genome.fa.s351.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold351
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  325634

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 261 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15082--15115	15	2.2	15	89	5	50	64	0	0	35	0.94
15070--15165	16	6.4	16	71	16	62	57	7	0	35	1.27
17792--17826	18	1.9	18	88	11	54	51	0	0	48	1.00
18528--18572	21	2.2	20	84	11	56	37	0	0	62	0.96
18631--18681	20	2.6	19	78	9	57	35	3	9	50	1.54
23657--23751	19	5.6	19	69	27	88	36	16	12	33	1.87
23644--23753	32	3.4	32	96	0	193	35	16	14	33	1.89
23676--23732	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
29081--29126	20	2.3	21	78	17	53	54	4	0	41	1.20
29163--29208	14	3.2	15	82	14	53	52	0	0	47	1.00
31028--31075	2	23.0	2	87	8	69	47	4	2	45	1.33
39088--39134	22	2.1	22	100	0	94	8	4	23	63	1.40
39082--39134	22	2.5	21	88	8	81	11	3	20	64	1.42
39388--39433	23	2.0	23	91	0	74	41	6	15	36	1.73
39588--39665	38	2.1	38	97	0	147	35	15	17	30	1.91
40524--40572	21	2.3	21	82	0	62	67	0	2	30	1.02
41490--41533	22	2.0	22	86	4	61	59	2	2	36	1.23
42156--42187	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
43958--44000	17	2.5	17	82	14	52	16	6	4	72	1.24
47594--47643	13	3.8	13	91	0	82	30	10	16	44	1.80
47594--47645	26	2.0	26	96	0	95	30	9	15	44	1.78
48474--48611	61	2.3	61	82	2	170	34	11	28	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48569--48811	52	4.7	52	78	9	237	34	15	24	25	1.94
48566--48812	104	2.4	103	83	5	302	34	15	24	25	1.95
48724--48974	88	2.8	88	84	4	317	29	16	25	28	1.97
48904--49087	53	3.6	49	79	7	188	32	15	26	26	1.95
48904--49089	51	3.6	51	79	4	187	32	15	25	26	1.96
49157--49685	34	16.5	33	71	16	325	36	11	30	21	1.89
49157--49472	95	3.3	93	82	8	395	33	11	32	22	1.89
49480--49537	27	2.1	27	84	6	73	39	13	24	22	1.90
49507--49646	33	4.2	32	75	14	108	40	12	28	18	1.86
49189--49633	129	3.5	126	77	9	336	35	11	30	22	1.90
49522--49672	67	2.2	67	79	12	166	38	11	29	19	1.88
63786--63811	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
66240--66264	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
66139--66353	111	2.0	109	94	1	376	52	17	6	24	1.68
66593--66663	23	3.1	22	86	9	90	5	16	38	39	1.73
66558--66763	78	2.6	78	83	3	241	7	22	32	37	1.83
67126--67210	32	2.7	32	94	0	143	31	11	18	37	1.87
67140--67201	19	3.6	18	71	24	53	30	11	19	38	1.87
67255--67279	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
67288--67416	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
81259--81316	17	3.6	16	77	15	57	81	17	1	0	0.78
81259--81316	8	7.1	8	78	9	55	81	17	1	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82742--82831	29	3.1	30	76	9	114	30	28	15	25	1.96
82804--82957	32	4.6	33	75	11	134	20	28	15	35	1.93
82804--82965	34	4.8	33	77	10	141	19	29	14	36	1.92
82804--82964	69	2.4	66	78	10	175	19	29	14	36	1.92
82938--83007	30	2.4	28	88	4	95	35	30	17	17	1.92
82944--83007	28	2.2	29	88	5	94	35	29	17	17	1.92
83022--83259	49	4.8	50	81	4	241	26	23	15	34	1.95
83242--83355	52	2.2	52	79	0	120	28	25	12	34	1.92
83391--83672	49	5.8	49	83	2	334	25	25	16	32	1.96
83213--83535	168	1.9	174	84	8	439	27	26	13	33	1.93
83419--83672	97	2.6	98	81	2	269	25	25	16	32	1.96
83394--83676	146	1.9	146	89	1	433	25	24	16	33	1.96
84393--84417	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
84426--84553	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
87799--87840	21	2.0	21	95	0	75	35	9	30	23	1.87
88030--88101	32	2.2	32	90	0	108	30	12	18	38	1.87
88141--88293	52	2.9	52	89	1	227	35	18	16	28	1.94
91818--91857	20	2.0	21	85	5	55	20	5	2	72	1.15
92360--93176	43	19.2	43	83	3	915	39	18	28	13	1.89
92360--93176	85	9.6	85	84	2	944	39	18	28	13	1.89
107021--107071	23	2.3	22	89	3	75	9	21	37	31	1.86
106978--107338	78	4.6	78	85	2	506	8	22	31	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107166--107216	22	2.3	23	86	3	68	9	21	31	37	1.86
106978--107337	160	2.3	158	87	1	508	8	22	31	37	1.84
107755--107814	31	1.9	31	93	0	102	16	23	20	40	1.91
108701--108831	60	2.2	61	83	4	167	38	12	23	24	1.90
108785--109020	52	4.6	52	73	5	172	38	16	21	24	1.93
108776--109029	103	2.5	103	80	5	280	37	15	22	24	1.93
110217--110248	15	2.1	15	94	0	55	75	0	3	21	0.95
112676--112710	16	2.2	16	89	0	52	5	17	5	71	1.25
118479--118521	22	2.0	22	86	9	61	62	0	0	37	0.95
119076--119134	30	2.0	30	86	3	84	22	5	5	67	1.30
120317--120349	16	2.1	16	88	11	50	18	3	9	69	1.28
122882--122961	8	9.9	8	76	12	74	81	13	1	3	0.89
122890--122943	22	2.3	23	87	6	74	85	12	0	1	0.69
122882--122944	31	2.1	29	88	5	90	84	12	0	3	0.75
122890--122927	11	3.5	11	88	0	58	86	13	0	0	0.56
122882--122961	17	4.9	16	79	13	74	81	13	1	3	0.89
122890--122944	10	5.5	10	77	16	60	85	12	0	1	0.68
122995--123057	8	7.9	8	85	0	72	77	4	1	15	1.01
122882--123050	19	8.8	19	68	13	62	76	9	1	13	1.08
122993--123057	24	2.7	25	80	7	80	76	4	1	16	1.02
123867--123955	19	4.6	19	76	12	74	31	39	19	10	1.84
125848--126158	157	2.0	154	81	6	367	23	14	18	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127257--127343	43	2.0	43	100	0	174	25	2	13	58	1.47
127843--127896	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
129788--129817	16	1.9	15	93	6	51	80	0	20	0	0.72
131233--131587	90	4.0	89	82	1	399	28	26	14	29	1.95
131243--131581	179	1.9	180	82	4	434	29	26	13	30	1.94
131831--131920	36	2.5	35	80	5	99	18	22	13	45	1.84
132082--132942	127	6.8	127	78	8	738	18	28	17	36	1.93
132082--132950	85	10.2	84	74	7	503	18	28	17	36	1.93
132105--132899	42	18.8	42	71	8	362	18	28	17	35	1.93
132921--133205	126	2.3	126	79	7	310	20	30	15	34	1.94
132921--133169	42	5.9	41	76	7	187	20	30	15	33	1.93
132921--133167	84	2.9	83	80	4	228	20	30	14	34	1.93
132991--133436	42	10.6	42	72	9	178	18	28	17	35	1.93
133819--134238	44	9.8	42	70	9	156	15	29	15	39	1.88
133884--134213	42	7.7	43	70	8	172	15	30	15	38	1.89
133815--134279	86	5.4	86	82	4	494	16	29	14	39	1.89
133815--134238	172	2.5	171	85	2	548	16	29	14	39	1.89
134968--135014	8	5.9	8	85	9	60	76	2	2	19	0.99
134968--135014	17	2.9	16	81	9	60	76	2	2	19	0.99
134969--135015	20	2.3	21	79	17	55	76	2	2	19	0.99
136340--136392	21	2.5	21	84	6	72	26	54	18	0	1.44
136340--136403	24	2.7	24	87	0	92	28	53	18	0	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136361--136403	21	2.0	21	82	8	52	30	53	16	0	1.43
137908--138216	156	2.0	158	83	8	398	22	18	19	39	1.92
139560--139748	97	1.9	97	85	8	260	40	13	13	32	1.83
139660--140011	88	4.0	87	80	2	332	36	14	16	32	1.89
143620--143650	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
151441--151491	3	17.3	3	95	4	95	66	0	0	33	0.92
152300--152360	8	7.2	8	77	7	59	18	1	24	55	1.51
154692--154717	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
154823--154928	54	2.0	54	94	0	185	19	24	16	38	1.92
160702--160739	18	2.2	16	90	9	58	0	10	0	89	0.49

Tables:   1   2   3