genome.fa.s341.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold341
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1349338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756195--756271	36	2.1	38	86	9	108	40	3	0	55	1.18
756188--756275	34	2.7	31	76	22	90	42	4	0	53	1.21
756343--756440	35	2.7	35	76	16	101	40	2	3	54	1.28
756963--757024	30	2.1	30	81	6	72	41	3	17	37	1.66
757958--758002	2	22.5	2	95	0	81	51	2	0	46	1.13
759790--759826	18	2.1	18	89	0	56	51	0	2	45	1.15
765017--765106	16	5.6	16	78	0	90	8	20	33	37	1.83
765544--765742	99	2.0	99	79	5	215	46	9	6	37	1.61
775234--775671	220	2.0	220	98	0	849	40	13	13	32	1.83
775669--775699	11	2.8	11	95	0	53	38	12	9	38	1.77
776473--776511	17	2.3	17	90	0	60	48	10	0	41	1.37
777287--777350	23	2.8	23	84	11	87	65	1	0	32	1.02
777281--777352	11	6.5	11	81	9	83	63	1	1	33	1.11
782848--782909	31	2.0	31	96	0	115	30	12	11	45	1.78
784005--784050	3	15.3	3	100	0	92	0	32	0	67	0.91
784520--784571	18	2.8	19	74	11	54	46	0	1	51	1.12
786077--786115	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
786249--786287	13	3.0	13	92	0	69	38	12	17	30	1.88
792474--792498	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
794912--794950	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
794974--795024	21	2.5	21	81	9	61	39	17	15	27	1.90
795066--795117	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798879--798931	26	2.0	26	88	0	79	24	3	18	52	1.62
800349--800389	17	2.5	17	92	4	66	39	0	0	60	0.96
802209--802245	13	2.7	14	91	8	67	37	0	0	62	0.96
802290--802343	18	2.9	18	73	13	56	62	0	0	37	0.95
812040--812389	174	2.0	174	89	0	538	26	13	26	34	1.93
816212--816248	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
816248--816298	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
817190--817216	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
820527--820616	43	2.1	43	95	0	162	51	18	11	18	1.76
827354--827380	12	2.2	12	100	0	54	59	22	7	11	1.56
832183--832242	25	2.4	25	97	0	111	40	20	15	25	1.90
832357--832414	29	2.0	29	93	0	98	41	0	13	44	1.44
835669--835783	16	7.2	16	80	3	124	40	27	16	15	1.89
835654--835799	48	3.0	48	81	7	163	40	26	16	17	1.90
835723--835791	16	4.3	16	81	3	68	43	27	14	14	1.84
835669--835800	32	4.1	32	82	0	120	40	27	15	16	1.89
835857--835897	21	1.9	22	85	5	57	53	0	4	41	1.22
836770--836871	53	1.9	53	84	4	134	36	29	14	19	1.92
836846--836994	32	4.6	32	66	12	81	42	30	14	12	1.81
836872--836930	16	3.7	16	88	0	82	44	33	11	10	1.75
836867--836979	48	2.4	48	80	3	129	42	30	14	12	1.82
836924--836989	16	4.1	15	74	16	53	42	25	16	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845276--845327	26	2.0	26	81	3	61	40	0	0	59	0.97
846321--846365	18	2.6	18	86	6	58	51	2	0	46	1.13
846349--846381	11	3.1	11	91	4	50	63	0	0	36	0.95
848147--848175	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
851116--851274	1	159.0	1	77	0	120	0	8	5	86	0.71
851116--851275	35	4.7	34	92	7	265	0	8	5	85	0.73
851116--851268	67	2.3	67	95	4	274	0	7	5	86	0.71
860111--860247	35	3.7	37	72	19	110	56	1	2	40	1.21
860127--860225	35	2.7	36	77	12	121	55	1	3	40	1.22
860215--860268	29	2.0	28	85	10	76	53	1	0	44	1.11
860313--860426	33	3.4	33	75	13	99	60	0	1	36	1.13
860326--860408	32	2.4	34	77	18	84	57	1	1	39	1.14
872200--872368	28	5.9	28	73	12	103	34	11	8	44	1.71
872214--872403	56	3.4	55	70	11	170	34	10	8	45	1.70
872219--872424	112	1.8	112	86	2	297	33	11	8	46	1.70
876088--876135	21	2.3	20	86	6	69	33	2	2	62	1.18
876459--876521	24	2.7	23	82	7	72	52	3	3	41	1.33
876740--876787	23	2.1	23	88	7	71	41	0	0	58	0.98
877142--877193	3	17.3	3	95	0	95	30	0	0	69	0.89
879403--879462	21	2.6	22	84	10	68	48	0	1	50	1.11
879372--879465	25	3.6	25	74	8	73	46	2	1	50	1.20
879358--879464	50	2.1	53	80	16	118	46	2	0	49	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879453--879500	20	2.4	20	89	0	78	41	6	2	50	1.39
880277--880376	10	9.7	10	70	17	62	40	3	1	56	1.22
880340--880403	22	2.8	23	75	18	62	31	3	0	65	1.08
880361--880395	17	2.0	18	88	5	54	25	0	0	74	0.82
891469--891493	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
891478--891534	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
891579--891631	13	4.5	13	71	26	55	32	11	16	39	1.85
891563--891631	33	2.1	33	86	5	95	30	10	18	40	1.84
895020--895061	15	2.8	15	78	7	50	76	2	0	21	0.90
897158--897499	52	6.6	51	70	12	185	29	26	12	31	1.92
897222--897298	28	2.7	29	86	4	95	24	35	18	22	1.96
897281--897500	52	4.3	51	80	7	214	29	25	12	33	1.92
897483--897557	28	2.6	31	84	12	90	24	32	18	25	1.97
897514--897694	79	2.3	79	86	0	236	24	26	16	32	1.96
901963--902060	19	5.8	18	70	28	81	37	17	11	33	1.85
901958--902058	32	3.1	32	95	1	175	36	17	10	34	1.85
901982--902038	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
903033--903354	43	7.1	43	77	12	320	32	18	24	25	1.97
902989--903354	92	3.9	92	90	1	554	32	18	24	25	1.97
902989--903355	49	7.8	48	78	11	377	32	17	23	25	1.97
903354--903520	32	5.2	33	85	7	245	19	17	35	28	1.94
903527--904040	100	5.2	100	82	9	471	33	13	32	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903522--904040	34	15.9	35	73	17	304	33	13	32	20	1.91
903527--903848	97	3.3	98	87	5	431	33	13	32	20	1.91
903623--904040	64	6.5	63	74	14	182	33	13	33	19	1.91
903661--903977	158	2.0	164	85	6	443	32	11	34	20	1.90
903723--903940	61	3.4	61	84	6	265	31	12	34	21	1.91
905304--905349	14	3.4	14	79	11	60	0	0	17	82	0.67
905305--905352	6	7.8	6	80	11	53	0	0	16	83	0.65
905818--905891	20	3.6	20	78	7	94	37	13	17	31	1.89
905818--905912	42	2.3	42	94	1	165	40	12	17	29	1.87
905951--905976	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
910038--910068	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
912147--912185	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
914026--914121	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
914679--914751	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
914696--914772	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
914679--914772	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
914811--914836	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
922377--922401	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
922439--922572	32	4.1	33	97	0	236	35	17	11	35	1.86
922463--922552	13	5.9	13	71	28	63	33	17	13	35	1.89
922508--922625	53	2.2	53	96	0	218	35	17	11	35	1.85
922476--922659	86	2.2	85	96	1	341	35	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922561--922658	33	3.0	33	98	0	187	34	18	11	35	1.86
922614--922638	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
922696--922724	14	2.1	14	100	0	58	27	13	13	44	1.82
923970--923996	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
934264--934316	11	5.2	10	80	13	54	84	5	7	1	0.82
934265--934316	19	2.6	19	84	6	59	84	5	7	1	0.84
935279--935483	62	3.5	62	82	6	248	26	27	18	26	1.98
935315--935486	55	3.0	55	80	11	193	27	27	19	26	1.99
935313--935693	211	1.8	211	90	2	613	25	28	19	26	1.99
935505--936153	110	5.7	110	83	6	669	26	26	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9