genome.fa.s354.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold354
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  564417

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48--970	156	5.9	154	75	10	727	37	19	18	24	1.93
48--950	313	2.9	310	82	7	1043	38	19	17	24	1.93
1630--1874	126	1.9	130	82	6	313	43	11	11	33	1.77
2799--2830	10	3.2	10	95	0	55	18	12	6	62	1.50
2834--2883	23	2.2	23	88	0	73	2	20	6	72	1.16
3524--3962	167	2.6	163	75	10	408	48	8	12	30	1.70
4998--5732	42	17.3	42	73	6	309	31	19	27	20	1.97
4998--5265	127	2.1	126	80	6	310	30	19	30	19	1.96
5016--5422	169	2.4	169	79	6	428	32	17	28	20	1.96
5001--5732	85	8.6	84	73	5	375	32	19	27	21	1.97
5170--5484	127	2.5	127	82	2	364	33	19	26	20	1.96
5455--5689	128	1.8	128	81	3	294	31	21	25	22	1.98
5638--5768	42	3.1	42	79	7	133	30	19	26	23	1.98
6296--6503	78	2.7	78	83	1	247	30	13	26	29	1.94
7149--7365	53	4.2	53	81	7	257	19	20	11	48	1.79
7148--7351	100	2.0	100	90	0	318	19	22	11	47	1.81
18672--18818	61	2.4	61	94	2	251	36	25	14	23	1.93
18697--18792	29	3.2	29	63	23	72	35	25	13	26	1.93
18839--19457	153	4.0	155	74	8	397	38	19	17	23	1.93
19962--20230	147	1.8	151	80	6	334	43	13	10	33	1.77
21973--22528	165	3.4	164	82	5	622	52	7	9	29	1.62
23514--23623	51	2.1	52	86	1	150	41	14	13	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23533--23698	49	3.3	49	78	10	167	42	13	12	31	1.81
23736--23795	20	3.0	20	90	2	84	33	18	8	40	1.80
28044--28171	60	2.1	60	84	2	159	41	9	23	25	1.84
28182--28588	43	8.9	43	78	13	393	34	19	22	24	1.97
28217--28733	95	5.4	95	77	12	495	34	18	23	24	1.96
28182--28638	43	9.8	49	77	13	307	34	19	22	24	1.96
28117--28554	190	2.3	188	90	3	677	34	18	22	24	1.96
28389--28460	24	3.2	24	62	18	64	36	22	20	20	1.96
28407--28663	92	2.8	93	88	4	358	34	17	22	25	1.96
28542--28640	52	1.9	52	82	0	126	36	16	23	24	1.94
29133--29226	31	3.0	30	79	11	109	20	18	31	29	1.96
29108--29226	32	3.8	30	76	11	98	18	20	31	30	1.96
29108--29232	63	2.0	64	85	4	173	19	20	32	28	1.96
29434--29489	28	2.0	28	85	0	76	21	16	32	30	1.95
29532--29575	14	3.1	14	90	0	61	38	18	9	34	1.82
29532--29585	14	3.7	15	87	2	58	37	18	11	33	1.86
45315--45677	52	6.8	52	69	5	195	33	16	24	25	1.96
45985--46096	30	3.8	30	77	3	129	37	12	26	23	1.90
46023--46115	29	3.2	28	75	6	87	34	16	23	25	1.95
45997--46115	59	2.0	59	91	0	193	36	14	24	24	1.92
47261--47292	14	2.3	15	89	10	50	0	15	3	81	0.82
47327--47375	24	2.0	24	84	7	64	10	4	6	79	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47335--47391	24	2.3	25	82	11	73	12	1	8	77	1.07
65969--66184	73	2.9	74	77	6	224	25	23	14	36	1.93
66644--66668	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
68352--68377	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
68802--68839	16	2.4	16	86	4	51	63	2	10	23	1.39
69831--69886	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
70414--70455	22	1.9	22	95	0	75	26	33	2	38	1.69
72329--72353	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
78500--78551	13	4.5	13	73	26	62	36	17	13	32	1.89
78500--78568	33	2.1	33	91	5	113	36	18	13	31	1.89
78597--78652	19	2.9	19	86	2	76	35	16	16	32	1.90
80836--80899	33	1.9	33	84	6	85	29	14	15	40	1.86
84520--84552	10	3.2	10	91	8	57	36	9	36	18	1.82
84520--84552	11	3.1	11	95	4	59	36	9	36	18	1.82
86471--86504	10	3.3	10	88	8	50	29	20	0	50	1.49
89047--89071	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89906--90455	74	7.5	74	78	4	470	25	22	14	37	1.92
89985--90131	71	2.1	71	84	2	188	23	19	14	42	1.88
93610--93946	174	1.9	175	86	3	482	30	23	11	34	1.90
96277--96707	154	2.8	155	79	2	470	39	18	16	25	1.91
98196--98239	20	2.3	19	80	4	52	18	11	4	65	1.40
98644--99046	166	2.4	165	82	3	445	49	9	10	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98910--99201	155	1.9	154	81	4	356	50	10	9	29	1.68
100988--101409	87	4.9	87	77	5	383	30	24	13	32	1.93
100988--101413	174	2.5	173	80	5	450	30	24	12	32	1.93
101000--101534	87	6.1	87	74	9	319	30	24	11	33	1.91
103756--103831	38	2.0	39	89	2	118	31	14	9	44	1.76
105343--105402	21	2.9	21	80	9	61	30	5	30	35	1.79
108101--108127	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
110470--110519	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
110477--110519	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
115091--115124	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
121653--122198	272	2.0	272	99	0	1076	27	27	20	24	1.99
133188--133241	20	2.7	20	85	0	63	35	11	14	38	1.82
133401--134324	32	28.8	32	78	10	807	19	31	13	36	1.90
133401--134324	98	9.6	97	81	7	872	19	31	13	36	1.90
133881--134258	60	6.1	60	80	10	395	21	29	11	37	1.89
134321--135148	49	17.9	48	74	13	618	25	25	18	30	1.98
134324--134949	87	7.0	87	80	9	597	26	25	19	29	1.98
134562--134854	39	6.8	39	67	21	147	25	27	19	27	1.99
134519--135148	136	4.5	138	81	11	564	24	26	19	30	1.98
134324--134767	175	2.5	176	88	2	649	26	25	18	29	1.98
134822--135200	101	3.8	99	83	6	455	24	25	18	32	1.97
134822--135206	199	1.9	199	85	3	533	23	25	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138419--138569	75	2.0	75	100	0	302	19	19	11	48	1.80
142023--142071	26	1.9	25	87	4	71	48	10	14	26	1.75
145765--145821	1	57.0	1	75	0	51	87	3	7	1	0.71
145767--145824	10	6.2	9	84	11	64	86	3	8	1	0.76
145764--145821	22	2.6	23	86	5	75	86	3	6	3	0.79
146729--147039	61	4.9	60	76	11	293	24	27	18	28	1.98
146820--147133	131	2.4	130	81	9	347	28	25	18	28	1.98
147694--147789	50	1.9	51	91	2	158	29	13	14	42	1.84
150117--150665	79	6.9	79	79	6	524	26	24	14	34	1.93
150117--150697	158	3.7	159	81	4	640	27	23	13	35	1.92
152863--152939	33	2.3	33	90	0	127	36	16	15	31	1.91
152914--152938	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
152863--152958	33	2.9	33	87	3	113	37	16	15	30	1.90
154555--154589	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
161706--161830	52	2.4	52	98	0	241	28	17	18	36	1.94
161843--161867	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
161931--161957	13	2.1	13	100	0	54	44	14	7	33	1.73
161910--161974	33	2.0	33	93	3	114	41	12	9	36	1.75
162709--162733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
165209--165264	20	2.8	19	75	17	60	33	14	12	39	1.83
165141--165374	111	2.1	111	98	0	450	33	14	16	34	1.90
165361--165414	19	2.8	20	85	2	74	27	16	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165444--165508	33	2.0	33	87	6	96	38	16	13	30	1.88
167312--167391	40	2.0	40	92	0	133	48	10	5	36	1.58
169621--169652	16	2.0	16	100	0	64	68	0	0	31	0.90
171324--171465	65	2.2	66	79	3	171	39	13	23	23	1.90
171635--171833	40	5.0	41	77	9	205	43	11	24	20	1.85
171584--171845	120	2.2	120	84	1	337	43	12	24	18	1.85
171654--171871	80	2.7	80	83	5	246	44	12	23	19	1.85
171645--171871	40	5.7	39	70	13	124	43	12	23	19	1.86
172353--172639	75	3.8	75	76	5	263	44	12	14	27	1.82
172951--173167	40	5.4	40	79	6	226	44	11	23	20	1.85

Tables:   1   2   3   4