genome.fa.s378.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold378
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  305097

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 305 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110300--110362	27	2.4	25	85	15	83	17	3	0	79	0.86
110298--110351	9	5.9	9	76	10	56	16	3	0	79	0.87
110834--110887	15	3.8	15	76	16	53	1	20	0	77	0.86
110838--110879	10	3.7	11	79	14	50	2	21	0	76	0.90
110834--110887	24	2.3	24	81	9	67	1	20	0	77	0.86
111628--111874	122	2.1	120	82	10	294	53	10	13	22	1.69
113223--114020	84	9.5	84	82	5	772	36	15	27	20	1.93
114063--114182	42	2.9	42	79	8	138	35	19	28	17	1.94
114183--114268	42	2.0	42	88	0	127	38	18	26	16	1.92
114401--114539	42	3.3	41	79	6	152	38	17	26	16	1.91
114401--114593	84	2.3	85	82	0	217	36	17	27	17	1.93
114552--114678	43	3.0	43	77	2	121	37	16	25	19	1.93
114905--115204	48	6.2	48	78	6	284	41	20	20	18	1.91
114905--115204	97	3.1	97	78	6	288	41	20	20	18	1.91
114919--115202	145	2.0	145	80	5	324	41	19	21	17	1.91
115266--115305	21	1.9	21	89	0	62	37	20	22	20	1.94
115287--115387	35	3.0	35	76	9	95	35	14	29	19	1.92
123392--123981	166	3.6	161	82	8	653	53	7	12	27	1.65
123420--124021	325	1.9	320	85	3	841	53	7	11	27	1.65
123420--124021	159	3.7	158	82	6	633	53	7	11	27	1.65
124519--124560	20	2.1	20	86	8	59	52	2	0	45	1.13
125305--125335	9	3.4	9	90	0	53	67	12	0	19	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127433--127528	10	9.3	10	67	21	56	36	0	0	63	0.95
127432--127529	18	5.4	18	71	19	78	35	0	0	64	0.94
127457--127542	28	3.0	28	76	15	88	36	0	0	63	0.94
127472--127534	23	3.0	21	84	11	67	36	0	0	63	0.95
127443--127542	18	5.5	18	76	14	64	36	0	0	64	0.94
127502--127561	28	2.1	28	81	0	66	31	1	1	65	1.13
131133--131172	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
132947--132989	16	2.6	17	75	10	54	44	0	0	55	0.99
134036--134076	19	2.2	19	91	4	66	63	0	0	36	0.95
134044--134122	12	6.8	12	72	14	60	55	1	2	40	1.21
135133--135161	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
136519--136577	29	2.0	29	100	0	118	23	25	6	44	1.78
137337--137414	16	4.8	16	77	4	68	33	2	6	57	1.38
137402--137451	16	3.1	16	73	0	55	30	2	14	54	1.51
137395--137477	32	2.6	32	78	1	94	31	2	9	56	1.44
138334--138360	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
139618--139648	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
143811--143844	16	2.1	16	94	0	59	38	0	0	61	0.96
143811--143855	16	2.8	15	83	12	54	37	0	0	62	0.96
144831--144870	19	2.1	19	85	0	53	42	0	0	57	0.98
144907--144943	15	2.3	17	86	9	51	48	0	0	51	1.00
146064--146121	24	2.3	26	88	5	84	32	24	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146111--146176	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
150659--150716	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
150706--150771	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
150757--150802	24	1.9	24	91	8	76	23	8	21	45	1.80
155671--155719	2	24.5	2	95	0	80	51	4	0	44	1.20
167370--167408	18	2.2	18	86	4	62	51	2	0	46	1.14
169224--169293	10	7.3	10	71	19	51	31	1	0	67	1.00
169233--169294	22	2.9	22	83	7	65	30	3	0	66	1.08
170934--170975	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
172292--172325	17	2.1	16	88	5	50	44	2	0	52	1.16
173616--173689	9	8.6	9	71	17	50	44	1	0	54	1.08
173639--173689	19	2.8	18	82	11	68	41	0	0	58	0.98
173617--173695	42	1.9	41	89	7	124	43	1	0	55	1.07
173634--173695	17	3.4	18	76	14	65	41	0	0	58	0.98
174910--174948	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
175299--175340	19	2.2	20	87	12	61	47	4	2	45	1.36
176205--176234	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
176577--176624	24	2.0	24	87	0	69	60	8	4	27	1.44
176610--176647	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
177028--177061	2	17.5	2	87	6	52	47	2	0	50	1.16
180045--180078	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
182067--182123	27	2.1	27	87	6	80	35	1	1	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182687--182715	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
182993--183031	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
183141--183192	19	2.7	19	75	19	54	32	1	0	65	1.04
183136--183183	19	2.4	21	70	22	50	33	2	0	64	1.05
183669--183703	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
183704--183738	3	11.7	3	93	0	61	28	0	0	71	0.86
184688--184738	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
185837--185880	20	2.2	20	80	4	54	59	2	2	36	1.23
186680--187075	196	2.0	195	96	1	731	38	6	9	45	1.62
187735--187777	17	2.7	15	83	13	59	51	0	0	48	1.00
189349--189394	19	2.4	18	82	10	56	60	0	2	36	1.09
193468--193510	22	2.0	21	86	4	59	34	0	0	65	0.93
194033--194141	2	54.5	2	73	17	75	48	6	1	43	1.39
194044--194135	32	2.8	32	80	3	112	48	7	2	41	1.43
195674--195716	4	10.2	4	81	18	52	69	2	27	0	1.00
195798--195860	31	2.0	33	84	6	85	39	1	6	52	1.37
195879--195920	14	3.2	13	80	13	50	28	2	0	69	1.01
196309--196333	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
196892--196932	21	1.9	22	90	5	66	39	2	0	58	1.11
199287--199339	10	5.4	10	77	18	58	28	1	1	67	1.11
199287--199339	21	2.7	19	77	22	56	28	1	1	67	1.11
199711--199740	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200050--200075	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
200194--200227	17	2.1	16	88	5	50	47	0	0	52	1.00
201414--201451	20	1.9	20	88	0	58	71	2	0	26	1.00
205857--205898	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
205924--205958	7	5.0	7	96	0	61	54	0	0	45	0.99
209063--209104	20	2.0	21	86	4	59	35	0	16	47	1.47
209256--209318	31	2.0	32	87	9	94	38	0	0	61	0.96
209870--209901	12	2.4	14	90	10	50	53	0	0	46	1.00
210826--210861	12	2.9	12	88	8	54	75	0	25	0	0.81
210829--210862	13	2.6	13	95	0	59	79	0	20	0	0.73
214370--214410	7	6.3	7	78	16	52	0	21	0	78	0.76
214377--214410	12	2.8	12	90	4	50	0	20	0	79	0.73
214376--214410	13	2.8	12	91	8	61	0	20	0	80	0.72
214767--214826	16	3.8	16	80	12	70	40	1	0	58	1.08
215386--215472	26	3.8	23	77	18	76	49	0	1	49	1.08
215401--215446	22	2.1	22	91	0	74	52	0	2	45	1.13
215388--215458	17	4.3	18	74	15	57	50	0	1	47	1.09
215419--215458	18	2.2	19	86	8	57	50	0	0	50	1.00
215405--215470	22	3.1	21	82	6	62	51	0	1	46	1.10
215414--215470	22	2.6	22	83	8	64	49	0	0	50	1.00
215773--215811	20	2.0	20	89	0	60	53	7	7	30	1.57
217782--217806	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219268--219346	27	2.9	28	78	17	85	31	1	2	64	1.15
219299--219335	17	2.2	16	90	4	56	32	0	0	67	0.91
220177--220218	13	3.3	13	80	6	50	42	0	0	57	0.99
220656--220698	18	2.2	20	88	8	63	48	0	0	51	1.00
220913--221095	5	36.8	5	68	17	71	42	1	0	56	1.09
220935--220992	22	2.7	22	83	2	73	39	0	0	60	0.97
220909--220981	6	12.8	6	77	18	68	38	0	0	61	0.96
220909--221132	68	3.4	64	72	20	151	41	1	0	56	1.09
221039--221075	9	4.3	9	80	13	51	32	0	0	67	0.91
221057--221144	15	6.0	15	70	20	53	37	1	0	61	1.04

Tables:   1   2   3