genome.fa.s371.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold371
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1142270

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 331 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8021--8075	20	2.7	21	83	11	69	32	21	12	32	1.91
8104--8177	19	3.8	19	85	1	94	37	16	12	33	1.85
8636--18681	158	63.5	154	64	14	941	35	14	19	30	1.92
8509--11988	475	7.3	475	84	2	4409	35	14	19	30	1.91
11362--12662	634	2.0	634	82	3	1395	35	14	19	30	1.91
11982--16904	475	10.4	476	84	2	6004	36	14	19	30	1.91
11982--16891	951	5.2	952	84	3	6060	36	14	19	29	1.91
16895--18981	474	4.4	472	83	4	2431	34	14	19	30	1.92
18804--19115	158	2.0	158	83	6	400	36	14	18	30	1.91
22056--22165	42	2.6	42	94	0	193	40	1	47	10	1.49
22122--22168	18	2.6	18	83	6	51	42	2	46	8	1.46
38411--38529	42	2.8	42	90	0	184	8	47	2	42	1.47
38435--38513	21	3.5	24	68	19	71	11	46	2	39	1.53
38435--38520	24	3.8	24	72	17	76	10	46	2	40	1.51
40276--40394	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
40309--40384	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
40300--40385	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
40291--40361	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
42083--43564	475	3.1	475	83	3	2005	35	14	20	30	1.92
43334--43655	158	2.0	158	82	2	398	36	14	18	30	1.91
43380--43699	158	2.0	158	87	3	457	34	15	19	30	1.92
42918--44154	633	2.0	632	86	2	1721	34	14	19	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43532--47509	475	8.4	472	81	4	4148	35	14	19	30	1.92
42906--44505	633	2.5	632	80	5	1486	34	14	20	30	1.92
43532--47497	950	4.2	948	81	4	4602	35	14	19	30	1.92
47342--47660	158	2.0	157	87	2	453	35	15	18	30	1.92
46867--48167	637	2.0	633	82	3	1574	34	14	19	31	1.92
47510--50033	471	5.4	474	84	4	3108	35	14	19	30	1.92
47510--50033	932	2.7	928	85	4	3113	35	14	19	30	1.92
50005--54460	475	9.4	472	74	8	2509	35	14	19	30	1.91
49852--56353	158	41.1	158	67	10	1349	35	14	19	30	1.91
50952--53533	633	4.1	633	82	2	3112	35	14	19	30	1.91
53800--55280	626	2.4	625	80	5	1422	35	14	19	30	1.91
53800--55310	634	2.4	624	80	5	1363	35	14	19	30	1.91
54424--55560	476	2.4	476	84	4	1457	36	14	19	29	1.91
55391--55719	159	2.1	157	83	6	405	34	15	19	30	1.93
54943--56566	634	2.6	635	86	1	2202	35	15	19	30	1.92
56894--56948	19	2.8	20	94	5	103	34	18	10	36	1.86
62303--62667	157	2.3	157	81	5	380	37	13	18	30	1.89
61118--65727	158	29.2	157	67	13	1031	36	14	18	30	1.91
60267--64496	632	6.7	631	84	3	5157	36	14	18	30	1.91
64002--64956	479	2.0	475	83	3	1193	34	14	20	29	1.92
64476--66073	634	2.5	627	84	3	1952	36	14	19	29	1.92
66912--66950	15	2.6	15	79	0	51	82	2	12	2	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67351--67415	26	2.5	26	100	0	130	38	15	23	23	1.92
67364--67411	15	3.5	15	72	21	59	37	12	25	25	1.91
67696--67818	42	2.9	42	87	2	176	43	2	44	9	1.50
73191--74165	158	6.2	158	72	9	635	37	13	18	30	1.90
72748--75221	634	4.0	625	80	7	2568	36	14	18	30	1.91
74623--76168	475	3.3	476	82	5	1692	36	14	18	30	1.91
76008--76329	158	2.0	158	80	1	358	38	15	17	28	1.91
74980--76360	475	2.9	474	80	5	1068	36	14	18	30	1.91
75572--76802	634	1.9	632	85	2	1702	36	14	18	30	1.91
76147--77137	476	2.1	475	81	4	1176	36	14	18	30	1.91
76772--77546	409	1.9	409	84	4	1044	36	14	18	30	1.91
83051--83076	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
88526--88644	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
88559--88634	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
88550--88635	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
88541--88611	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
89578--90894	659	2.0	658	99	0	2607	34	23	14	27	1.94
95433--95499	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
95957--95982	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
96367--97809	476	3.0	475	82	4	1723	36	15	18	29	1.91
97404--99001	406	3.9	406	92	1	2553	36	14	19	30	1.92
99582--100248	159	4.2	159	68	11	404	35	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98625--100312	475	3.6	469	86	3	2248	35	14	19	31	1.91
105284--105402	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
105317--105392	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
105308--105393	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
105299--105369	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
107280--108460	158	7.5	157	66	13	383	36	14	18	30	1.90
107276--108616	475	2.8	472	85	4	1750	36	14	17	30	1.90
108254--109877	412	3.8	410	69	16	1102	36	14	18	30	1.91
107779--112220	884	5.0	885	88	3	6063	35	14	19	30	1.91
111716--112537	158	5.2	156	70	10	411	37	15	17	30	1.91
111359--112380	477	2.1	474	86	3	1385	36	13	18	31	1.90
112156--112537	157	2.4	158	83	6	411	38	15	16	29	1.90
111685--112842	634	1.8	633	83	4	1562	36	14	17	31	1.91
113545--113833	157	1.8	158	82	3	377	37	13	19	29	1.90
115049--115373	158	2.1	158	83	1	409	36	16	19	28	1.93
115049--115410	158	2.3	157	80	5	397	36	16	19	28	1.93
117332--117407	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
117331--117416	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
117322--117440	42	2.8	42	90	0	184	42	3	46	7	1.48
125216--125291	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
125215--125300	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
125206--125324	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126755--126790	16	2.2	16	95	0	63	55	16	11	16	1.68
129093--129211	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
137035--137238	92	2.2	92	95	0	372	39	11	23	25	1.88
138116--138254	51	2.7	51	85	1	179	41	10	17	30	1.84
138116--138245	52	2.5	52	87	1	163	41	10	17	30	1.84
139771--139991	52	4.2	52	78	4	205	36	17	22	23	1.94
139771--139991	104	2.1	104	80	5	259	36	17	22	23	1.94
139950--140106	57	2.7	59	82	2	183	30	15	26	26	1.96
140115--140462	33	10.7	33	77	5	271	23	18	27	30	1.97
140520--141111	120	4.9	119	84	6	637	35	12	28	23	1.91
140520--141405	29	29.7	30	76	9	459	34	13	28	24	1.93
141097--141405	88	3.5	89	81	6	342	32	14	27	25	1.95
142157--142222	32	2.0	33	85	8	91	33	4	16	45	1.68
142758--142803	17	2.8	17	83	9	60	4	13	13	69	1.33
145006--145102	46	2.1	46	98	1	187	17	24	10	47	1.79
148375--148539	79	2.1	78	80	14	196	26	24	12	36	1.91
148486--148587	48	2.1	46	84	10	125	32	26	4	36	1.78
148389--148643	127	2.0	127	87	1	368	29	25	10	33	1.90
148516--148853	79	4.3	79	82	5	396	28	25	12	34	1.92
153760--153820	9	7.1	9	70	10	56	13	42	0	44	1.43
153747--153817	18	3.6	18	71	20	52	12	42	0	45	1.42
153731--153850	42	2.9	42	88	0	168	10	42	1	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153765--153799	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
159853--159878	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
159833--159896	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
162209--162260	21	2.5	20	75	12	52	40	3	21	34	1.71
162382--162420	13	3.0	13	84	0	51	38	12	15	33	1.85
162410--162485	20	3.5	20	72	19	62	40	15	15	27	1.88
168584--168609	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
168564--168627	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
172784--172809	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
172766--172829	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88

Tables:   1   2   3