genome.fa.s366.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold366
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  222455

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5061--5088	8	3.5	8	100	0	56	14	0	25	60	1.34
5434--5474	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
5738--5789	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
7151--7190	21	1.9	21	84	0	53	32	2	35	30	1.71
7756--7809	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
7861--7885	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7841--7908	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
12301--13017	148	4.9	145	72	10	539	39	21	16	23	1.92
14807--15329	173	3.1	163	77	11	452	47	8	11	31	1.70
14899--15478	166	3.5	166	77	10	416	48	7	12	31	1.69
18841--18890	21	2.3	21	86	10	66	68	0	20	12	1.21
18919--18959	21	2.0	21	85	9	57	51	12	19	17	1.76
22328--22402	12	6.8	12	69	26	58	42	0	44	13	1.43
22347--22407	9	7.1	9	70	10	56	44	0	42	13	1.43
22328--22435	42	2.6	42	93	0	180	42	0	44	12	1.43
22371--22416	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
22392--22441	18	2.8	18	81	6	57	44	0	46	10	1.37
22371--22433	12	5.8	12	67	27	50	39	0	47	12	1.42
24633--24684	20	2.7	20	88	8	72	32	15	15	36	1.89
24737--24786	20	2.5	20	80	3	57	30	16	20	34	1.94
30652--30737	19	4.9	19	78	17	96	34	10	16	38	1.83
30650--30714	32	2.0	32	90	0	103	36	10	15	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30758--30799	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
30786--30811	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33165--33350	51	3.6	50	79	7	196	30	25	12	30	1.93
33330--33405	27	2.8	28	87	2	100	23	35	21	19	1.96
33357--33579	78	2.9	77	82	8	281	27	29	13	29	1.95
33518--33574	28	1.9	28	86	10	78	28	33	12	26	1.92
39716--39979	60	4.3	60	84	3	339	25	28	17	28	1.97
40006--41198	61	20.3	60	81	9	1233	25	27	20	25	1.99
40026--41198	176	6.6	174	81	10	1176	25	27	20	26	1.99
41222--42105	55	15.3	55	81	12	910	27	27	19	25	1.99
41249--42105	115	7.5	115	85	8	1003	27	26	19	26	1.99
42083--42167	42	2.1	42	84	8	113	20	21	15	43	1.88
42920--42982	19	3.7	18	74	24	64	33	11	17	38	1.85
42939--42963	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
42918--42990	32	2.3	32	95	0	128	34	10	17	36	1.85
43007--43047	21	2.0	21	100	0	82	43	9	19	26	1.82
44166--44194	11	2.6	11	100	0	58	24	10	17	48	1.78
45416--45600	51	3.6	51	83	6	250	29	27	11	31	1.91
45607--45789	79	2.3	78	88	2	269	25	28	15	30	1.96
50453--50549	13	8.4	13	71	25	83	34	16	15	34	1.90
50433--50565	33	4.0	33	96	3	234	33	18	14	34	1.90
50466--50564	20	5.7	20	69	30	100	33	18	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50616--50681	13	5.1	13	100	0	132	39	15	15	30	1.88
50595--50672	26	2.5	33	73	25	64	35	15	16	32	1.90
51056--51127	19	3.7	19	90	9	110	29	15	15	40	1.88
51197--51221	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51180--51242	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
54999--56335	475	2.8	477	88	2	1945	35	13	19	31	1.91
56141--56538	205	1.9	204	88	1	591	36	14	20	29	1.92
55664--57012	679	2.0	680	85	2	1812	36	14	19	29	1.91
56345--72184	477	33.4	477	78	8	5390	36	14	19	30	1.91
59732--60845	611	1.8	610	89	0	1764	35	14	19	30	1.92
61200--61546	182	1.9	181	83	2	455	34	14	21	29	1.93
61377--67484	954	6.4	954	86	2	7721	36	14	19	30	1.91
67146--68101	316	3.0	315	90	2	1409	35	13	19	30	1.90
73445--73530	12	6.9	12	68	21	52	44	0	41	13	1.44
73466--73535	9	8.1	9	79	9	74	47	0	40	12	1.42
73469--73548	18	4.6	18	73	9	76	47	0	40	12	1.41
73436--73542	51	2.1	51	91	3	171	47	0	39	13	1.42
73475--73563	42	2.1	42	87	4	126	44	0	42	12	1.42
73520--73569	18	2.8	18	81	6	57	44	0	46	10	1.37
78534--83172	476	9.8	478	72	10	1951	36	14	18	30	1.91
79280--79976	318	2.2	317	84	3	920	37	14	18	29	1.90
80036--80492	236	1.9	235	88	2	684	39	14	18	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80676--83140	159	15.6	157	65	15	554	36	14	18	30	1.91
83822--84513	158	4.5	155	68	15	462	37	13	18	31	1.89
83205--85147	476	4.1	474	86	4	2399	37	13	17	31	1.89
84788--85968	405	2.9	405	91	1	1800	36	13	18	31	1.89
86300--91794	477	11.6	477	88	2	7451	35	14	18	31	1.91
88133--88811	160	4.3	156	65	20	352	35	13	19	31	1.90
87815--91519	158	23.3	157	65	14	885	35	14	18	31	1.91
91792--93263	476	3.1	475	86	2	2109	35	13	19	31	1.90
98573--98627	9	6.4	9	71	12	53	14	43	0	41	1.45
98578--98612	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
98541--98663	42	2.9	42	91	1	183	11	46	0	42	1.40
106849--106909	9	7.1	9	72	10	56	13	42	1	42	1.53
106817--106939	42	2.9	42	91	1	183	11	43	0	44	1.46
106854--106930	12	6.9	12	75	19	62	12	45	1	40	1.51
113047--114409	682	2.0	682	100	0	2726	27	15	23	33	1.95
115355--115426	12	6.5	11	75	16	53	40	1	47	11	1.48
115345--115424	42	1.9	42	92	0	133	43	1	46	8	1.42
115384--115454	33	2.2	33	92	0	115	40	1	46	11	1.48
115345--115433	42	2.1	42	87	0	124	44	1	43	10	1.45
121887--121923	15	2.4	17	82	17	53	35	13	0	51	1.41
125118--126722	159	10.1	156	65	15	389	36	13	18	30	1.90
124670--129076	477	9.3	477	86	3	5651	36	13	19	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128709--129393	317	2.2	317	86	1	962	37	14	17	30	1.90
128220--129809	793	2.0	775	84	4	2055	37	14	18	29	1.90
129805--136479	475	14.1	474	83	5	7817	35	13	19	31	1.91
135671--137320	832	2.0	829	85	1	2248	36	14	19	29	1.92
136485--139174	477	5.6	477	85	1	3548	35	14	19	30	1.92
140798--140873	12	6.9	11	81	15	79	39	1	47	11	1.49
140818--140878	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
140788--140907	42	2.9	42	92	0	186	43	1	45	10	1.47
140842--140887	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
141760--141826	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
142505--142529	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
142916--142946	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
142970--143106	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
143076--143146	20	3.5	20	75	11	65	29	11	16	42	1.83
143184--143226	21	2.0	21	86	8	61	39	9	11	39	1.74
147731--155648	954	8.3	950	85	3	9931	35	14	19	30	1.91
147731--155648	478	16.6	475	85	3	10112	35	14	19	30	1.91
157260--157378	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	7	1.45
157284--157350	33	2.1	30	83	8	80	41	2	46	8	1.50
162356--177993	477	32.8	476	87	1	21268	35	14	19	30	1.91
162517--185938	158	147.5	159	65	14	3521	35	14	19	30	1.91
177641--178274	306	2.0	313	83	6	788	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177957--181635	477	7.7	477	85	3	4491	35	14	19	30	1.91
177957--181635	953	3.9	951	84	3	4605	35	14	19	30	1.91
181285--181948	313	2.1	316	82	5	792	35	15	18	30	1.92
181599--183377	476	3.7	476	86	3	2320	35	14	19	30	1.92
183024--183690	313	2.1	317	84	6	865	35	15	17	30	1.92
183341--185119	476	3.7	475	86	3	2370	35	14	19	31	1.92
184766--185432	313	2.1	317	84	6	874	34	15	18	31	1.92
185087--186014	476	2.0	473	86	4	1314	35	14	19	31	1.91
186805--186830	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
187458--187484	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25

Tables:   1   2