genome.fa.s379.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold379
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  429249

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 277 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6563--6617	20	2.8	20	83	5	67	40	10	14	34	1.81
6641--6695	19	2.8	19	79	15	67	32	16	12	38	1.86
7799--7839	20	2.0	21	90	4	66	41	9	17	31	1.82
7799--7981	50	3.7	50	86	2	244	44	12	15	27	1.82
11342--11403	13	5.2	13	71	25	55	38	12	14	33	1.84
11347--11424	34	2.3	34	95	0	147	35	11	16	35	1.85
13920--14000	29	2.8	28	75	7	72	37	20	17	24	1.94
18436--18612	92	1.9	92	86	2	248	26	28	19	25	1.99
19731--19822	28	3.3	27	75	17	98	40	4	16	39	1.68
22453--22491	18	2.2	18	90	4	62	30	0	2	66	1.05
22598--22645	20	2.3	21	96	3	89	35	12	4	47	1.60
35609--35662	22	2.5	22	84	6	56	51	5	5	37	1.49
36550--36662	16	7.2	14	69	24	59	54	0	1	42	1.16
36574--36632	18	3.2	18	86	13	77	52	0	1	45	1.10
36798--36881	32	2.6	32	87	10	111	41	19	20	19	1.90
36798--36865	16	4.2	16	80	0	73	41	17	22	19	1.91
36915--36945	16	1.9	16	93	0	53	61	16	0	22	1.34
40169--40239	27	2.6	28	82	12	78	47	4	0	47	1.21
41389--41437	15	3.5	15	67	16	50	40	12	12	34	1.80
41380--41452	27	2.7	27	93	0	128	43	12	12	31	1.79
46100--46168	14	5.1	14	73	19	74	40	11	11	36	1.78
46095--46164	13	5.3	12	75	18	59	44	10	11	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46095--46168	27	2.7	27	97	0	139	43	10	12	33	1.77
51273--51324	15	3.4	15	73	10	52	50	1	0	48	1.12
51931--51970	21	1.9	21	89	0	62	35	15	10	40	1.80
53701--53729	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
56368--56401	8	4.0	8	85	14	50	52	0	0	47	1.00
56506--57896	203	6.9	203	95	0	2412	39	11	11	37	1.77
58099--58170	27	2.7	25	73	14	63	65	2	4	27	1.25
61738--61779	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
67434--67668	116	2.0	117	85	4	314	40	10	7	42	1.67
67928--67977	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
69361--69390	14	2.1	14	93	0	51	40	0	0	60	0.97
69340--69386	23	2.0	22	84	15	60	34	0	0	65	0.93
70317--70387	18	3.9	18	70	3	61	66	8	2	22	1.32
70527--70561	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
72426--72491	35	1.9	35	84	6	91	43	3	7	45	1.47
74835--75151	160	2.0	161	82	0	393	38	11	14	35	1.83
82019--82043	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
82727--82763	12	3.0	12	92	7	65	24	0	0	75	0.80
82727--82765	13	3.1	13	82	17	55	25	0	0	74	0.82
83541--83568	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
83676--83732	28	2.0	28	96	0	105	36	0	10	52	1.36
83765--83804	18	2.2	19	86	4	55	52	2	0	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83975--84027	25	2.2	24	83	9	65	35	1	5	56	1.34
91185--91255	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
93139--93184	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
95745--95825	28	2.9	27	77	12	83	48	22	6	23	1.73
96192--96253	26	2.5	25	87	12	92	61	4	6	27	1.41
97288--97326	17	2.3	17	86	8	53	66	0	2	30	1.05
97345--97419	22	3.6	21	74	12	64	49	1	1	48	1.18
98071--98115	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
98251--98277	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
99782--99819	19	2.0	19	94	0	67	26	13	15	44	1.83
99851--99922	35	2.1	35	94	0	126	27	16	9	45	1.79
103071--103095	11	2.3	11	100	0	50	12	8	0	80	0.92
104584--104610	13	2.1	13	100	0	54	62	0	7	29	1.22
108635--108690	24	2.3	24	84	9	69	37	3	23	35	1.72
109885--109961	28	2.7	29	84	4	86	23	18	33	24	1.96
109947--110120	52	3.3	51	78	7	179	34	11	24	29	1.90
112463--112517	20	2.7	21	83	10	71	41	14	14	29	1.85
112536--112603	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
112558--112582	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112539--112601	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
113225--113267	19	2.3	18	80	11	50	60	0	6	32	1.23
113808--113859	23	2.3	21	83	9	59	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113827--113906	16	5.4	16	70	15	66	43	0	0	56	0.99
113864--113911	14	3.4	13	76	18	51	50	0	0	50	1.00
115874--115931	17	3.2	18	80	7	64	63	0	0	36	0.94
122613--122638	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
125184--125209	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
127280--127310	15	2.1	15	93	0	53	12	19	19	48	1.81
129114--129158	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
131386--131411	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133401--133449	25	2.0	25	85	14	68	44	4	0	51	1.20
133644--133696	27	1.9	28	88	11	83	30	0	3	66	1.10
134902--134942	22	1.9	22	85	5	57	34	0	0	65	0.93
135310--135373	9	7.0	9	73	16	51	34	0	1	64	1.03
135327--135376	14	3.5	15	75	8	50	34	0	2	64	1.05
135352--135391	20	2.0	20	85	0	53	37	0	0	62	0.95
135338--135392	25	2.2	24	78	18	60	34	0	0	65	0.93
135548--135591	16	2.8	16	82	6	54	61	0	0	38	0.96
137149--137187	3	13.0	3	88	0	60	2	2	30	64	1.21
137893--138109	34	6.4	33	81	8	249	41	25	7	25	1.82
137893--138109	68	3.2	67	84	3	283	41	25	7	25	1.82
137893--138109	102	2.1	101	92	0	353	41	25	7	25	1.82
142175--142237	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
142540--142758	34	6.5	33	78	9	235	40	25	7	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142542--142758	68	3.2	68	84	1	276	40	24	7	26	1.82
142540--142758	102	2.2	101	87	1	330	40	25	7	26	1.82
143207--143250	21	2.1	20	84	16	54	34	2	2	61	1.21
143263--143323	27	2.3	26	81	13	63	40	1	0	57	1.08
144112--144156	20	2.4	19	82	17	58	51	0	0	48	1.00
148317--148349	8	4.2	8	92	3	50	6	0	90	3	0.52
148316--148344	14	2.0	15	93	6	51	3	0	89	6	0.57
155078--155125	24	2.0	24	100	0	96	29	16	16	37	1.91
156522--156547	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
161715--161797	13	5.5	13	72	27	67	33	13	18	34	1.89
161696--161797	32	3.2	32	94	1	170	35	11	17	35	1.87
161842--161866	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
161875--162004	52	2.5	52	91	1	215	34	17	17	30	1.94
173609--173703	1	95.0	1	78	0	82	87	5	7	0	0.67
173607--173702	30	3.0	30	81	16	129	85	5	9	0	0.74
173608--173703	36	2.7	35	93	6	167	86	5	8	0	0.70
178467--178533	20	3.3	20	77	8	73	35	14	23	25	1.94
184139--184185	17	2.8	16	87	12	67	74	0	23	2	0.93
184263--184303	11	3.7	11	87	9	57	39	0	0	60	0.96
184816--184862	17	2.8	17	78	12	51	31	4	4	59	1.36
184956--185004	20	2.4	21	72	3	55	34	2	2	61	1.19
189167--189217	2	26.0	2	88	11	79	49	1	0	49	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189396--189452	26	2.2	26	90	0	87	36	10	5	47	1.61
190584--190625	16	2.7	16	81	3	50	40	0	0	59	0.97
197562--197594	16	2.0	17	88	5	50	48	9	9	33	1.66
199434--199464	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
199436--199461	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
199434--199463	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
200182--200249	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
200203--200227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
200184--200246	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
200289--200314	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3