genome.fa.s37.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold37
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  836391

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  6  of  6  ( 678 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758370--758400	6	5.2	6	92	0	53	51	0	3	45	1.17
758997--759044	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
759842--759880	17	2.4	17	87	12	55	30	0	2	66	1.05
759894--759950	25	2.4	25	85	8	75	28	3	0	68	1.06
761147--761315	5	33.8	5	67	17	68	59	1	0	38	1.13
761147--761315	16	11.2	16	71	22	86	59	1	0	38	1.13
761147--761305	11	14.3	11	66	21	73	59	1	0	38	1.10
761143--761315	26	6.7	25	68	16	77	59	1	0	38	1.12
761767--761838	25	2.9	24	76	10	65	47	0	0	52	1.00
764001--764068	11	6.2	11	71	11	50	47	1	0	51	1.09
766248--766292	16	2.7	16	80	19	56	53	2	0	44	1.13
766249--766374	34	3.7	35	69	12	93	45	3	0	50	1.20
766321--766361	16	2.4	18	84	8	59	41	2	0	56	1.13
766472--766508	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
773972--774034	29	2.2	29	82	5	74	47	1	3	47	1.27
773999--774033	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
775336--775367	5	6.8	5	86	13	50	15	0	0	84	0.63
775619--775661	19	2.3	18	84	15	52	53	0	0	46	1.00
775760--775797	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
776577--776625	21	2.3	21	82	6	64	42	0	0	57	0.99
776652--776689	20	1.9	20	88	0	58	52	0	0	47	1.00
777338--777375	19	2.1	19	85	5	51	55	2	0	42	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777659--777710	23	2.2	24	86	6	72	57	1	0	40	1.10
778565--778614	26	1.9	26	84	8	66	44	2	0	54	1.11
778885--778932	24	2.0	25	84	12	64	39	6	0	54	1.26
779670--779735	23	2.9	24	80	8	68	53	0	1	45	1.09
780239--780354	52	2.3	51	83	15	136	52	0	0	46	1.06
780572--780623	26	1.9	28	88	7	81	44	0	0	55	0.99
780522--780835	155	2.0	155	98	0	601	51	5	4	38	1.45
781049--781097	21	2.4	21	76	10	57	51	0	0	48	1.00
781440--781486	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
781603--781641	18	2.2	18	86	4	53	30	2	0	66	1.05
782186--782222	16	2.3	16	95	0	65	48	8	0	43	1.32
783047--783117	21	3.1	23	76	6	74	59	0	0	40	0.98
783454--783509	18	2.8	19	73	21	53	44	0	0	55	0.99
783447--783516	16	4.2	17	77	16	67	42	0	0	57	0.99
783458--783512	20	2.8	20	72	16	60	43	0	0	56	0.99
783463--783540	34	2.2	36	84	6	99	42	0	0	57	0.98
783492--783563	24	3.0	25	86	6	87	37	0	0	62	0.95
783522--783567	6	7.8	6	81	13	51	32	0	0	67	0.91
784639--784680	21	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
784811--784846	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
785715--785744	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
786237--786302	35	1.9	33	87	6	96	42	3	4	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786536--786597	23	2.5	24	77	12	63	50	3	0	46	1.17
786757--786818	25	2.4	25	83	2	79	48	0	1	50	1.10
786810--786852	22	2.0	22	86	9	61	44	0	6	48	1.29
787062--787120	13	5.1	13	75	24	53	52	0	0	47	1.00
787059--787120	32	1.9	32	87	12	92	51	0	0	48	1.00
787066--787123	19	3.1	19	82	7	66	50	0	0	50	1.00
795004--795043	13	2.9	14	85	10	55	40	0	0	60	0.97
798094--798140	17	2.6	19	78	21	57	36	6	0	57	1.24
798127--798178	14	3.7	14	80	14	54	26	1	0	71	0.97
799258--799291	14	2.5	14	95	4	61	47	0	5	47	1.26
803264--803290	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
806480--806543	33	1.9	34	87	9	96	46	7	3	42	1.48
806727--806768	21	2.0	21	86	13	61	42	0	0	57	0.99
806765--806809	18	2.4	18	85	7	63	48	2	0	48	1.13
810405--810465	32	1.9	32	86	3	88	32	6	1	59	1.33
810952--810976	10	2.5	10	100	0	50	20	20	0	60	1.37
811287--811515	85	2.7	85	93	0	386	21	27	34	16	1.95
811457--811635	59	3.0	59	97	0	340	22	29	34	13	1.92
811208--812003	144	5.6	144	80	9	894	21	27	34	16	1.95
811376--811768	203	1.9	203	95	0	714	21	28	34	15	1.94
811660--811776	59	2.0	59	93	0	198	23	26	35	14	1.94
816669--816728	25	2.2	28	82	8	72	55	3	5	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816675--816734	27	2.1	29	82	11	72	51	3	5	40	1.40
816681--816736	28	2.0	26	86	10	76	53	5	5	35	1.47
817755--817795	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
817904--817974	27	2.9	23	75	17	70	60	2	4	32	1.30
820027--820116	46	1.9	47	84	2	119	43	4	4	47	1.43
820022--820101	23	3.5	23	75	13	74	45	2	5	47	1.38
820259--820300	13	3.2	13	89	3	66	50	0	0	50	1.00
820704--820788	36	2.3	37	76	11	93	47	0	1	51	1.08
822996--823029	15	2.4	14	90	5	50	35	0	0	64	0.94
823001--823033	10	3.2	11	83	16	52	39	0	0	60	0.97
824906--825021	46	2.6	44	94	4	198	55	18	3	22	1.58
836024--836088	26	2.6	25	82	4	85	36	1	1	60	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6

The End!