genome.fa.s341.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold341
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1349338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163637--163708	32	2.2	32	85	2	90	44	0	5	50	1.25
163739--163798	28	2.1	30	90	6	97	38	1	6	53	1.37
164311--164363	21	2.5	21	93	0	97	32	9	13	45	1.75
166622--166670	19	2.6	19	86	0	62	0	30	0	69	0.89
167308--167369	4	16.0	4	73	6	56	0	24	0	75	0.80
167305--167364	15	3.9	15	84	2	66	0	25	0	75	0.81
167443--167469	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
168227--168269	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
168859--168909	20	2.6	19	81	9	57	47	1	0	50	1.12
169558--169589	17	1.9	17	93	6	57	43	6	0	50	1.27
169642--169688	21	2.2	22	85	11	62	55	0	2	42	1.12
170958--171010	23	2.3	23	90	6	81	41	9	5	43	1.61
171731--171755	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
175741--175797	23	2.5	23	82	5	62	63	0	0	36	0.95
178876--178914	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
179496--179529	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
179516--179555	17	2.4	17	78	0	53	25	0	7	67	1.16
179559--179610	16	3.2	16	79	15	63	25	11	11	51	1.71
180507--180570	25	2.6	24	75	20	60	60	4	1	32	1.26
180765--180800	16	2.2	16	90	5	54	47	5	5	41	1.50
181106--181170	24	2.9	23	78	19	82	44	0	0	55	0.99
181106--181179	21	3.4	21	80	10	78	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181101--181188	44	2.1	43	83	10	110	45	0	0	54	0.99
181237--181295	14	4.1	15	82	10	70	45	1	1	50	1.21
181228--181285	29	2.0	28	81	15	66	44	3	0	51	1.18
181237--181295	29	2.0	29	87	12	86	45	1	1	50	1.21
181358--181399	20	2.1	20	86	8	59	54	0	0	45	0.99
181543--181624	29	2.8	29	71	15	71	56	2	0	41	1.13
181607--181675	34	2.1	33	83	2	84	46	1	0	52	1.09
184301--184341	2	21.5	2	90	9	68	51	0	0	48	1.00
184870--184911	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
187191--187230	19	2.0	20	85	4	55	67	2	5	25	1.23
187350--187409	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
189379--189415	5	7.4	5	93	0	65	0	21	0	78	0.75
189984--190032	19	2.4	21	80	10	57	44	0	0	55	0.99
189965--190022	27	2.2	27	78	3	64	43	0	0	56	0.99
191671--191718	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
193873--193919	23	2.0	23	100	0	94	25	12	21	40	1.89
194861--194894	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
195359--195411	22	2.5	21	78	9	63	43	1	0	54	1.11
195703--195729	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
199865--199919	27	2.0	27	89	0	83	30	20	18	30	1.96
202004--202067	32	2.0	32	87	0	92	53	9	3	34	1.49
203661--203700	21	1.9	21	84	0	53	25	5	0	70	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204112--204161	18	2.9	18	80	11	61	58	0	0	42	0.98
204109--204163	16	3.4	16	73	19	51	60	0	0	40	0.97
205758--205792	17	2.0	18	88	5	54	25	2	0	71	1.00
207536--207581	19	2.4	19	89	10	76	73	4	0	21	1.00
207536--207584	10	5.1	10	79	16	59	73	4	0	22	1.00
207547--207591	20	2.2	20	84	7	56	73	4	4	17	1.17
208591--208662	21	3.5	21	78	10	69	51	0	0	48	1.00
208600--208662	22	3.0	20	78	13	65	52	0	0	47	1.00
211703--211732	14	2.1	15	93	6	53	26	30	0	43	1.55
215922--215964	23	2.0	21	81	9	50	46	4	2	46	1.36
217706--217741	10	3.5	11	82	17	51	33	0	0	66	0.92
217706--217755	26	1.9	26	87	0	73	30	0	2	68	1.01
217724--217769	19	2.4	20	76	20	53	21	0	4	73	1.00
218158--218246	46	2.0	46	82	8	112	47	5	5	41	1.50
219005--219035	10	3.0	10	95	4	53	58	3	0	38	1.15
219956--220003	14	3.5	14	81	13	55	75	2	20	2	1.02
220339--220395	18	3.3	18	75	9	64	21	5	8	64	1.41
220338--220397	17	3.4	18	72	6	52	25	5	8	61	1.44
220354--220393	16	2.5	16	79	0	53	20	5	10	65	1.42
220337--220411	34	2.2	35	80	2	89	29	4	6	60	1.41
221174--221207	14	2.4	14	86	13	52	41	0	0	58	0.98
221182--221233	21	2.3	22	83	12	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221170--221235	35	1.9	35	81	9	82	43	0	0	56	0.99
222526--222590	32	2.0	33	87	3	96	40	3	0	56	1.15
223430--223467	6	6.3	6	96	0	67	15	28	18	36	1.92
224854--224883	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
235860--235921	11	5.5	11	81	7	72	32	0	0	67	0.91
235835--235934	23	4.8	22	76	12	70	34	1	0	65	1.00
235818--235922	11	9.8	11	67	21	55	30	1	0	67	1.01
235823--235934	21	5.3	21	71	18	65	32	1	0	66	1.03
235864--235927	17	3.7	18	75	8	71	31	0	0	68	0.90
235942--235982	20	2.0	20	85	9	55	48	0	0	51	1.00
235942--235989	21	2.4	19	83	13	53	45	0	0	54	0.99
236688--236715	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
241618--241660	18	2.4	19	81	14	56	53	0	0	46	1.00
244324--244387	32	2.0	33	90	3	103	56	0	0	43	0.99
244329--244393	20	3.6	19	71	26	61	52	0	0	47	1.00
244384--244430	24	2.0	24	87	8	69	59	10	0	29	1.31
245635--245701	30	2.2	31	89	5	109	62	8	4	23	1.43
245654--245701	15	3.2	15	72	0	51	60	8	6	25	1.49
246113--246160	21	2.3	21	79	10	55	47	6	4	41	1.48
246798--246859	27	2.3	28	79	17	78	56	0	0	43	0.99
248881--248917	16	2.3	16	95	0	65	64	0	0	35	0.94
250058--250096	11	3.7	10	86	3	51	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250055--250105	22	2.3	21	75	15	50	43	1	0	54	1.11
250219--250262	23	1.9	23	86	9	63	56	6	4	31	1.46
250283--250409	23	5.8	22	70	19	88	57	2	0	40	1.12
250253--250396	45	3.2	45	73	15	120	56	2	0	41	1.11
250248--250388	22	6.4	21	71	14	72	57	1	0	41	1.07
250284--250390	8	13.5	8	66	23	57	58	1	0	39	1.09
250705--251045	136	2.6	129	85	7	449	53	2	3	41	1.30
251167--251214	24	2.0	24	91	0	78	47	6	0	45	1.27
255182--255244	23	2.8	22	80	9	65	46	0	0	53	1.00
255480--255557	39	1.9	39	87	5	111	48	1	0	50	1.09
255524--255559	12	2.9	12	91	4	54	47	0	0	52	1.00
262208--262240	17	2.1	17	88	11	52	24	3	0	72	0.98
267232--267797	279	2.0	280	93	1	974	37	13	19	30	1.89
269171--269200	13	2.2	14	94	5	53	0	23	0	76	0.78
269623--269954	166	2.0	166	96	0	610	37	15	11	35	1.83
270182--270267	43	2.0	43	88	0	127	32	16	22	29	1.95
270388--270560	32	5.5	31	79	8	147	19	21	28	30	1.98
270401--270566	30	5.3	32	80	8	157	17	20	30	31	1.96
270401--271927	29	53.0	28	79	6	1184	24	16	28	30	1.97
270401--271949	57	26.9	57	79	5	1304	24	16	28	30	1.97
271389--271522	59	2.3	57	83	2	151	31	16	23	29	1.96
271935--272050	27	4.3	27	80	4	117	34	12	25	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271935--272048	54	2.1	54	81	0	129	34	13	25	27	1.93
273456--273527	23	3.1	22	82	6	72	6	11	9	72	1.29
280439--280468	9	3.3	9	90	0	51	13	0	0	86	0.57
286179--286253	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
286179--286256	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
287164--287215	22	2.3	23	93	6	97	19	11	9	59	1.59
290533--290559	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
303751--303833	9	9.2	9	74	8	53	18	81	0	0	0.68
303739--303817	38	2.1	37	88	2	113	18	79	1	0	0.80
303710--303833	31	4.0	31	75	7	108	21	77	0	0	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9