genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold334
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  475332

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194487--194588	37	2.8	37	83	3	125	32	11	20	35	1.89
194802--194871	28	2.5	28	85	0	86	27	17	18	37	1.93
195215--195284	15	4.8	14	70	15	52	40	14	15	30	1.87
196088--196191	54	1.9	54	82	3	129	21	17	12	49	1.79
196134--196342	49	4.1	49	74	8	152	22	12	13	51	1.74
196103--196339	100	2.3	104	77	8	252	22	14	13	48	1.79
196973--197036	28	2.2	28	78	15	69	29	6	1	62	1.29
197358--197386	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
198335--198488	74	2.1	74	86	0	209	46	5	7	40	1.57
198739--198792	24	2.2	26	75	18	62	53	1	3	40	1.29
199509--199663	74	2.1	74	81	0	184	44	4	6	44	1.50
201022--201064	19	2.3	18	84	4	59	53	2	0	44	1.13
204999--205050	27	2.0	26	84	3	68	19	28	17	34	1.94
214114--214165	21	2.5	21	87	0	68	26	19	30	23	1.98
218299--218620	62	5.2	62	85	5	391	25	24	19	30	1.98
218658--218931	32	8.5	31	75	9	217	30	27	17	25	1.97
218787--218899	33	3.5	33	78	8	90	31	29	15	23	1.95
218656--218910	31	7.9	32	75	11	207	30	25	17	26	1.97
218656--218933	98	2.9	95	78	9	285	30	27	16	25	1.97
218741--218964	98	2.3	99	78	9	233	32	29	13	25	1.93
218980--219087	52	2.1	52	83	0	135	25	26	15	31	1.96
220130--220187	29	2.0	29	96	0	107	39	3	36	20	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226093--226127	17	2.0	18	88	5	54	28	20	5	45	1.73
229900--229930	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
232581--232620	2	19.5	2	94	5	71	47	2	0	50	1.14
234910--234970	26	2.3	26	78	13	63	59	13	9	18	1.61
235826--235862	17	2.2	17	90	0	56	83	8	8	0	0.80
237447--237479	5	6.8	5	93	3	50	12	0	42	45	1.41
239057--239096	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
239972--240010	14	2.8	14	88	0	51	30	15	5	48	1.66
240269--240316	22	2.2	22	85	3	62	60	10	4	25	1.47
240861--240927	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
241368--241424	19	2.9	18	77	15	51	28	12	19	40	1.87
243848--243894	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
246439--246505	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
246944--246996	19	2.7	20	85	8	72	28	13	18	39	1.88
246944--247002	19	3.0	18	80	14	64	25	11	22	40	1.88
247775--247823	24	2.0	24	92	0	80	38	16	8	36	1.78
251511--251546	14	2.6	14	90	0	54	38	27	5	27	1.79
251534--251582	18	2.7	18	93	0	89	38	20	0	40	1.53
254062--254122	26	2.3	26	81	10	63	62	3	1	32	1.21
255072--255154	24	3.3	23	73	18	69	59	2	0	38	1.11
255399--255423	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
255430--255539	14	7.6	14	68	22	50	66	0	0	32	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255461--255520	23	2.8	20	80	17	59	68	1	0	30	0.99
255469--255537	23	3.1	23	83	4	79	72	0	0	27	0.85
255497--255594	18	5.6	18	72	17	64	68	3	0	28	1.05
255473--255536	31	2.0	32	85	8	87	71	0	0	28	0.86
258597--258624	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
259817--259875	18	3.4	18	80	13	70	42	3	0	54	1.17
259788--259852	25	2.5	24	76	11	58	38	1	1	58	1.17
260234--260273	19	2.1	19	85	0	53	52	0	5	42	1.23
260473--260547	26	3.0	26	78	5	66	46	0	0	53	1.00
260846--260893	21	2.3	21	82	13	55	54	0	0	45	0.99
261005--261060	29	1.9	29	82	7	69	42	0	1	55	1.10
261799--261908	50	2.2	50	85	3	152	35	19	16	29	1.93
266321--266452	50	2.6	50	85	2	176	29	18	18	34	1.94
267030--267083	19	2.9	19	81	10	67	51	0	0	48	1.00
267976--268000	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
268935--268974	19	2.1	19	86	9	55	40	5	2	52	1.37
272278--272310	16	2.0	17	88	5	50	69	0	3	27	1.03
272665--272717	24	2.2	25	80	16	67	45	0	0	54	0.99
272657--272698	19	2.2	20	86	4	59	52	0	0	47	1.00
272683--272724	12	3.6	12	78	15	52	42	0	0	57	0.99
272654--272724	20	3.3	21	79	16	74	46	0	0	53	1.00
276266--276314	20	2.5	20	82	0	62	10	48	4	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278764--278809	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
287401--287449	25	2.0	25	88	8	73	46	6	4	42	1.47
287588--287651	28	2.3	29	75	5	69	48	1	4	45	1.32
287714--287756	14	3.0	14	86	3	59	62	0	0	37	0.95
288070--288127	18	3.3	18	75	13	50	50	3	1	44	1.29
288791--288825	14	2.6	14	90	4	54	71	0	22	5	1.07
292199--292274	14	6.0	13	71	20	63	44	1	0	53	1.08
292213--292274	24	2.4	25	84	13	81	45	1	0	53	1.10
292877--292901	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
293735--293789	28	2.0	28	82	7	67	47	3	1	47	1.30
293767--293825	19	3.1	19	80	4	66	59	1	0	38	1.08
293796--293855	31	2.0	30	87	9	86	61	1	0	36	1.06
298553--298586	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
300576--300669	47	2.0	47	91	0	152	45	24	11	18	1.82
305623--305672	25	2.0	25	84	0	64	60	0	0	40	0.97
308063--308091	12	2.3	13	94	5	51	13	3	0	82	0.79
310605--310648	23	1.9	23	90	0	70	40	2	6	50	1.42
312140--312173	14	2.6	14	90	9	54	47	0	0	52	1.00
312897--312940	17	2.6	17	81	0	61	36	0	11	52	1.38
314030--314082	18	2.9	19	72	8	56	52	0	5	41	1.25
314453--314503	25	2.0	25	88	0	75	27	13	27	31	1.94
316969--317058	45	2.0	45	97	0	171	38	15	18	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329529--329561	12	2.8	12	86	4	50	66	0	3	30	1.06
329608--329663	17	3.4	16	72	16	51	42	0	0	57	0.99
329828--329872	20	2.2	21	84	11	58	44	0	0	55	0.99
331355--331427	25	2.9	25	83	6	85	50	0	2	46	1.15
335975--336017	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
336433--336468	4	9.0	4	100	0	72	75	0	25	0	0.81
336785--336820	19	1.9	18	88	5	54	30	5	5	58	1.44
337265--337298	17	2.0	17	88	11	52	29	5	11	52	1.61
337696--337745	14	3.4	14	81	13	57	46	0	2	52	1.12
337714--337743	15	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
337926--338001	27	2.7	26	75	15	64	32	1	2	63	1.17
338048--338112	19	3.5	19	75	10	62	36	1	4	56	1.29
337937--338121	97	1.9	96	81	10	225	34	1	4	60	1.24
341444--341506	33	1.9	33	83	6	83	6	26	3	63	1.34
344287--344728	76	5.7	78	83	4	493	35	14	23	26	1.93
344287--344720	157	2.8	155	83	3	439	35	14	23	26	1.94
344284--344767	155	3.1	151	79	7	474	34	14	24	26	1.94
346511--346611	42	2.4	42	85	8	125	44	14	26	13	1.83
346635--346862	61	3.8	61	85	6	293	27	19	26	25	1.99
346689--347096	215	1.9	214	84	5	554	26	19	27	25	1.99
346904--347822	55	16.0	54	83	9	931	26	19	27	26	1.99
347706--347793	26	3.3	26	67	14	79	21	20	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348809--348895	1	87.0	1	74	0	75	1	3	8	87	0.70
348809--348895	23	3.7	23	77	8	86	1	3	8	87	0.70
348809--348895	16	5.4	16	78	8	95	1	3	8	87	0.70
348809--348874	31	2.2	31	86	2	89	1	4	6	87	0.70
348821--348896	30	2.5	30	85	6	91	1	1	10	86	0.68
361238--361467	79	2.9	78	80	5	275	34	13	25	26	1.93
361411--361525	51	2.3	51	81	3	142	27	13	28	29	1.95
361485--361834	76	4.5	77	88	2	463	32	14	26	26	1.95
361355--361603	130	1.9	130	86	1	356	32	12	25	28	1.93
361770--361870	51	2.0	51	84	3	132	32	11	26	28	1.92

Tables:   1   2   3