genome.fa.s347.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold347
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  182017

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70--179	51	2.1	52	83	12	138	30	10	25	32	1.90
2549--2574	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2528--2594	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2614--2681	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2636--2660	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2617--2679	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2737--2793	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2803--2838	18	2.0	18	100	0	72	11	5	0	83	0.80
3431--3998	55	10.3	55	91	3	864	20	20	30	29	1.97
4980--5031	1	52.0	1	84	0	68	0	1	5	92	0.45
17411--17492	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
17475--17645	51	3.3	51	80	4	207	33	11	25	29	1.91
17577--17726	81	1.9	81	88	2	232	31	14	25	28	1.95
17656--17830	53	3.3	52	79	9	203	32	12	26	28	1.93
17444--17861	185	2.3	184	97	1	784	33	13	26	27	1.93
17813--17888	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
17872--18004	51	2.5	51	78	14	135	31	9	25	33	1.88
20350--20375	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20329--20395	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
20415--20482	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
20437--20461	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
20418--20480	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20538--20594	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
20599--20640	1	42.0	1	92	0	57	4	2	0	92	0.44
20604--20643	20	2.0	20	100	0	80	10	5	0	85	0.75
22783--22906	50	2.5	50	91	0	194	29	16	20	33	1.95
22891--22922	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
22843--22972	66	2.0	66	93	0	224	27	18	20	33	1.96
22906--23017	50	2.2	50	87	0	161	32	18	16	33	1.93
22793--23017	116	1.9	116	86	1	317	30	18	17	33	1.94
23599--23636	14	2.5	15	83	12	51	52	0	0	47	1.00
27876--28083	79	2.6	79	83	3	240	30	15	28	25	1.96
28035--28110	27	2.8	27	90	6	109	22	21	32	23	1.98
28094--28219	51	2.4	51	84	4	162	30	11	23	34	1.91
30570--30597	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
30583--30648	19	3.8	18	75	24	79	39	15	12	33	1.84
30549--30647	32	3.1	32	88	4	146	39	16	13	31	1.86
30603--30627	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30684--30739	21	2.7	21	91	0	76	33	21	12	32	1.91
31506--31647	28	5.1	28	60	20	66	23	20	28	27	1.99
31489--32010	55	9.5	55	88	5	768	21	20	30	28	1.98
31642--31786	26	5.3	26	61	18	71	20	17	33	28	1.95
31505--32010	110	4.6	110	93	2	872	21	20	30	28	1.98
31489--34139	165	16.1	165	89	5	3806	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32017--34144	55	38.5	55	88	3	3081	21	19	29	28	1.98
32618--32762	26	5.3	26	62	21	73	20	17	32	29	1.96
33007--33089	27	3.0	27	60	16	62	21	20	28	28	1.98
33389--33529	28	5.1	27	62	15	65	22	19	29	27	1.98
35132--35187	13	4.4	13	82	14	64	0	7	8	83	0.80
35132--35182	26	1.9	27	88	4	77	0	7	7	84	0.78
35138--35186	18	2.6	18	87	6	62	0	8	6	85	0.73
47589--47795	79	2.6	79	83	3	238	30	15	28	25	1.96
47747--47819	27	2.6	28	83	12	89	23	20	31	24	1.98
50285--50310	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
50264--50330	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
50350--50417	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
50372--50396	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
50353--50415	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
50453--50529	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
51496--51526	14	2.2	14	100	0	62	48	0	0	51	1.00
53940--54263	178	1.8	177	82	4	411	42	12	14	30	1.82
54929--54960	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
58962--58997	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
61999--62037	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
63337--63383	24	2.0	24	91	8	78	44	21	14	19	1.86
72932--72996	20	3.3	20	68	12	62	55	7	7	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73838--74173	180	1.9	182	82	3	437	43	9	16	30	1.80
75851--75893	2	21.5	2	86	9	61	51	2	0	46	1.13
79696--79751	26	2.1	28	80	12	64	41	0	1	57	1.09
79759--79831	33	2.2	34	92	2	121	47	1	1	49	1.18
80679--80731	21	2.5	22	78	9	65	49	1	0	49	1.12
85709--85746	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
86177--86232	29	2.0	27	82	6	67	51	0	1	46	1.11
87107--87143	15	2.3	17	86	13	60	59	0	0	40	0.97
87800--87835	12	3.1	12	92	4	56	66	0	0	33	0.92
90947--91006	25	2.4	25	80	8	68	41	0	0	58	0.98
90956--91008	22	2.3	24	81	15	67	43	0	0	56	0.99
91004--91085	33	2.5	32	88	7	119	47	1	2	48	1.22
93670--93707	18	2.1	19	85	5	51	52	0	0	47	1.00
94713--94747	15	2.3	15	90	0	52	51	0	2	45	1.16
94760--94801	17	2.4	19	84	15	63	40	4	0	54	1.21
95252--95276	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95720--95804	39	2.2	37	76	19	84	47	1	0	51	1.08
100000--100052	22	2.5	22	90	3	81	22	3	18	54	1.59
100037--100175	34	4.1	34	79	9	158	29	4	19	46	1.69
100028--100167	68	2.1	68	87	0	199	29	4	20	46	1.69
100475--100542	19	3.7	18	84	9	75	35	20	13	30	1.91
107584--107630	11	4.2	11	76	15	51	68	4	0	27	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107599--107646	19	2.4	19	82	10	51	68	2	2	27	1.11
107619--107660	18	2.3	19	83	4	50	71	4	2	21	1.16
107656--107707	13	4.1	13	82	7	63	51	1	0	46	1.12
107761--107803	22	2.0	22	90	4	70	6	23	0	69	1.12
107831--107888	10	5.5	11	82	13	61	68	0	0	31	0.89
107569--107999	232	1.9	230	81	8	534	48	8	1	40	1.45
107993--108051	22	2.8	21	72	25	52	5	23	0	71	1.06
107993--108046	15	3.7	15	79	20	53	3	24	0	72	1.01
107987--108046	26	2.2	27	82	5	68	3	23	0	73	0.98
108321--108369	19	2.6	19	87	6	64	38	4	8	48	1.52
109229--109266	15	2.4	16	91	4	60	52	0	0	47	1.00
109505--109536	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
111727--111791	20	3.3	19	77	10	60	41	0	0	58	0.98
112099--112153	23	2.4	24	75	9	60	0	34	7	58	1.26
114321--114470	51	3.0	50	89	6	250	21	7	15	56	1.64
121432--121459	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
122023--122068	19	2.4	19	85	7	58	26	15	6	52	1.67
123193--123239	16	2.9	16	77	0	58	40	0	0	59	0.97
123398--123427	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
123575--123651	32	2.6	28	73	21	68	51	2	1	44	1.23
123569--123615	24	2.0	24	83	8	60	51	2	0	46	1.13
123774--123804	6	5.3	6	92	7	55	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124732--124767	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
125260--125358	50	2.0	50	86	4	137	38	15	17	29	1.90
126328--126356	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
126956--127008	28	1.9	27	85	11	72	58	1	0	39	1.09
129242--129267	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
129338--129392	20	2.8	20	88	5	76	29	16	16	38	1.90
131820--131844	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
133924--133954	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
135744--135792	22	2.3	20	79	6	53	24	16	4	55	1.59
137999--138024	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2