genome.fa.s371.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold371
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1142270

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 331 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176520--176737	79	2.8	78	85	3	276	31	14	28	25	1.94
176710--176840	51	2.5	51	80	9	147	33	9	25	31	1.88
179193--179218	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
179172--179238	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
179258--179357	19	5.9	18	69	26	85	39	14	13	34	1.84
179261--179355	32	3.0	32	95	0	163	37	14	13	33	1.86
179413--179469	21	2.7	21	91	0	96	36	17	10	35	1.84
179477--179512	15	2.4	15	100	0	72	16	0	0	83	0.65
180226--181091	55	15.3	55	83	8	990	24	20	27	26	1.99
180226--181091	171	5.1	165	87	5	1076	24	20	27	26	1.99
180536--180617	26	2.9	29	66	23	84	19	20	30	29	1.97
180648--180733	27	3.1	27	60	3	64	27	22	24	25	1.99
180226--181065	226	3.7	226	90	4	1205	24	20	27	26	1.99
180762--180843	26	2.9	29	66	23	84	19	20	30	29	1.97
189518--189688	51	3.3	51	79	4	198	30	26	10	32	1.90
189342--189688	51	6.6	51	69	14	184	30	26	10	31	1.91
189671--189752	28	2.9	28	82	7	96	26	31	14	26	1.95
198304--198501	79	2.5	79	85	4	265	33	15	27	23	1.95
198474--198604	51	2.5	51	84	9	174	32	10	25	31	1.90
200937--200991	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
201011--201078	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
201033--201057	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201014--201076	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
201134--201190	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
201195--201232	12	3.1	12	88	7	58	21	0	0	78	0.74
201195--201233	13	3.1	13	96	3	71	20	0	0	79	0.73
203385--203415	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
205498--205535	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
205647--205692	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
208086--208111	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
209238--209305	23	3.1	23	79	12	88	36	11	20	30	1.89
209222--209361	51	3.0	44	81	14	183	40	11	18	30	1.86
209261--209357	51	1.9	51	97	0	185	43	10	17	28	1.82
209222--209346	20	5.6	20	71	23	88	40	12	17	30	1.86
210202--210338	53	2.6	51	83	3	175	40	13	16	29	1.87
215448--215501	20	2.7	20	85	8	65	35	20	7	37	1.81
217994--218376	167	2.3	163	85	4	482	47	8	13	30	1.73
220798--220822	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
225743--225891	52	2.9	52	91	2	237	31	18	18	32	1.94
225877--225904	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
225945--226011	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
225967--225991	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
226864--227003	43	3.0	45	81	12	167	27	20	28	23	1.99
227050--227206	28	5.4	28	89	3	188	21	17	27	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227024--227206	56	3.2	57	86	7	228	21	16	27	34	1.95
227050--227515	30	15.6	30	78	7	312	26	16	28	29	1.97
227180--227270	35	2.6	34	79	5	94	37	12	29	20	1.89
227065--227511	59	7.4	58	75	11	339	27	16	28	28	1.97
227369--227436	27	2.4	27	82	7	82	20	17	32	29	1.96
228952--229023	1	72.0	1	77	0	72	0	0	11	88	0.50
228952--229025	14	5.7	13	82	10	98	0	0	12	87	0.53
228955--229025	23	3.0	23	86	10	99	0	0	12	87	0.55
228952--229023	38	1.9	37	91	8	119	0	0	11	88	0.50
228952--229022	33	2.2	31	90	7	115	0	0	11	88	0.51
228955--229023	19	3.7	19	86	9	97	0	0	11	88	0.52
236846--236901	28	2.0	28	100	0	112	25	25	28	21	1.99
238846--238890	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
244659--244684	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
244887--244911	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
245043--245084	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
247209--247250	21	2.0	20	86	13	57	42	7	11	38	1.69
247370--247394	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
247349--247416	33	2.1	32	84	13	86	32	14	17	35	1.91
247494--247519	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
247476--247539	33	2.0	32	90	3	101	40	18	14	26	1.89
253790--253814	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256928--256980	13	4.5	13	77	22	64	33	13	16	35	1.88
256912--256980	33	2.1	33	89	5	104	31	13	18	36	1.89
265652--265704	20	2.7	20	91	8	83	32	15	18	33	1.92
265749--265778	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
268047--268137	47	1.9	47	86	0	128	38	18	10	31	1.86
268116--268181	27	2.4	27	84	0	87	39	18	15	27	1.90
272248--272300	19	2.7	20	91	2	81	39	18	16	24	1.91
272825--272899	36	2.1	36	87	5	107	33	33	2	30	1.72
274759--274786	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
281050--281076	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
281031--281095	33	2.0	32	87	3	94	40	16	15	27	1.89
284125--284166	20	2.1	20	86	8	59	35	9	16	38	1.81
284259--284312	20	2.7	20	86	8	74	31	12	12	42	1.81
284146--284384	111	2.1	112	82	0	282	31	12	15	40	1.85
286850--286900	20	2.6	20	90	3	77	29	13	17	39	1.88
288040--288094	19	2.8	19	81	10	67	36	12	14	36	1.84
288061--288100	19	2.0	20	90	4	64	37	17	12	32	1.87
296832--296887	20	2.8	19	84	7	76	26	21	12	39	1.89
296911--296972	19	3.2	19	84	11	81	35	16	14	33	1.89
296933--296997	33	2.0	32	87	3	94	41	16	12	29	1.85
301418--301565	46	3.2	46	68	14	142	32	27	2	38	1.68
301438--301578	42	3.2	42	66	14	111	39	24	1	35	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301392--301578	92	2.0	92	94	2	331	34	24	2	38	1.69
305527--305555	15	1.9	15	100	0	58	24	34	0	41	1.55
307137--307162	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
308983--309033	23	2.2	22	83	10	66	29	5	15	49	1.68
309992--310033	2	21.5	2	85	4	59	50	2	2	45	1.27
315739--315814	12	6.9	11	77	15	61	39	1	48	10	1.46
315738--315823	24	3.8	24	73	17	85	41	1	45	11	1.48
315759--315819	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
315729--315847	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
315783--315828	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
324083--324136	6	9.2	6	73	18	51	79	0	18	1	0.82
324084--324128	16	2.7	16	89	6	63	82	0	17	0	0.68
324778--324944	59	2.8	59	76	7	162	31	10	14	43	1.79
324957--325141	48	3.8	48	73	7	158	31	17	11	39	1.85
935552--935613	28	2.2	29	94	2	108	43	20	3	32	1.68
937389--937413	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
943557--943609	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
943557--943615	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
950435--950490	19	2.9	19	89	2	85	37	14	16	32	1.88
950475--950501	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
951069--951095	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
951080--951136	19	2.9	19	84	2	78	31	19	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951164--951202	20	2.0	20	89	0	60	28	12	17	41	1.87
951183--951245	13	5.3	13	71	21	57	31	17	17	33	1.93
951164--951243	33	2.4	33	93	0	142	31	16	17	35	1.92
959959--959985	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
959940--960004	32	2.0	32	90	3	103	29	15	15	40	1.88
959970--960147	20	8.8	19	73	17	112	32	15	17	34	1.92
960054--960147	40	2.3	40	100	0	188	31	10	19	38	1.86
965211--965397	93	2.0	93	97	0	356	33	24	14	27	1.94
970553--970602	22	2.3	22	89	6	75	36	8	10	46	1.67
970972--970999	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3