genome.fa.s351.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold351
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  325634

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 261 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160702--160737	13	2.8	13	86	0	54	0	11	0	88	0.50
165068--165110	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
167292--167326	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
167326--167356	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
168643--168691	3	17.0	3	87	8	75	0	34	0	65	0.93
168741--168777	3	12.7	3	94	5	67	70	0	0	29	0.88
169039--169109	21	3.5	20	74	12	56	39	2	0	57	1.13
169089--169123	15	2.3	15	90	9	54	31	2	0	65	1.07
169700--169775	30	2.5	30	77	8	84	47	11	1	39	1.49
170650--170690	19	2.2	19	86	0	55	31	0	0	68	0.90
170650--170690	20	2.1	19	86	4	55	31	0	0	68	0.90
171013--171057	20	2.2	20	85	11	65	42	4	0	53	1.21
171021--171064	18	2.3	20	85	14	58	50	2	0	47	1.13
171122--171161	16	2.3	18	84	16	50	45	2	0	52	1.14
173453--173500	20	2.5	20	77	16	55	39	2	0	58	1.10
174012--174072	19	3.4	17	72	17	52	40	1	4	52	1.33
174753--174830	38	2.1	37	82	2	93	69	5	1	24	1.16
175082--175137	14	3.9	14	84	9	58	5	8	0	85	0.73
175088--175151	14	4.1	15	79	16	60	4	12	0	82	0.81
175081--175153	22	3.4	21	83	5	83	5	12	0	82	0.83
175513--175556	12	3.8	12	80	17	56	38	4	0	56	1.20
175591--175662	21	3.5	20	74	9	65	50	2	1	45	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175555--175672	35	3.1	38	75	20	104	54	1	1	42	1.20
179694--179725	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
180743--180801	22	2.7	22	78	5	57	47	0	1	50	1.11
184415--184481	34	2.0	34	100	0	134	26	26	17	28	1.98
191321--191368	23	2.1	23	88	7	71	45	0	0	54	0.99
192350--192393	15	2.9	15	82	3	52	47	0	0	52	1.00
192799--192823	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
193865--193957	37	2.6	37	76	10	86	45	0	1	53	1.07
199222--199297	20	3.6	21	74	15	77	56	0	0	43	0.99
199222--199295	21	3.7	20	77	8	71	55	0	0	44	0.99
199494--199564	35	2.0	35	94	0	124	43	19	9	26	1.82
199614--199661	21	2.2	23	85	10	66	47	4	2	45	1.33
201553--201585	17	1.9	17	88	11	50	48	3	3	45	1.33
202027--202087	27	2.1	29	85	8	81	57	0	0	42	0.98
203442--204237	402	2.0	401	88	1	1200	26	21	25	26	2.00
207068--207142	20	3.8	20	78	7	89	40	10	13	36	1.79
210150--211104	39	20.8	49	71	17	518	30	18	25	25	1.98
210294--211100	87	9.0	90	88	5	999	28	19	25	26	1.98
210396--211099	87	8.0	88	91	1	1065	28	19	25	26	1.99
210295--211099	351	2.2	355	89	5	1221	29	19	25	26	1.98
211116--211216	30	3.4	29	82	9	98	17	15	30	35	1.92
211207--211830	27	20.3	32	74	15	391	34	12	31	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211250--211746	61	8.0	61	77	11	458	34	12	32	20	1.90
211284--211746	94	4.9	94	81	9	479	34	12	31	20	1.90
211250--211746	182	2.7	184	85	5	653	34	12	32	20	1.90
211190--211801	155	4.0	146	77	14	565	34	12	31	21	1.91
211740--212239	31	15.9	31	82	6	571	34	14	28	23	1.93
211740--212242	126	4.0	122	82	7	591	34	14	28	22	1.93
213509--213564	12	4.6	12	80	12	60	3	5	7	83	0.88
221138--221172	13	2.7	13	90	0	52	14	0	5	80	0.89
221137--221182	19	2.5	18	82	3	56	19	0	8	71	1.11
221415--221457	18	2.6	16	79	13	50	53	2	0	44	1.13
221478--221560	30	2.7	31	72	18	75	56	1	1	40	1.15
221928--221993	11	6.5	11	70	19	54	68	0	1	30	0.99
221929--221993	17	4.0	16	82	9	78	69	0	1	29	0.98
222605--222643	18	2.2	18	90	9	62	51	0	2	46	1.14
222742--222793	14	3.8	13	75	10	50	40	1	3	53	1.30
222964--223005	21	2.0	22	85	4	59	42	2	4	50	1.36
223236--223324	24	3.8	24	69	20	71	50	0	2	47	1.13
227115--227168	22	2.5	22	82	8	74	38	25	1	33	1.67
227192--227217	12	2.2	12	100	0	52	38	34	0	26	1.57
231768--231832	22	3.0	22	86	0	85	38	27	7	26	1.83
231799--231902	37	3.0	35	76	13	124	40	31	1	25	1.67
232083--232144	20	3.3	19	77	6	63	53	3	4	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233870--233905	3	12.0	3	93	0	63	33	0	2	63	1.08
237401--237431	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
239234--239278	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
241491--241516	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
241471--241534	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
242148--242189	17	2.5	17	81	11	50	16	4	4	73	1.17
245908--245973	29	2.3	28	82	15	73	37	3	1	57	1.23
246995--247023	15	1.9	15	100	0	58	41	13	13	31	1.84
250334--250375	16	2.6	15	85	14	57	85	0	11	2	0.68
250333--250376	17	2.6	16	85	7	61	86	0	11	2	0.66
250334--250376	22	2.0	22	86	9	61	86	0	11	2	0.67
250913--250952	19	2.1	19	86	9	55	37	0	2	60	1.11
254524--254548	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
257190--257228	15	2.6	15	87	0	51	48	15	20	15	1.81
259235--259318	20	3.9	21	72	18	75	25	16	15	42	1.87
259445--259490	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
262524--262576	16	3.2	16	79	15	63	28	0	0	71	0.86
262530--262574	20	2.2	21	92	4	74	31	0	0	68	0.89
262530--262584	20	2.7	21	83	13	62	32	0	0	67	0.91
263248--263279	15	2.1	15	100	0	64	28	12	12	46	1.78
265687--265750	18	3.5	18	77	12	67	75	0	20	4	0.99
266968--267017	20	2.5	20	80	6	57	48	12	14	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266892--267107	112	1.9	112	81	6	258	36	13	17	32	1.89
269031--269213	29	6.3	28	69	21	103	30	8	12	49	1.69
268834--269201	58	6.3	58	77	5	282	29	8	12	48	1.72
269227--269438	78	2.7	77	73	8	196	33	16	18	31	1.94
270584--270618	18	1.9	18	88	11	54	17	0	2	80	0.84
271987--272061	22	3.3	23	82	15	93	66	0	0	33	0.92
271975--272061	34	2.5	35	85	10	117	65	0	0	34	0.93
271978--272063	28	3.1	28	80	11	106	66	0	0	33	0.92
271978--272063	29	3.1	27	79	14	95	66	0	0	33	0.92
271975--272061	5	18.0	5	69	23	53	65	0	0	34	0.93
273944--274047	31	3.5	31	70	12	110	24	34	2	38	1.70
273926--274037	57	2.0	57	100	0	224	26	32	3	37	1.74
282023--282075	20	2.6	20	88	8	72	26	16	16	39	1.91
282063--282087	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
286534--286562	12	2.3	13	94	5	51	68	3	0	27	1.05
286574--286784	35	6.0	35	97	0	377	41	5	32	19	1.75
286624--286824	49	4.0	49	69	15	165	40	5	33	20	1.77
286599--286765	21	9.3	20	60	32	67	40	5	33	19	1.76
286760--286798	14	2.8	14	88	0	51	35	10	33	20	1.86
288266--288384	51	2.3	51	91	4	204	29	26	11	32	1.92
288318--288885	79	7.2	79	89	1	836	27	25	14	32	1.94
288221--288460	130	1.8	130	91	0	399	28	23	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288842--288914	28	2.6	28	97	0	137	24	34	16	24	1.95
291098--291126	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
302433--302594	55	2.9	55	86	3	220	29	26	20	24	1.99
302431--302805	211	1.8	204	86	5	536	27	29	19	24	1.98
302610--302862	55	4.5	55	83	9	305	27	29	19	23	1.98
302396--303064	266	2.5	265	89	2	1010	26	29	19	24	1.98
302876--303066	55	3.5	55	87	2	278	28	29	20	21	1.98
302695--303703	204	4.8	204	77	14	963	25	29	19	25	1.99
302941--303219	149	1.8	154	83	8	374	27	28	19	24	1.99
302899--303486	266	2.2	266	92	0	989	26	29	19	25	1.99

Tables:   1   2   3