genome.fa.s362.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold362
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  374504

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 340 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1289--1363	22	3.3	23	82	15	93	66	0	0	33	0.92
1277--1363	34	2.5	35	85	10	117	65	0	0	34	0.93
1345--1404	31	1.9	31	89	3	93	56	0	1	41	1.09
1277--1363	5	18.0	5	69	23	53	65	0	0	34	0.93
1410--1450	21	2.0	21	85	0	55	56	7	7	29	1.54
3236--3339	31	3.5	31	70	12	110	24	34	2	38	1.70
3221--3329	57	1.9	57	100	0	218	25	33	3	37	1.74
4960--5000	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
9649--9682	9	3.8	9	88	0	50	26	32	0	41	1.56
11378--11402	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12348--12400	20	2.7	20	79	2	63	32	15	16	35	1.90
15850--15877	6	4.7	6	100	0	56	71	0	0	28	0.86
15850--15884	18	1.9	18	88	0	52	74	0	0	25	0.82
15890--16065	35	5.0	35	93	1	300	42	5	31	20	1.75
15901--16105	49	4.0	49	70	17	175	40	5	33	20	1.77
15915--16099	14	10.5	20	64	30	70	41	5	31	20	1.76
17547--17665	51	2.3	51	91	4	204	29	26	11	32	1.92
17599--18167	79	7.2	79	89	0	818	27	25	14	33	1.94
17502--17741	130	1.8	130	92	0	408	28	23	12	35	1.92
18123--18194	28	2.6	28	100	0	144	22	34	18	25	1.96
30663--30694	8	3.9	8	95	4	55	87	3	0	9	0.64
30661--30695	9	4.0	9	88	7	54	85	2	0	11	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30663--30695	17	1.9	17	93	0	57	87	3	0	9	0.63
31712--31873	55	2.9	55	86	3	220	29	26	20	24	1.99
31918--32086	55	3.1	55	90	1	259	28	30	18	21	1.97
31683--32498	204	3.9	209	87	4	1118	26	29	18	24	1.98
31949--32228	149	1.9	150	90	2	456	27	30	18	23	1.97
32099--32289	55	3.5	55	86	2	269	28	29	19	21	1.98
32004--32177	94	1.8	95	88	3	271	25	31	18	24	1.97
32122--32711	266	2.2	266	92	0	973	26	28	19	24	1.99
32310--32555	55	4.3	56	83	7	318	28	28	20	22	1.99
32419--32860	156	2.9	151	87	7	635	25	28	19	25	1.99
32600--32723	61	2.0	62	89	4	189	25	28	20	26	1.99
32730--32978	61	4.2	61	79	11	261	26	26	20	26	1.99
32755--32978	122	1.8	121	86	4	326	25	27	20	26	1.99
33653--33681	12	2.3	13	94	5	51	68	3	0	27	1.05
33691--33960	35	7.7	35	94	0	468	41	5	32	20	1.75
33821--33886	21	3.5	21	65	26	65	42	6	31	19	1.76
35331--36078	79	9.4	79	88	0	1075	27	25	13	33	1.94
40138--40177	22	1.9	22	90	10	66	32	15	0	52	1.43
41870--41945	23	3.2	23	87	10	109	50	2	18	28	1.61
46715--46858	2	72.5	2	68	11	64	41	4	6	46	1.52
46731--46853	36	3.5	35	78	15	112	42	5	7	44	1.56
46885--46967	31	2.6	31	81	7	87	57	7	8	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48051--48088	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
48870--48933	28	2.3	27	76	15	67	46	1	1	50	1.20
50026--50085	30	2.0	30	100	0	120	43	26	10	20	1.83
50187--50213	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
51357--51391	18	1.9	18	100	0	70	45	0	5	48	1.26
51355--51397	18	2.3	18	88	4	68	46	0	9	44	1.35
51363--51405	18	2.3	18	84	4	50	53	0	9	37	1.33
52429--52453	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
52409--52475	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
52516--52540	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
62909--62951	13	3.1	13	78	18	50	60	0	2	37	1.10
63084--63150	20	3.6	17	72	14	53	32	0	8	58	1.29
63132--63181	26	1.9	26	92	8	84	28	0	6	66	1.15
63198--63230	16	2.0	17	88	5	50	54	3	0	42	1.15
63172--63277	40	2.7	39	75	17	101	44	3	4	47	1.42
63311--63356	14	3.4	13	81	3	56	41	0	2	56	1.11
63443--63506	31	2.1	31	93	0	110	39	7	12	40	1.72
63541--63588	17	2.8	17	93	3	78	43	0	0	56	0.99
63788--63889	25	4.4	25	70	20	71	49	0	0	50	1.07
63909--63950	17	2.5	16	79	20	50	59	0	2	38	1.10
64058--64125	29	2.4	27	79	13	84	51	0	0	48	1.00
64065--64134	29	2.4	30	85	2	97	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64070--64116	13	3.4	13	78	16	58	40	0	0	59	0.97
64485--64532	24	2.0	23	88	4	69	43	0	0	56	0.99
64470--64546	37	2.0	37	82	12	93	44	0	0	55	0.99
64692--64741	25	2.0	25	88	0	73	38	2	6	54	1.37
65303--65377	34	2.3	33	86	6	100	33	0	0	66	0.92
65303--65373	14	4.9	14	71	19	56	32	0	0	67	0.91
65310--65370	25	2.4	25	82	12	81	29	0	0	70	0.88
65313--65373	26	2.3	26	86	5	88	31	0	0	68	0.89
65338--65376	20	2.0	20	85	5	53	33	0	0	66	0.92
66035--66064	14	2.1	14	93	0	51	33	0	16	50	1.46
66564--66618	28	2.0	27	89	3	83	38	0	0	61	0.96
66557--66618	16	3.9	15	79	10	61	37	0	0	62	0.95
66871--66913	22	1.9	23	85	4	61	51	13	2	32	1.54
67337--67403	7	9.3	7	74	6	53	41	0	0	58	0.98
67327--67393	23	3.0	22	78	12	75	41	0	0	58	0.98
67323--67406	28	2.8	29	81	15	84	42	0	0	57	0.99
68017--68062	22	2.1	22	88	8	67	56	0	0	43	0.99
68027--68061	17	2.0	18	88	5	54	57	0	0	42	0.99
68020--68095	27	2.8	27	78	17	86	57	0	0	42	0.98
68027--68085	25	2.3	26	77	14	68	57	0	0	42	0.98
68457--68531	25	2.9	27	80	7	77	37	0	0	62	0.95
68489--68513	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68480--68544	27	2.4	27	85	10	80	44	0	0	55	0.99
68501--68540	17	2.4	17	87	4	55	45	0	0	55	0.99
68949--69023	24	3.2	24	66	17	66	40	14	24	21	1.90
69054--69108	24	2.2	26	78	15	62	56	3	0	40	1.17
69122--69209	37	2.4	38	81	14	96	43	0	0	56	0.99
69140--69199	29	2.1	29	84	9	79	45	0	0	55	0.99
69184--69224	16	2.5	17	84	11	59	36	0	0	63	0.95
69989--70017	15	2.0	15	93	6	51	68	6	17	6	1.34
70425--70496	16	4.8	16	70	11	55	30	1	11	56	1.42
75926--75970	23	2.0	23	100	0	90	26	4	13	55	1.57
81452--81710	49	5.2	49	83	4	329	34	19	24	21	1.96
81452--81700	101	2.5	101	95	0	444	34	19	24	21	1.97
81352--81712	52	7.2	49	78	6	341	34	18	24	22	1.96
81590--81822	122	1.9	122	92	0	394	34	17	25	22	1.96
81489--81923	223	2.0	223	92	0	719	33	18	25	22	1.96
81724--82054	149	2.2	151	82	4	413	31	18	25	24	1.97
82114--82584	39	10.9	39	69	17	249	28	19	24	26	1.99
81983--82584	87	6.9	87	93	0	873	29	19	24	26	1.98
82503--82730	51	4.8	49	80	11	258	31	19	25	23	1.98
82597--82741	43	3.2	43	77	11	173	31	20	25	22	1.98
82547--82741	92	2.1	93	90	3	304	32	19	25	22	1.97
82416--82736	138	2.3	135	86	6	444	31	19	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82735--83114	34	11.6	34	78	12	372	37	12	31	19	1.89
82900--83054	27	5.2	27	72	20	105	35	12	31	20	1.90
82927--83114	33	5.8	32	79	12	165	37	12	30	19	1.89
82725--83209	96	5.1	93	77	11	358	36	12	30	20	1.90
83056--83212	31	4.9	31	81	10	167	34	14	28	22	1.93
86709--86733	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
86772--86829	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
87723--88559	92	9.1	92	95	0	1460	31	18	25	24	1.97
88236--88303	21	3.2	21	67	19	59	32	16	25	26	1.96
88547--88718	95	1.8	94	93	3	301	18	18	35	27	1.94

Tables:   1   2   3