genome.fa.s360.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold360
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  397502

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179--222	19	2.4	18	81	7	52	47	0	0	52	1.00
180--216	19	1.9	19	88	0	56	45	0	0	54	1.00
1337--1396	28	2.1	28	81	6	68	61	3	5	30	1.33
1980--2032	23	2.2	25	75	21	60	45	1	5	47	1.37
12967--13049	40	2.1	40	88	4	123	54	7	4	33	1.49
12973--13066	40	2.4	38	81	15	102	53	7	5	34	1.52
13065--13250	46	4.0	47	83	4	220	55	4	3	36	1.37
12948--13165	113	1.9	114	86	7	312	51	5	3	39	1.43
13075--13250	45	3.8	45	85	3	226	57	5	3	34	1.37
14304--14373	21	3.6	20	71	24	69	37	8	7	47	1.62
14299--14376	38	2.1	38	97	0	147	38	7	6	47	1.58
15202--15258	2	29.0	2	87	10	82	45	1	1	50	1.22
18919--18959	20	2.0	21	95	4	75	31	0	14	53	1.41
19167--19206	18	2.2	18	90	0	62	47	0	0	52	1.00
20975--21027	23	2.2	25	75	21	60	45	1	5	47	1.37
31999--32180	46	4.0	45	84	3	222	54	5	2	37	1.38
32008--32182	91	1.9	91	88	1	260	56	5	2	34	1.38
33243--33312	21	3.6	20	71	24	69	37	8	7	47	1.62
33238--33315	38	2.1	38	97	0	147	38	7	6	47	1.58
33334--33362	5	6.0	5	96	4	51	17	0	0	82	0.66
34135--34175	2	22.0	2	85	14	52	46	0	2	51	1.14
34173--34223	27	1.9	27	84	4	68	37	0	9	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37818--37844	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
41165--41313	52	2.9	52	85	2	210	31	14	18	35	1.91
41299--41360	13	5.2	13	75	25	73	37	14	16	32	1.89
41300--41381	34	2.4	34	100	0	164	36	12	17	34	1.87
41401--41467	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
41423--41447	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41734--41790	18	2.8	21	70	22	50	59	5	0	35	1.20
43480--43537	31	1.9	30	86	10	82	63	0	3	32	1.11
43477--43539	26	2.3	26	83	8	72	63	0	3	33	1.10
45339--45376	19	2.0	20	85	15	53	15	5	26	52	1.64
46032--46099	30	2.3	30	89	0	100	36	1	39	22	1.63
55617--55678	32	1.9	32	83	6	81	53	0	0	46	1.00
56459--56485	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58
62635--62660	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
63025--63058	14	2.3	15	90	5	52	50	0	0	50	1.00
63035--63075	21	2.0	20	85	4	55	56	2	0	41	1.13
63060--63162	41	2.5	41	96	0	188	51	5	1	40	1.37
63309--63344	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
63523--63563	21	2.0	21	85	9	57	46	4	0	48	1.23
63970--64135	77	2.1	79	88	4	248	30	16	3	50	1.60
68745--68799	21	2.7	20	86	5	74	32	14	9	43	1.77
72982--73033	21	2.5	21	100	0	104	13	30	0	55	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78405--78533	52	2.5	52	97	0	240	27	17	18	35	1.94
78575--78672	19	5.8	18	69	28	81	36	17	12	33	1.87
78573--78670	32	3.0	32	92	1	160	35	17	12	34	1.87
79498--79551	12	4.6	11	80	11	63	81	18	0	0	0.69
80847--81547	61	11.3	61	81	6	732	24	29	14	31	1.95
80839--81521	30	22.3	30	81	7	680	24	29	14	32	1.94
81335--81817	34	14.8	35	80	11	176	21	28	14	35	1.93
80867--81675	92	8.6	95	76	11	409	23	29	14	32	1.94
81582--82034	34	14.0	32	82	10	482	19	31	13	35	1.91
81878--82035	33	4.8	33	84	3	201	18	32	12	36	1.88
81878--82035	66	2.4	67	87	5	223	18	32	12	36	1.88
82050--82428	49	7.9	49	74	10	262	26	25	16	31	1.97
82160--82328	88	1.9	87	87	1	248	27	24	18	28	1.98
83265--83325	19	3.5	19	72	25	71	36	13	16	34	1.87
83282--83306	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
83256--83338	32	2.6	32	90	1	132	37	14	14	33	1.87
88268--88379	47	2.4	48	77	10	122	38	14	13	33	1.85
90237--90271	17	2.1	17	94	0	61	40	0	42	17	1.49
90259--90306	21	2.3	21	88	0	69	35	4	35	25	1.75
90932--90984	20	2.7	20	84	0	70	35	15	15	33	1.88
91030--91132	22	4.7	22	96	0	179	29	18	18	33	1.95
91117--91175	20	2.9	19	87	9	82	30	10	16	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91118--91176	21	2.9	20	87	9	84	30	10	16	42	1.82
91487--91541	26	2.1	27	86	10	78	41	25	5	27	1.77
92972--93010	19	2.0	19	90	5	60	28	10	0	61	1.28
93054--93080	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
93268--93324	12	4.3	12	78	20	60	31	0	0	68	0.90
93268--93327	19	3.0	19	69	19	50	33	0	0	66	0.92
93903--93932	15	1.9	16	93	6	53	50	3	0	46	1.18
94960--95006	19	2.5	19	75	3	60	46	0	6	46	1.28
95597--95637	20	2.0	20	86	9	57	41	12	4	41	1.64
96215--96249	17	2.1	17	88	0	52	65	0	0	34	0.93
96214--96267	24	2.1	26	83	10	67	64	3	0	31	1.11
96492--96581	45	2.0	45	100	0	180	15	20	2	62	1.43
98184--98222	15	2.5	15	87	4	51	66	0	0	33	0.92
98196--98239	15	2.6	18	86	10	58	59	0	4	36	1.18
98294--98350	18	3.4	18	81	11	68	36	0	3	59	1.14
102918--102974	29	2.0	29	92	0	96	54	3	7	35	1.45
103041--103069	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
103564--103612	20	2.5	19	78	15	55	69	0	2	28	1.00
103837--103893	20	2.7	21	84	12	73	42	1	0	56	1.10
103862--103913	27	1.9	27	84	0	68	44	0	0	55	0.99
104062--104101	20	2.0	20	100	0	80	30	10	35	25	1.88
104144--104281	2	75.0	2	70	18	86	52	2	2	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104149--104251	29	3.5	27	80	16	98	50	1	2	44	1.28
104236--104291	27	2.0	28	80	10	62	57	3	1	37	1.27
104185--104285	52	1.9	52	81	15	120	56	2	1	38	1.26
104368--104414	19	2.5	19	82	6	51	12	6	4	76	1.12
107739--108017	88	3.2	88	85	5	332	29	15	13	41	1.85
108040--108089	23	2.2	23	86	10	68	70	2	0	28	0.99
108087--108231	7	20.6	7	79	14	147	42	1	1	54	1.17
108098--108232	2	74.0	2	71	25	104	43	1	0	54	1.14
108098--108232	37	3.9	35	81	14	156	43	1	0	54	1.14
108087--108231	30	5.1	28	82	9	147	42	1	1	54	1.17
108086--108232	49	2.9	52	81	14	168	43	1	1	53	1.17
108100--108232	46	2.7	51	82	13	154	43	1	0	54	1.15
108190--108230	11	3.6	11	90	3	55	48	0	0	51	1.00
110579--110642	29	2.1	31	83	11	80	50	7	10	31	1.66
112692--112751	21	2.9	21	85	2	77	51	8	8	31	1.62
112759--112862	48	2.2	48	80	15	117	56	1	5	35	1.34
113022--113055	16	2.2	16	94	5	61	64	11	0	23	1.26
113358--113413	19	2.9	19	87	10	71	30	1	0	67	1.01
113373--113416	8	5.1	8	79	15	52	27	2	0	70	0.99
113410--113457	9	5.1	10	74	20	50	47	0	2	50	1.12
113413--113457	19	2.4	19	88	3	65	48	0	2	48	1.13
113739--113802	10	6.4	10	87	0	74	7	51	0	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113739--113802	16	4.0	16	89	0	74	7	51	0	40	1.31
113740--113828	6	14.8	6	81	9	74	12	48	0	39	1.41
114533--114574	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
115583--115619	9	4.1	9	92	0	65	75	0	24	0	0.80
139189--139245	18	3.2	17	80	14	62	43	0	1	54	1.10
139538--139570	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
139929--139958	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
142987--143024	17	2.2	17	90	0	58	47	15	5	31	1.68
142972--143033	16	3.8	16	80	4	70	40	12	9	37	1.77
146478--146536	17	3.5	17	79	4	57	44	10	8	37	1.69

Tables:   1   2   3