genome.fa.s360.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold360
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  397502

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 349 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146721--146804	17	5.0	17	79	13	68	36	4	13	45	1.64
146750--146804	18	3.2	17	85	7	76	34	3	10	50	1.55
148135--148163	14	2.0	15	93	6	51	13	0	3	82	0.79
150462--150508	2	25.0	2	87	12	73	53	0	0	46	1.00
152835--152891	22	2.5	22	86	8	71	56	0	0	43	0.99
153065--153134	23	3.3	23	76	16	64	57	0	4	38	1.19
153088--153139	17	3.1	17	81	13	63	53	0	5	40	1.25
153170--153209	20	2.1	19	90	4	62	52	0	5	42	1.23
153427--153481	26	2.1	26	96	0	101	43	14	1	40	1.56
153686--153745	16	3.8	16	80	2	59	65	6	0	28	1.18
153687--153752	15	4.3	15	79	7	69	62	6	0	31	1.20
154675--154825	69	2.2	68	86	4	212	30	2	20	46	1.64
154752--154909	84	1.9	84	86	5	230	32	2	20	44	1.65
155192--155257	31	2.1	33	91	5	109	51	0	7	40	1.30
155422--155464	7	5.9	7	81	10	50	37	0	0	62	0.95
155416--155464	23	2.1	23	85	7	64	36	0	0	63	0.95
155754--155828	32	2.4	33	82	8	93	29	1	12	57	1.43
155754--155829	16	4.8	16	79	11	84	28	1	11	57	1.42
157661--157692	16	2.0	16	93	0	55	18	9	18	53	1.71
159306--159360	21	2.8	21	83	8	62	60	1	3	34	1.25
159384--159419	18	1.9	19	88	5	56	58	0	0	41	0.98
161686--161759	23	3.2	23	71	9	69	51	2	1	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162385--162422	16	2.4	16	83	12	51	57	0	0	42	0.98
163081--163115	17	2.1	17	89	5	54	48	0	0	51	1.00
163106--163147	14	2.8	16	82	14	61	69	0	0	30	0.89
165136--165211	21	3.7	20	78	3	71	42	11	15	30	1.83
165136--165188	20	2.6	21	84	3	72	41	9	16	32	1.81
165277--165328	20	2.6	20	93	0	86	30	13	11	44	1.79
167673--168333	79	8.4	77	78	8	548	28	21	12	38	1.89
167673--168344	236	2.8	233	81	6	680	28	20	12	38	1.90
169852--170212	194	1.9	194	91	0	587	32	15	18	32	1.93
181929--182645	126	5.8	124	77	9	632	27	23	16	33	1.95
181929--182672	61	12.0	61	77	8	599	27	22	16	33	1.95
181929--182672	187	4.0	185	78	5	734	27	22	16	33	1.95
183096--183150	21	2.6	21	82	0	74	29	18	14	38	1.90
183188--183263	21	3.7	21	70	8	66	43	13	15	27	1.84
185683--186599	79	11.6	79	79	5	745	27	22	12	37	1.90
185684--186601	158	5.8	158	79	6	842	27	22	12	37	1.91
185684--186599	237	3.9	236	78	6	890	27	22	12	37	1.91
187729--187811	32	2.6	32	84	0	94	50	15	4	28	1.64
188578--188769	99	1.9	100	89	1	296	38	17	7	37	1.77
190589--190664	39	1.9	39	89	0	116	26	17	15	40	1.89
195167--195207	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
197758--197787	15	2.1	14	93	6	51	33	0	3	63	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198249--198285	4	9.0	4	96	3	65	27	0	0	72	0.84
198281--198326	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
200501--200531	12	2.6	12	100	0	62	16	19	16	48	1.81
201930--201990	18	3.6	18	72	17	58	34	31	3	31	1.74
201945--201991	15	2.9	16	78	9	51	34	29	4	31	1.77
202373--202415	20	2.1	20	82	4	50	41	0	2	55	1.12
203726--203832	14	8.1	13	70	22	55	65	0	0	33	0.99
203726--203774	12	4.0	12	84	10	64	69	0	0	30	0.89
203749--203794	17	2.8	17	77	6	51	71	0	0	28	0.86
203743--203847	30	3.6	29	78	12	99	63	0	0	35	1.01
203748--203852	31	3.5	30	74	18	78	63	0	0	35	1.01
205007--205050	18	2.5	17	89	7	70	54	0	0	45	0.99
206268--206315	20	2.4	20	85	0	60	43	12	4	39	1.62
206964--207028	20	3.4	19	79	10	78	49	10	3	36	1.53
207468--207498	16	2.0	15	93	6	53	12	0	3	83	0.75
207804--207858	22	2.5	21	75	21	51	50	0	1	47	1.11
208105--208174	17	3.9	18	72	20	67	50	2	0	47	1.16
208331--208385	22	2.6	21	80	5	65	60	0	5	34	1.20
208824--208876	11	5.0	11	77	13	58	66	0	1	32	1.03
208824--208887	22	3.0	22	78	17	73	65	0	3	31	1.08
209142--209195	28	1.9	28	82	14	67	46	0	0	53	1.00
209325--209355	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210018--210055	18	2.1	19	95	5	69	50	0	0	50	1.00
214195--214423	79	2.9	77	78	10	239	37	13	21	27	1.92
216766--216806	20	2.0	21	90	4	66	43	12	17	26	1.84
220565--220600	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
220636--220721	6	14.8	6	72	16	65	63	1	2	32	1.14
220602--220645	19	2.3	20	85	14	58	50	0	9	40	1.34
220631--220721	11	7.9	11	70	17	60	62	1	3	32	1.18
220691--220785	31	3.0	33	79	13	101	55	1	1	42	1.13
221749--221807	12	5.2	12	76	12	52	28	0	1	69	0.98
221756--221806	17	2.8	18	75	19	52	29	0	1	68	1.00
224923--224976	20	2.7	20	88	2	72	29	14	11	44	1.80
225461--225511	26	2.0	26	84	7	68	13	3	9	72	1.24
225997--226081	15	5.9	15	64	29	51	57	0	0	42	0.98
225994--226074	28	2.9	28	75	17	78	59	0	0	40	0.98
225968--226077	18	6.2	16	68	21	51	61	0	0	38	0.96
230285--230357	17	4.3	17	72	10	60	42	0	0	57	0.98
232470--232512	20	2.2	20	92	8	72	46	0	0	53	1.00
232617--232682	25	2.7	23	82	15	78	43	0	1	54	1.09
233056--233084	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
234814--234852	14	2.9	14	85	11	55	28	0	0	71	0.86
235058--235116	29	2.0	29	90	0	91	22	16	10	50	1.75
237339--237390	22	2.4	22	75	18	54	36	7	1	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238224--238275	16	3.3	15	83	8	59	28	1	1	67	1.12
238658--238698	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
240601--240658	19	3.1	18	83	11	71	34	10	17	37	1.84
243726--243773	22	2.2	22	96	3	89	33	8	18	39	1.81
249370--249472	20	5.6	19	75	18	83	33	14	15	36	1.88
249367--249488	33	3.5	32	74	17	109	35	14	14	35	1.88
249403--249478	20	3.9	19	85	10	100	32	11	17	38	1.86
249443--249507	32	2.0	33	87	3	96	41	12	13	32	1.82
249370--249507	72	1.9	72	82	7	172	36	13	14	35	1.86
252036--252066	15	2.1	15	100	0	62	38	0	16	45	1.47
252246--252420	53	3.3	53	90	1	262	25	14	30	29	1.95
252245--252323	27	3.0	26	68	14	63	27	11	30	30	1.91
252329--252415	27	3.3	27	68	9	88	21	13	35	28	1.92
252340--252425	27	3.2	27	66	9	77	24	15	32	27	1.95
257114--257231	51	2.3	51	85	5	166	33	10	25	30	1.89
257205--257285	28	2.7	30	73	22	82	37	11	27	24	1.89
259835--259886	21	2.6	20	82	8	70	30	15	15	38	1.88
261609--261641	17	1.9	17	93	0	57	27	9	18	45	1.79
270689--270883	75	2.6	75	77	8	202	37	22	7	32	1.83
278442--278480	20	2.0	20	94	0	69	64	2	0	33	1.08
279555--279668	60	2.0	58	89	6	178	50	3	4	42	1.39
281562--281602	21	2.0	21	90	0	64	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281562--281604	6	6.7	6	84	10	50	39	0	0	60	0.97
287086--287130	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
288393--288493	52	1.9	52	86	4	141	41	13	3	40	1.63
288946--288979	12	2.8	12	86	4	50	23	0	0	76	0.79
289201--289236	5	7.2	5	93	0	63	38	2	0	58	1.13
289670--289709	19	2.0	20	85	4	55	22	5	7	65	1.38
289670--289709	20	2.1	19	86	13	55	22	5	7	65	1.38
289766--289825	22	2.7	22	81	0	75	30	0	16	53	1.44
289965--290000	18	2.0	18	94	0	63	36	16	8	38	1.79
290532--290586	12	4.5	12	80	14	60	27	0	0	72	0.85

Tables:   1   2   3