0	66	80	2	16	0	0.81
54464--54623	69	2.4	69	85	6	195	40	3	3	53	1.35
54507--54621	34	3.4	34	72	19	107	38	4	1	55	1.30
54491--54629	69	2.0	69	90	4	219	40	5	2	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54559--54779	108	2.0	109	79	2	239	32	6	7	53	1.56
55151--55201	26	2.0	26	84	7	68	43	3	0	52	1.19
55359--55415	29	2.0	29	92	0	96	50	7	12	29	1.66
56421--56463	16	2.9	14	80	19	52	32	0	2	65	1.06
56980--57058	40	2.0	41	94	2	142	64	3	5	26	1.31
59023--59063	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
61910--61959	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
67885--67916	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
71850--71924	33	2.2	33	85	2	105	29	12	10	48	1.74
77530--77581	19	2.6	21	90	6	81	42	11	15	30	1.82
77634--77659	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80021--80188	51	3.3	50	79	9	151	29	25	11	34	1.90
80122--80375	79	3.2	79	80	5	289	29	24	12	32	1.93
80330--80431	28	3.6	28	85	4	125	22	29	19	28	1.98
80389--80557	79	2.1	79	86	4	234	28	24	13	33	1.93
81912--81953	16	2.5	17	80	7	50	28	9	7	54	1.59
83384--83429	16	2.8	17	77	9	51	58	0	0	41	0.98
83395--83442	25	1.9	25	83	8	62	56	0	0	43	0.99
83383--83457	30	2.5	30	80	12	82	56	0	0	44	0.99
84540--84574	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
84474--84552	38	2.1	39	83	7	99	43	2	0	54	1.14
87155--87192	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87817--87911	30	3.2	30	82	10	115	34	5	6	53	1.49
87861--87925	14	4.4	15	75	9	53	38	4	6	50	1.48
87855--87955	44	2.3	45	87	3	143	34	8	5	50	1.58
87905--87990	30	2.9	30	81	6	86	31	13	4	50	1.63
87838--87972	15	9.0	15	68	13	82	33	9	5	51	1.59
88328--88356	14	2.1	14	100	0	58	17	27	6	48	1.72
91122--91174	20	2.7	20	82	2	63	30	11	16	41	1.84
91204--91257	20	2.7	19	86	11	65	31	16	18	33	1.93
92418--92447	15	2.0	15	93	0	51	63	10	0	26	1.26
93423--93498	16	4.8	16	75	0	71	9	19	32	38	1.84
93426--93506	32	2.5	32	83	0	99	9	19	33	37	1.85
93699--93761	18	3.5	17	83	14	74	42	1	1	53	1.19
93731--93770	18	2.2	18	86	8	55	52	2	0	45	1.14
93909--93949	22	2.0	20	85	9	55	58	0	0	41	0.98
94015--94039	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
95769--95827	19	3.1	19	83	9	59	1	6	5	86	0.76
95779--95827	14	3.6	13	89	8	71	0	4	6	89	0.57
95778--95824	19	2.4	19	89	3	67	0	4	6	89	0.59
95778--95827	1	50.0	1	79	0	55	0	4	6	90	0.57
96021--96050	16	1.9	15	93	6	51	30	16	0	53	1.44
96555--96676	16	7.6	15	70	14	57	21	17	21	40	1.92
96574--96713	65	2.2	65	100	0	280	24	15	18	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96651--96693	16	2.7	16	89	7	61	20	20	23	34	1.96
103993--104090	37	2.7	34	80	13	90	48	1	0	50	1.07
104019--104090	34	2.1	33	82	10	81	51	1	0	47	1.09
110018--110062	16	2.6	18	80	16	51	60	0	0	40	0.97
109994--110064	17	4.3	16	77	11	63	57	0	1	40	1.07
110025--110110	28	3.1	29	82	14	101	55	1	0	43	1.07
110025--110110	29	3.1	28	83	11	97	55	1	0	43	1.07
110025--110110	27	3.1	28	83	8	104	55	1	0	43	1.07
110503--110544	6	7.0	6	81	10	50	76	2	0	21	0.90
110503--110544	18	2.3	18	92	8	68	76	2	0	21	0.90
112895--112926	15	2.2	15	94	5	57	0	34	0	65	0.93
123162--123274	51	2.2	50	78	7	122	38	10	17	33	1.84
123302--123335	11	2.8	13	86	13	54	35	14	14	35	1.87
137279--137369	40	2.3	39	78	16	107	49	1	0	49	1.08
138069--138106	20	1.9	20	100	0	76	18	0	15	65	1.27
139561--139611	17	2.9	17	79	2	57	45	0	1	52	1.12
139584--139625	21	1.9	23	85	9	61	42	4	0	52	1.22
139922--140018	50	1.9	51	87	2	142	40	17	4	38	1.69
140103--140138	15	2.4	15	85	0	54	80	0	16	2	0.83
140526--140580	23	2.6	21	77	8	58	41	0	1	56	1.10
140573--140601	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
141155--141210	29	1.9	29	88	0	85	37	0	5	57	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143360--143392	17	1.9	17	93	0	57	33	3	0	63	1.10
143843--143908	30	2.2	31	86	8	91	60	4	4	30	1.37
145526--145569	21	2.1	21	82	0	52	43	2	11	43	1.53
148853--148892	21	1.9	21	89	0	62	50	7	7	35	1.59
150471--150561	20	4.6	19	78	10	78	37	15	13	34	1.86
155728--155752	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
155761--155885	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
156656--156680	9	2.8	9	100	0	50	32	0	12	56	1.36
161295--161334	6	6.5	6	88	5	62	32	20	0	47	1.50
161301--161342	12	3.4	12	87	12	59	30	21	0	47	1.51
161518--161571	27	2.0	27	100	0	108	25	29	11	33	1.91
163113--163161	20	2.5	20	93	0	80	34	6	16	42	1.73
167172--167197	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
169478--169512	15	2.3	15	90	9	54	25	25	2	45	1.67
170948--171012	33	2.0	32	85	11	87	32	15	13	38	1.87
171041--171096	19	2.8	20	79	12	71	37	16	12	33	1.86
171253--171295	21	2.0	21	90	0	68	48	11	6	32	1.66
171454--171568	57	2.0	57	98	0	221	45	14	6	33	1.72
172029--172062	13	2.6	13	90	0	50	88	2	8	0	0.62
172871--172963	29	3.1	30	69	17	77	30	10	11	47	1.74
174284--174342	30	1.9	32	89	6	95	44	1	3	50	1.28
174315--174355	19	2.0	20	90	9	66	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175193--175242	14	3.1	16	76	23	59	46	0	0	54	1.00
175186--175241	16	3.3	18	75	12	55	48	0	0	51	1.00
175150--175245	42	2.3	41	79	12	99	44	1	1	53	1.14
178799--178838	12	3.1	13	89	10	64	35	15	10	40	1.80
178800--178841	14	3.1	14	90	10	70	35	14	11	38	1.83
181107--181171	25	2.6	25	92	0	112	26	41	12	20	1.87
187467--187491	13	1.9	13	100	0	50	56	4	8	32	1.47
192979--193041	24	2.6	25	80	7	67	41	4	3	50	1.39
194224--194323	49	2.0	51	88	7	152	37	13	18	32	1.88
194242--194479	80	3.0	79	78	4	253	34	13	20	32	1.91

Tables:   1   2   3