genome.fa.s362.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold362
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  374504

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 340 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88547--88720	32	5.5	33	88	8	263	19	17	35	27	1.95
88720--88780	28	2.2	27	85	8	79	31	13	32	22	1.92
88790--89199	66	6.3	66	83	7	482	32	13	33	20	1.91
88748--89203	193	2.3	198	85	4	595	33	13	33	19	1.91
88867--89139	93	2.9	93	78	12	311	34	12	33	19	1.90
88816--89364	31	17.2	31	74	15	273	34	13	30	21	1.92
88790--89328	66	8.3	64	81	8	445	33	14	31	20	1.92
89082--89364	63	4.5	62	80	11	249	32	14	28	23	1.94
88748--89325	193	3.0	191	80	8	512	33	14	31	20	1.92
88790--89325	259	2.1	257	83	6	663	33	14	31	20	1.92
89462--89499	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
97604--97628	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
97667--97724	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
98611--98639	14	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
99025--99079	12	4.7	11	80	10	65	1	0	10	87	0.63
99025--99086	17	3.8	17	85	8	85	1	0	12	85	0.67
99034--99086	26	2.0	26	85	7	72	1	0	13	84	0.69
99043--99088	15	3.1	15	84	12	67	2	0	15	82	0.76
106195--106222	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
109385--109433	18	2.7	18	83	0	71	30	10	26	32	1.89
110297--110347	16	3.2	16	88	0	84	25	13	9	50	1.72
111335--111383	21	2.3	21	96	0	89	57	10	22	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116129--116175	16	3.1	16	79	17	55	70	10	14	4	1.31
117519--117732	27	7.6	28	83	5	218	25	30	13	30	1.94
117519--117711	55	3.5	56	83	7	241	23	30	13	31	1.94
117530--117709	82	2.2	84	83	4	231	23	30	14	31	1.94
117716--118297	28	19.5	30	82	8	486	30	29	18	21	1.97
117743--118297	64	9.3	62	80	8	480	30	29	18	21	1.97
117718--118264	182	3.1	182	84	4	654	30	29	18	21	1.97
118386--118500	48	2.5	48	85	4	128	26	23	13	36	1.92
118416--118494	25	3.2	25	65	13	65	24	26	15	34	1.94
119579--119603	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
125438--125471	16	2.1	16	88	0	50	17	17	14	50	1.79
125461--125523	25	2.5	25	92	0	99	22	30	12	34	1.91
126261--126309	24	2.0	24	84	7	64	36	32	6	24	1.80
130201--130252	20	2.6	21	72	6	54	30	21	9	38	1.85
132565--132939	157	2.4	158	86	3	517	40	13	10	35	1.79
134352--134827	167	2.9	166	83	5	570	49	7	11	31	1.67
134826--135102	79	3.5	78	79	3	288	36	10	24	28	1.89
137204--137240	19	1.9	19	100	0	74	32	16	8	43	1.77
137209--137253	19	2.3	19	84	7	54	35	17	6	40	1.76
137771--138519	28	25.9	29	77	9	565	25	16	29	28	1.97
137773--138519	58	12.9	58	75	9	586	25	16	29	28	1.97
137773--138519	115	6.5	114	77	9	617	25	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139888--139919	14	2.4	14	94	5	57	0	15	0	84	0.63
149662--149715	17	3.2	18	82	10	60	77	0	20	1	0.86
150241--150290	23	2.2	24	79	13	61	38	2	6	54	1.37
156128--156208	36	2.3	35	81	10	85	71	9	13	4	1.28
157538--158329	27	28.9	27	90	2	1181	23	33	14	29	1.93
157538--158329	55	14.5	54	91	2	1181	23	33	14	29	1.93
157538--158329	82	9.6	81	91	3	1183	23	33	14	29	1.93
158315--158725	32	12.8	32	93	1	671	31	33	18	16	1.93
159963--159998	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
166409--166489	36	2.3	35	81	10	85	71	9	13	4	1.28
167819--168610	27	28.9	27	90	2	1181	23	33	13	29	1.93
167819--168610	55	14.5	54	91	2	1181	23	33	13	29	1.93
167819--168610	82	9.6	81	91	3	1183	23	33	13	29	1.93
168596--169066	32	14.8	32	93	2	772	31	33	18	15	1.93
170306--170341	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
170703--170733	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
175738--175977	79	3.1	77	79	9	236	38	12	22	26	1.89
175764--175990	78	2.9	77	82	5	251	38	10	23	27	1.88
175852--176088	129	1.8	129	85	3	334	36	9	26	27	1.88
177810--177851	22	1.9	22	85	9	59	16	9	16	57	1.65
184294--184332	11	3.5	11	83	13	53	38	0	0	61	0.96
184320--184358	20	2.0	20	84	0	51	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184603--184634	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
185465--185532	5	14.0	5	71	17	54	60	0	0	39	0.97
185471--185531	13	4.6	13	70	9	52	62	0	0	37	0.96
185885--185920	5	7.8	5	90	9	51	61	0	0	38	0.96
186413--186471	25	2.3	26	85	8	77	54	1	1	42	1.20
187097--187137	16	2.6	16	92	0	64	39	0	2	58	1.11
189292--189320	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
189507--189578	18	4.1	17	76	15	67	31	0	1	66	1.00
189513--189595	18	5.1	17	72	16	50	36	1	0	62	1.03
190236--190295	28	2.1	28	84	6	77	43	6	13	36	1.70
191868--191895	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
192174--192205	13	2.3	15	89	10	50	34	3	3	59	1.29
196157--196203	17	2.8	16	76	20	51	48	0	0	51	1.00
196199--196239	21	2.0	21	90	9	66	58	0	0	41	0.98
197165--197210	22	2.0	24	87	8	69	54	0	0	45	0.99
198452--198482	14	2.1	15	94	5	55	45	0	0	54	0.99
199473--199559	40	2.2	40	83	8	106	55	1	0	43	1.07
199489--199567	40	2.0	39	90	7	124	51	1	0	46	1.08
202483--202532	20	2.4	21	86	3	66	74	8	6	12	1.22
203720--203760	18	2.3	18	95	0	73	60	0	0	39	0.96
203793--203842	19	2.5	19	80	6	55	40	0	2	58	1.10
203798--203842	18	2.3	19	85	14	56	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206041--206085	22	2.0	22	87	8	65	46	0	2	51	1.13
206081--206114	16	2.0	18	88	11	54	38	0	2	58	1.13
206146--206210	24	2.7	24	76	6	69	49	0	4	46	1.22
208726--208768	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
215410--215439	6	5.0	6	100	0	60	33	0	66	0	0.92
215615--215711	28	3.3	27	73	19	88	46	5	2	46	1.36
215625--215726	29	3.4	29	75	15	93	43	7	1	47	1.43
215800--215831	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
219644--219677	12	2.8	12	86	0	50	50	0	5	44	1.26
220586--220613	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
223884--223968	35	2.4	35	80	9	91	55	0	1	43	1.07
224786--224811	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
224991--225031	22	1.9	21	85	14	57	58	0	0	41	0.98
225187--225242	27	2.1	27	100	0	112	57	7	0	35	1.26
226153--226184	15	2.0	17	88	11	50	46	0	0	53	1.00
226260--226349	6	14.5	6	70	21	53	62	2	0	35	1.08
226261--226330	11	6.9	11	75	18	62	60	0	0	40	0.97
226295--226348	26	2.1	26	82	6	65	61	3	0	35	1.14
227108--227160	25	2.1	25	82	6	63	33	0	5	60	1.20
227166--227228	28	2.3	29	84	13	80	46	0	0	53	1.00
227425--227462	17	2.2	17	90	0	58	52	2	2	42	1.29
227496--227534	12	3.2	12	82	10	53	58	0	2	38	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232081--232128	24	2.0	24	91	0	78	25	16	8	50	1.73
232082--232134	24	2.2	24	86	0	70	22	18	9	49	1.76
232403--232450	24	2.0	24	91	0	78	25	16	8	50	1.73
232404--232456	24	2.2	24	86	0	70	22	18	9	49	1.76
231939--232581	322	2.0	322	96	0	1196	27	15	16	40	1.88
236441--236487	20	2.2	21	81	11	60	51	0	0	48	1.00
236447--236504	30	2.0	30	87	9	86	53	1	0	44	1.10
236441--236490	21	2.4	20	80	6	55	50	0	0	50	1.00
241594--241623	6	5.0	6	95	0	51	53	0	0	46	1.00
241752--241776	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53

Tables:   1   2   3