genome.fa.s354.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold354
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  564417

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 368 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172987--173204	80	2.7	79	83	5	242	44	12	23	19	1.85
172921--173166	120	2.0	120	87	1	350	43	13	24	19	1.86
172921--173166	40	6.2	40	76	7	194	43	13	24	19	1.86
172921--173204	120	2.4	120	83	2	311	43	13	25	18	1.86
173686--173972	75	3.8	75	77	5	272	44	13	14	27	1.82
175537--175575	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
189165--189190	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
189144--189208	32	2.0	34	90	6	107	27	15	15	41	1.87
191120--191162	20	2.1	20	82	4	50	9	27	46	16	1.77
193709--193739	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
195291--195335	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
197652--197706	20	2.8	20	83	5	67	30	12	14	41	1.83
198715--198785	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
198755--198898	53	2.7	53	94	1	234	36	19	17	26	1.94
198952--198977	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
200589--201266	28	24.1	27	86	5	737	28	29	19	23	1.98
207358--207430	29	2.5	30	90	2	112	26	16	15	42	1.87
207388--207473	42	2.0	42	90	0	136	26	19	15	38	1.91
209832--209930	51	1.9	52	83	2	128	31	22	9	37	1.85
209832--210198	129	2.8	127	82	4	412	28	22	11	37	1.89
209957--210056	51	2.0	51	91	0	164	27	25	13	35	1.92
210178--210219	21	2.0	21	95	0	75	23	30	4	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216645--216671	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
216742--216766	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
216722--216786	33	2.0	33	84	6	87	36	16	15	30	1.90
217248--217340	31	2.8	34	80	9	95	33	10	24	31	1.90
217284--217340	30	1.9	30	89	7	89	29	12	24	33	1.92
219366--219443	32	2.4	32	91	0	120	37	14	15	33	1.87
222750--222790	12	3.2	12	83	16	55	60	0	0	39	0.96
222915--223145	115	2.0	114	91	0	372	44	6	14	34	1.72
223915--223973	27	2.2	27	96	0	109	45	6	11	35	1.67
224520--224743	84	2.7	85	82	3	238	46	16	18	19	1.84
224515--224743	43	5.4	42	70	10	155	46	15	18	18	1.84
224879--225291	84	4.9	84	72	10	306	45	14	20	19	1.85
225226--225393	41	4.1	41	70	19	125	44	12	21	22	1.85
225458--225536	40	2.0	40	89	0	122	44	17	22	15	1.86
225534--225791	141	1.8	140	79	5	297	45	15	20	18	1.85
229210--229336	31	4.0	31	80	9	130	30	22	11	35	1.90
229756--229864	52	2.1	52	82	0	128	35	15	13	34	1.87
232834--232885	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
232834--232891	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
232937--232990	19	2.8	19	88	2	72	29	14	12	42	1.83
233480--233560	39	2.0	40	86	6	112	33	25	6	34	1.81
234646--234691	22	2.1	22	100	0	92	43	4	28	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235387--235425	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
238308--238379	35	2.1	35	100	0	144	38	11	16	33	1.84
242656--242883	20	11.3	20	66	22	95	39	13	16	31	1.86
242596--242793	91	2.2	92	89	0	299	39	14	16	29	1.88
242806--242883	40	2.0	39	89	2	120	38	12	15	33	1.85
242665--242864	71	2.8	71	90	1	294	38	13	16	31	1.87
246129--246174	21	2.2	21	84	7	58	15	26	2	56	1.50
246135--246175	21	1.9	22	90	5	66	14	24	2	58	1.49
246135--246183	21	2.3	22	85	3	64	14	22	4	59	1.52
247755--247885	34	3.9	33	82	9	160	28	22	13	35	1.93
257487--257517	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
259597--259622	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
259735--259780	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
261535--261578	23	1.9	23	90	0	70	31	2	20	45	1.64
261403--261683	145	1.9	144	98	0	544	36	7	20	35	1.80
262321--262384	32	2.0	33	87	3	94	42	17	12	28	1.85
268032--268075	13	3.6	12	85	11	54	0	25	0	75	0.81
268384--269127	167	4.5	165	82	6	778	50	9	9	30	1.66
268479--269131	328	2.0	331	86	3	933	51	9	9	29	1.66
272282--272338	9	6.6	8	75	15	51	66	1	7	24	1.26
272293--272338	17	2.7	17	86	0	65	67	0	8	23	1.18
273801--273825	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274255--274299	20	2.1	22	88	8	67	24	35	22	17	1.95
276363--276387	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
276343--276407	33	2.0	33	85	11	89	35	15	16	32	1.91
277623--277649	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
277606--277669	32	2.0	33	84	9	87	29	15	12	42	1.84
282562--282630	33	2.1	33	83	5	86	39	10	13	37	1.78
284787--284818	16	2.0	16	93	0	55	75	0	9	15	1.05
288132--288185	21	2.6	20	75	16	56	35	18	0	46	1.50
290106--290142	18	2.1	18	89	0	56	40	10	16	32	1.83
290550--290576	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
290662--290691	13	2.3	13	94	0	51	36	10	13	40	1.78
294638--294706	33	2.1	33	91	0	111	24	23	20	31	1.98
295719--295744	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
297963--298007	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
299811--299841	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
301855--301934	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
301923--301958	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87
302079--302125	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
302081--302123	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
303352--303466	58	2.0	58	100	0	230	32	26	19	22	1.97
304536--304561	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
304864--304906	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305736--305800	33	2.0	33	81	6	78	38	15	13	32	1.87
306769--306812	23	1.9	23	81	9	54	9	6	9	75	1.20
309645--309716	28	2.6	28	88	4	101	22	36	19	22	1.95
315994--317176	116	10.4	115	86	5	1412	27	28	20	23	1.99
315994--317176	55	20.9	54	83	8	1202	27	28	20	23	1.99
315994--317176	231	5.2	230	85	7	1389	27	28	20	23	1.99
317844--317901	21	2.8	21	100	0	116	31	10	20	37	1.86
317842--317920	21	3.8	21	88	3	97	34	13	17	34	1.90
317960--318010	19	2.7	19	93	0	84	39	11	13	35	1.82
318030--318096	34	2.0	33	88	2	98	26	14	13	44	1.83
320497--320568	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
330012--330140	52	2.5	52	93	0	222	28	18	17	34	1.94
330012--330160	52	2.9	52	84	6	203	30	18	18	33	1.94
330149--330207	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
330149--330228	34	2.4	34	100	0	160	35	12	17	35	1.88
330245--330313	32	2.2	32	97	0	129	34	17	11	36	1.86
330269--330293	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
330250--330312	19	3.6	19	76	24	75	34	17	12	34	1.88
330531--330587	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
330511--330608	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
330509--330606	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
330682--330806	52	2.4	52	97	0	232	35	18	18	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333933--333957	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
334000--334097	19	5.8	18	69	28	81	37	17	11	33	1.85
333995--334095	32	3.1	32	94	1	175	36	17	10	34	1.85
334019--334075	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
340615--340641	6	4.5	6	100	0	54	29	18	37	14	1.91
344938--344974	19	1.9	19	94	0	65	24	2	0	72	0.97
346848--346882	15	2.3	15	85	0	52	85	5	0	8	0.73
348538--348612	28	2.6	29	75	12	82	32	17	6	44	1.75
350097--350163	24	2.9	22	74	22	66	41	5	4	47	1.48
351664--351728	33	2.0	33	87	6	96	36	13	13	35	1.85

Tables:   1   2   3   4