genome.fa.s377.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold377
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  247558

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4--878	28	30.8	28	85	4	1087	27	31	18	22	1.97
4--878	145	6.2	141	85	6	1103	27	31	18	22	1.97
1490--1563	20	3.7	20	76	3	51	36	13	10	39	1.80
1490--1567	40	2.0	39	84	2	102	35	12	11	39	1.80
2481--2527	22	2.1	22	100	0	94	17	8	8	65	1.44
2475--2528	22	2.6	20	88	11	90	20	11	9	59	1.59
7404--7433	11	2.8	11	95	5	53	46	0	0	53	1.00
13708--13747	20	2.0	20	95	0	71	47	0	0	52	1.00
13662--13813	79	1.9	80	81	8	184	48	1	2	47	1.27
13768--13838	32	2.3	32	85	11	103	57	0	0	42	0.98
13782--13835	19	3.2	19	70	29	57	57	0	0	42	0.98
13783--13836	17	3.3	17	78	19	69	55	0	0	44	0.99
13768--13848	32	2.6	29	80	14	90	58	0	1	40	1.06
19400--19466	20	3.5	17	79	20	62	59	1	1	37	1.16
19400--19454	18	2.9	18	82	17	67	56	1	1	40	1.21
19662--19717	26	2.1	28	90	6	89	44	0	0	55	0.99
19736--19774	17	2.4	16	87	8	53	43	2	0	53	1.14
21003--21032	1	30.0	1	100	0	60	0	100	0	0	0.00
32270--32325	13	4.8	13	71	24	52	35	17	10	35	1.85
32250--32346	33	2.9	33	93	6	162	32	18	11	37	1.87
32283--32345	20	3.5	20	68	28	68	33	19	12	34	1.89
32376--32431	19	2.8	19	89	5	76	35	16	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32416--32442	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
32397--32461	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
34885--34912	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
41980--42005	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
44515--44553	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
44539--44617	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
46631--46661	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
48465--48509	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
50728--50753	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
53412--53568	77	2.0	77	100	0	314	27	11	11	49	1.73
55493--55518	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
71420--71465	21	2.1	21	84	11	58	41	6	13	39	1.70
71662--71756	19	5.6	19	72	27	106	37	18	12	30	1.88
71681--71770	13	6.0	13	73	26	72	35	17	13	33	1.89
71661--71792	32	4.1	32	97	1	237	36	18	12	31	1.89
72933--72957	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
76442--76466	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
76422--76489	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
80036--80102	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
80056--80080	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80143--80167	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
83476--83518	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87451--87484	17	2.0	17	88	0	50	88	5	5	0	0.64
88483--88567	30	2.8	31	87	3	118	25	28	16	29	1.97
88669--88728	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
88521--89304	34	23.7	33	83	10	794	19	35	12	32	1.89
89042--89101	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
89309--89378	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
88576--89357	373	2.1	371	90	6	1252	20	35	12	31	1.90
89378--90153	49	15.9	49	82	7	913	24	25	17	32	1.97
89378--90152	98	7.9	98	92	3	1142	24	25	17	32	1.97
89816--90086	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
90000--90388	55	6.8	54	70	15	243	24	24	14	36	1.93
90000--90383	67	6.7	55	73	14	273	24	23	14	37	1.93
90000--90394	171	2.3	171	95	1	700	24	24	14	36	1.93
91193--91259	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
91213--91237	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
91300--91324	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
97395--97420	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
97552--97592	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
99886--99910	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99866--99933	33	2.1	32	88	2	100	35	14	14	35	1.87
106235--106281	20	2.3	21	85	10	62	40	12	14	31	1.84
106344--106462	51	2.3	52	82	4	152	30	15	10	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106798--106822	11	2.3	11	100	0	50	52	48	0	0	1.00
110337--110362	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
110476--110538	20	3.3	19	82	8	65	28	11	22	38	1.88
112678--112719	22	2.0	21	86	13	61	40	0	21	38	1.53
114593--114617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
114573--114642	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
114682--114706	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
114715--114839	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
122609--122634	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122589--122652	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
125933--125985	20	2.7	20	90	0	79	37	11	11	39	1.77
140081--140129	9	5.8	9	83	9	50	87	4	2	6	0.72
140079--140128	8	6.1	8	86	13	57	86	6	2	6	0.79
140081--140141	20	2.9	20	78	9	59	85	6	1	6	0.81
141343--141385	14	3.1	14	86	6	61	37	9	16	37	1.81
141349--141421	13	5.5	13	78	6	67	35	13	16	34	1.88
141364--141414	25	2.0	24	85	7	66	37	15	17	29	1.91
141451--141513	28	2.3	27	86	2	90	26	25	20	26	1.99
141684--141823	32	4.4	31	82	7	154	29	29	15	26	1.96
142768--142822	19	2.8	19	76	13	67	32	9	12	45	1.74
142872--143871	507	2.0	508	90	1	1585	29	24	13	32	1.93
147384--147450	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147404--147428	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147491--147515	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
147524--147643	52	2.3	52	95	0	213	34	18	17	30	1.94
154894--154924	12	2.6	12	94	0	53	90	6	3	0	0.55
155868--155892	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
155901--156045	31	4.7	31	84	10	181	25	31	18	24	1.98
155901--156083	62	2.9	62	81	11	198	24	32	16	26	1.96
156023--156492	36	13.3	35	88	7	620	20	34	11	33	1.89
156023--156467	70	6.3	70	90	3	607	20	34	12	33	1.89
156023--156467	106	4.2	105	91	4	645	20	34	12	33	1.89
156481--156572	32	2.8	32	92	7	159	29	35	19	15	1.92
156481--156573	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
156603--157327	49	15.0	49	85	4	988	24	26	17	32	1.97
156603--157384	98	8.0	98	94	3	1264	24	26	17	32	1.97
156603--157705	196	5.4	196	85	9	1267	24	25	16	33	1.96
157048--157318	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
157232--157830	55	10.8	54	71	14	395	24	24	14	36	1.93
157397--157836	49	8.2	49	71	14	261	24	24	14	35	1.93
157232--157618	170	2.3	164	92	4	648	24	24	14	36	1.93
157413--157772	104	3.4	104	77	10	436	24	24	15	35	1.94
157500--157837	60	6.0	61	74	11	210	24	24	14	36	1.93
157449--157820	115	3.3	115	77	10	482	24	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157577--157879	54	5.6	54	74	9	224	26	25	15	33	1.95
157413--157879	218	2.1	218	98	0	891	25	24	15	34	1.94
158636--158702	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
158656--158680	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
158743--158767	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
158776--158895	52	2.3	52	95	0	213	34	18	17	30	1.94
162347--162404	30	1.9	31	89	3	91	22	18	15	43	1.88
162428--162556	31	4.2	31	83	5	145	24	13	11	50	1.74
162440--162556	32	3.8	31	84	6	148	24	13	11	50	1.74
163626--163689	32	2.0	32	87	9	94	45	15	10	28	1.80

Tables:   1   2