genome.fa.s362.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold362
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  374504

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 340 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241908--241977	33	2.2	32	82	10	88	15	8	2	72	1.20
242639--242671	17	1.9	17	93	0	57	30	6	3	60	1.36
242510--242854	171	2.0	176	89	6	542	24	4	14	56	1.57
243323--243377	28	2.0	29	89	7	87	9	0	14	76	1.02
243354--243379	10	2.6	10	100	0	52	0	0	15	84	0.62
243442--243492	21	2.4	21	86	3	66	37	0	5	56	1.23
245514--245560	15	3.1	15	90	0	67	53	21	14	10	1.71
245864--246453	91	6.6	91	80	5	529	39	12	16	31	1.86
245948--246452	269	1.9	269	86	1	735	39	13	16	30	1.87
245864--246452	178	3.3	178	79	7	575	39	12	16	31	1.86
248982--249026	23	2.0	23	86	8	65	40	8	0	51	1.33
252406--252446	10	3.9	11	81	12	50	2	17	0	80	0.82
252407--252445	15	2.5	16	91	4	62	2	15	0	82	0.79
252921--253469	164	3.3	164	83	3	620	51	7	9	31	1.62
256441--256745	79	3.9	79	82	0	290	28	21	12	36	1.91
258218--258416	44	4.5	44	70	14	158	36	16	24	22	1.94
258928--258980	20	2.6	21	81	3	72	43	11	15	30	1.81
259060--259138	32	2.5	32	85	2	115	30	16	13	39	1.88
259089--259207	52	2.3	52	86	2	168	30	16	12	40	1.86
261053--261898	420	2.0	421	92	2	1414	41	18	10	29	1.83
262968--262994	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
267480--267504	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267488--267526	20	2.0	20	100	0	78	35	15	10	38	1.81
269978--270045	28	2.4	28	90	0	100	25	35	14	25	1.94
270088--270155	27	2.5	27	85	7	93	23	33	14	27	1.94
269961--270262	107	2.8	106	89	4	453	24	25	17	32	1.97
270188--270262	28	2.7	27	85	8	89	20	30	24	25	1.98
269924--270339	107	3.9	108	82	5	441	26	25	15	32	1.96
270218--270395	79	2.2	78	87	4	241	26	25	14	33	1.94
270325--270535	51	4.3	50	71	17	145	30	25	10	34	1.89
274437--274495	10	5.4	11	82	10	59	83	13	0	3	0.78
274445--274495	10	4.8	10	85	9	66	84	11	0	3	0.75
274437--274495	22	2.6	22	86	7	75	83	13	0	3	0.78
275767--275845	31	2.6	32	88	6	119	24	31	13	30	1.94
275967--276091	27	4.6	27	91	0	178	24	35	13	27	1.93
276105--276229	29	4.3	29	79	9	130	32	32	17	17	1.94
276105--276229	57	2.2	58	85	5	164	32	32	17	17	1.94
276246--277133	49	18.8	49	71	11	516	25	25	17	31	1.97
276300--276525	39	5.3	39	70	17	146	28	25	18	27	1.98
276251--276600	87	4.0	87	88	0	493	26	24	18	29	1.98
276531--277002	101	4.9	98	77	8	318	25	25	18	31	1.98
276425--276986	238	2.4	238	88	0	847	26	25	18	29	1.98
276671--276839	88	1.9	88	90	0	266	26	24	19	30	1.98
276573--276940	189	1.9	187	81	3	432	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276752--277133	150	2.6	148	79	4	385	25	25	17	32	1.97
277916--277990	20	3.8	20	87	7	100	32	13	13	41	1.83
281737--281865	43	3.0	42	85	3	177	44	10	18	26	1.81
281830--281883	16	3.6	16	65	14	51	46	11	18	24	1.81
281816--281899	29	2.9	29	90	1	132	46	9	19	25	1.79
282675--283044	85	4.4	85	82	4	424	33	17	29	19	1.95
282675--283036	169	2.1	170	87	1	530	33	17	29	19	1.95
282675--283170	169	2.9	169	81	3	498	33	17	29	19	1.95
282505--283187	42	16.2	42	76	4	444	33	17	29	19	1.95
282633--283187	127	4.4	127	76	6	399	33	17	30	19	1.95
284526--284561	18	2.1	17	89	5	54	5	11	0	83	0.80
295980--296826	421	2.0	421	92	0	1428	41	19	9	29	1.83
298307--298406	29	3.4	29	88	2	148	50	7	19	24	1.72
298338--298406	13	4.7	16	69	20	60	50	7	18	23	1.71
298292--298406	29	3.9	29	85	7	135	49	7	19	23	1.74
298462--298504	4	11.5	4	80	14	56	23	0	0	76	0.78
298462--298504	7	5.8	8	83	10	56	23	0	0	76	0.78
302974--303016	17	2.5	17	88	0	59	6	9	2	81	0.95
303540--303761	32	7.0	32	76	3	196	22	17	29	30	1.97
303764--303796	16	2.1	16	100	0	66	30	18	18	33	1.94
304140--304862	27	26.3	27	78	9	358	29	14	30	25	1.95
304140--304863	55	13.1	54	79	6	350	29	14	30	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304409--304603	57	3.4	57	78	8	191	25	16	31	27	1.96
303798--304863	28	38.5	28	80	6	576	27	15	29	27	1.96
304076--304862	82	9.5	82	76	7	475	29	14	30	26	1.95
313298--313335	16	2.2	17	90	9	60	7	7	2	81	0.96
316093--316482	79	5.0	77	75	12	298	33	12	26	27	1.93
316093--316482	158	2.5	153	77	8	407	33	12	26	27	1.93
316418--316515	51	1.9	51	89	0	151	34	11	25	28	1.90
319699--319753	28	1.9	29	81	3	67	18	3	3	74	1.11
323090--323156	20	3.8	19	69	27	58	37	11	16	34	1.85
323092--323154	33	1.9	32	93	3	108	38	12	17	31	1.87
327023--327085	27	2.3	27	88	0	90	23	23	30	22	1.99
328525--328549	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
333953--333984	14	2.4	14	94	5	57	75	6	0	18	1.01
334654--334700	16	2.8	17	78	15	53	59	0	2	38	1.09
337538--337869	164	2.0	164	100	0	664	35	16	19	28	1.93
339453--339510	20	2.7	22	86	5	84	41	12	17	29	1.85
340249--340376	52	2.5	52	81	2	141	38	16	21	24	1.93
340659--340746	32	2.8	32	89	0	131	15	20	31	31	1.94
340724--340788	33	2.0	33	81	6	78	27	15	27	29	1.96
341846--342043	96	2.1	96	100	0	396	25	17	24	32	1.96
342494--342534	11	3.8	11	78	15	50	7	7	4	80	1.02
342505--342568	24	2.5	25	87	7	85	7	6	6	79	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342494--342552	16	3.4	16	82	15	73	6	6	5	81	0.99
342491--342558	36	1.9	34	88	8	93	5	5	5	82	0.95
348266--348306	21	2.0	21	90	9	66	19	0	2	78	0.87
348275--348330	14	3.7	14	72	23	51	19	1	3	75	1.05
348268--348323	7	7.7	7	79	15	51	17	0	3	78	0.89
348777--349538	42	17.9	41	72	9	336	36	19	27	17	1.94
348777--349511	85	8.6	85	76	7	558	36	19	26	17	1.94
349019--349536	129	4.0	130	81	7	481	35	19	27	16	1.94
368467--368558	37	2.5	34	77	16	94	63	33	0	3	1.11
368529--368572	15	3.1	15	80	9	56	70	29	0	0	0.88
368739--368820	33	2.6	33	77	19	86	60	34	1	3	1.22
369278--369327	18	2.8	18	82	8	66	54	40	0	6	1.25

Tables:   1   2   3

The End!