genome.fa.s378.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold378
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  305097

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 305 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1332--1392	27	2.3	27	81	13	74	37	0	0	62	0.96
2431--2471	21	1.9	22	85	5	57	34	4	2	58	1.32
4733--4787	19	2.8	20	82	15	55	58	1	1	38	1.20
5179--5245	30	2.2	31	84	10	84	67	5	0	26	1.14
12592--12625	1	34.0	1	87	0	50	0	2	94	2	0.38
14174--14217	22	2.0	23	81	4	54	52	9	9	29	1.64
14425--14458	16	2.1	16	89	10	52	61	2	2	32	1.26
15286--15328	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
17385--17410	13	2.0	13	100	0	52	30	46	23	0	1.53
17757--17795	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
18194--18228	17	2.1	17	94	0	61	42	31	0	25	1.55
18812--18837	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25328--25360	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
25700--25747	11	4.4	11	78	5	53	39	0	2	58	1.10
25694--25777	40	2.1	39	82	6	98	45	0	1	53	1.08
25716--25795	29	2.7	30	80	7	83	52	0	0	47	1.00
26179--26226	19	2.7	18	81	12	64	47	2	0	50	1.12
26401--26506	54	1.9	54	86	1	149	38	0	3	56	1.24
26450--26541	42	2.1	44	90	6	152	43	0	2	54	1.12
26341--26557	102	2.1	103	76	18	229	40	1	4	53	1.31
26775--26850	35	2.2	35	90	0	116	44	1	5	48	1.33
27044--27181	65	2.1	63	79	9	145	55	1	2	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27175--27436	131	2.0	131	88	4	386	54	0	2	41	1.18
27677--27827	39	3.9	39	77	6	137	43	4	10	41	1.60
28154--28489	171	1.9	171	85	4	460	41	6	14	37	1.71
28154--28489	87	3.9	87	82	5	403	41	6	14	37	1.71
28423--28556	68	2.0	67	88	4	198	42	8	14	35	1.75
28349--28643	153	1.9	153	85	4	409	41	7	14	36	1.74
28664--28708	22	2.0	22	91	0	72	35	13	22	28	1.92
31946--32330	115	3.4	113	84	7	448	42	2	2	52	1.28
32314--32363	27	2.0	25	84	11	66	48	2	0	50	1.12
31964--32381	115	3.8	107	78	13	278	43	2	1	52	1.24
33511--33644	18	7.2	20	67	27	73	44	0	0	55	1.05
33509--33644	35	3.8	34	76	16	107	44	0	0	55	1.05
33509--33645	8	16.4	8	69	23	63	44	0	0	54	1.05
33844--33930	29	3.0	29	84	1	120	34	1	3	60	1.21
33948--34008	30	2.0	30	96	0	113	55	0	6	37	1.26
34787--34838	28	1.9	26	85	14	70	42	0	0	57	0.98
35889--35950	22	2.8	21	72	13	54	41	4	3	50	1.40
37677--37704	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
37679--37711	14	2.4	14	90	5	50	45	0	0	54	0.99
49138--49193	28	2.0	28	82	6	69	66	0	0	33	0.92
49135--49193	22	2.7	22	77	10	68	64	0	0	35	0.94
49145--49178	6	5.8	6	93	6	61	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49215--49278	14	4.3	16	75	18	59	59	0	0	40	0.97
49518--49571	19	2.7	21	76	23	62	31	0	0	68	0.90
49518--49577	20	3.1	19	76	11	59	31	0	0	68	0.90
49555--49989	218	2.0	217	90	3	687	43	6	9	40	1.63
50255--50305	24	2.2	23	82	3	57	41	3	7	47	1.51
51029--51100	21	3.4	21	66	19	51	43	5	0	51	1.25
54532--54579	19	2.7	18	81	15	55	54	2	8	35	1.42
55686--55737	20	2.5	21	79	14	72	53	0	0	46	1.00
56175--56213	15	2.4	17	87	8	55	33	0	0	66	0.92
56180--56239	15	4.1	14	78	20	61	35	0	0	65	0.93
56189--56236	17	2.9	17	84	6	55	37	0	0	62	0.95
56392--56452	31	2.0	31	83	0	77	50	1	0	47	1.10
58879--58923	15	3.4	14	82	14	51	48	2	4	44	1.35
60878--60902	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
61751--61805	18	3.1	18	87	10	62	65	0	0	34	0.93
61753--61817	8	7.3	9	74	22	57	61	1	0	36	1.05
61747--61817	27	2.7	26	79	16	76	61	1	0	36	1.05
62899--62928	3	9.7	3	92	7	51	63	0	0	36	0.95
63931--63959	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
64428--64477	20	2.5	20	83	0	73	58	12	2	28	1.45
65268--65313	22	2.0	23	87	4	67	52	4	0	43	1.21
65836--65887	13	4.0	13	78	7	52	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65815--65883	27	2.5	27	81	6	77	50	0	1	47	1.09
66163--66188	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67913--67989	23	3.5	23	70	13	81	49	0	10	40	1.37
67910--67994	42	2.0	42	95	0	152	48	0	11	40	1.40
68014--68046	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
68231--68290	32	1.9	32	86	3	86	43	1	5	50	1.34
68335--68369	13	2.7	13	86	0	52	57	0	5	37	1.23
68511--68542	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
69574--69611	10	3.7	10	86	13	51	55	0	0	44	0.99
69740--69797	29	2.0	29	96	0	107	60	0	15	24	1.35
71051--71186	44	3.2	44	66	14	124	36	5	8	50	1.56
71027--71197	82	2.1	83	88	1	254	38	5	7	49	1.52
71512--71724	106	2.0	106	96	0	390	28	18	21	31	1.97
71954--72000	12	3.9	13	76	23	50	53	0	0	46	1.00
71972--72028	30	1.9	29	86	10	80	56	0	0	43	0.99
72500--72541	17	2.5	17	88	0	57	59	2	0	38	1.10
72557--72610	11	5.1	11	72	17	51	46	0	0	53	1.00
72547--72610	21	3.0	21	72	6	58	45	0	0	54	0.99
75046--75075	15	2.1	14	93	6	51	46	0	0	53	1.00
86603--86629	11	2.5	11	100	0	54	0	37	18	44	1.50
87253--87286	9	3.7	9	96	4	59	26	0	0	73	0.83
87253--87287	10	3.6	10	92	7	63	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87281--87312	12	2.6	12	95	5	55	0	9	0	90	0.45
92256--92607	159	2.2	159	91	0	551	44	9	9	36	1.70
93502--93558	18	3.1	18	81	18	73	1	14	29	54	1.50
93676--93734	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
100749--100774	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
100826--100888	19	3.7	18	76	24	73	34	17	14	33	1.90
100845--100869	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
100826--100888	32	2.0	32	96	0	117	34	17	14	33	1.90
100826--100910	19	4.7	18	73	25	72	32	16	15	35	1.90
101671--102678	87	10.9	99	81	10	521	29	18	26	25	1.98
101864--101941	39	2.0	39	94	0	138	25	21	24	28	1.99
101904--102090	52	3.7	52	83	5	256	32	17	26	24	1.96
101956--102586	140	4.7	136	75	13	559	29	18	26	26	1.98
102057--102133	39	2.0	39	89	0	118	24	22	25	27	2.00
101714--102229	192	2.7	187	84	4	626	30	18	26	24	1.98
102003--102170	91	1.8	91	84	2	230	29	18	26	25	1.98
102094--102660	39	12.5	49	73	15	242	28	19	26	26	1.99
102195--102615	39	9.7	39	70	18	257	27	19	26	26	1.99
102147--102675	87	6.0	87	90	2	770	28	19	26	26	1.99
102675--102836	34	4.9	34	72	13	133	35	13	32	19	1.90
102714--102888	62	2.9	60	83	5	208	31	13	33	21	1.92
102864--103110	95	2.6	92	84	8	300	31	14	29	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102863--103121	32	8.3	30	79	11	261	33	14	28	23	1.94
102863--103110	63	3.9	63	86	6	301	32	14	29	23	1.95
104319--104375	25	2.2	25	84	9	71	1	0	14	84	0.71
104332--104375	9	4.8	9	88	5	61	0	0	11	88	0.51
104317--104367	16	3.3	15	86	8	66	1	0	11	86	0.66
104331--104374	16	2.9	15	83	12	54	0	0	11	88	0.51
110069--110103	12	2.9	12	91	0	61	42	14	22	20	1.88
110097--110221	57	2.2	57	89	0	187	43	19	17	20	1.89
110298--110363	19	3.8	17	81	16	66	18	3	0	78	0.87
110300--110362	13	4.8	12	80	16	72	17	3	0	79	0.86

Tables:   1   2   3