genome.fa.s379.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold379
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  429249

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 277 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200269--200335	33	2.0	33	85	0	89	25	16	16	41	1.88
202789--202861	27	2.6	28	86	2	94	21	34	23	20	1.97
202675--203017	51	6.5	53	70	13	208	29	27	12	30	1.93
202948--203203	79	3.2	79	80	2	237	26	29	15	29	1.96
204296--204347	20	2.5	21	75	9	54	40	11	13	34	1.81
204385--204514	20	6.6	20	74	8	88	28	12	13	46	1.79
205666--205717	20	2.5	21	75	9	54	40	11	13	34	1.81
205755--205884	20	6.6	20	74	8	88	28	12	13	46	1.79
207067--207118	20	2.5	21	75	9	54	40	11	13	34	1.81
207156--207193	20	1.9	20	94	0	67	26	10	10	52	1.68
207208--207279	20	3.6	20	88	3	101	33	11	9	45	1.72
211369--211544	90	2.0	90	96	0	325	35	18	15	31	1.92
214529--214598	13	4.9	13	80	19	86	35	14	17	32	1.90
214507--214617	13	6.8	18	75	24	81	34	12	17	36	1.87
214509--214598	45	2.0	46	97	2	173	35	13	17	33	1.89
214542--214622	32	2.5	32	97	0	153	34	12	17	35	1.87
214660--214684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
214695--214873	52	3.4	52	97	0	331	35	18	18	27	1.94
219713--219737	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
219728--219778	20	2.6	20	87	3	68	33	15	15	35	1.90
219722--219778	19	3.0	20	79	7	73	35	15	15	33	1.90
219808--219870	33	1.9	32	87	12	92	31	12	19	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221800--222017	79	2.8	77	81	5	222	35	13	22	28	1.92
221951--222066	51	2.3	50	82	4	133	31	12	26	28	1.93
222054--222122	28	2.5	28	88	6	97	28	14	27	28	1.95
222109--222224	51	2.3	51	83	4	162	32	10	25	31	1.89
221943--222235	157	1.9	158	81	3	367	34	10	24	30	1.89
222245--222349	51	2.1	51	90	0	165	35	9	25	29	1.88
222079--222349	130	2.1	130	88	2	393	33	9	26	30	1.88
231428--231473	16	2.9	16	100	0	92	13	23	39	23	1.90
231428--231480	16	3.5	14	90	10	54	15	22	39	22	1.91
231855--232069	86	2.5	86	87	3	313	10	22	12	54	1.68
232247--232439	14	14.9	14	70	20	93	43	8	22	25	1.81
232266--232336	25	2.8	25	77	8	90	43	7	21	28	1.78
232204--232415	114	1.8	115	95	2	390	41	8	22	27	1.82
232208--232439	114	2.0	113	89	4	347	43	8	21	26	1.81
232530--232573	21	2.2	20	84	12	54	22	0	2	75	0.92
232938--234006	42	25.4	42	80	4	1005	37	18	30	13	1.90
249037--249062	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
250881--251019	43	3.2	44	70	12	142	7	21	12	57	1.61
250886--251063	86	2.1	87	94	1	313	8	21	13	56	1.63
250916--251050	43	3.1	42	70	12	130	8	20	14	55	1.66
251223--251293	29	2.4	30	88	9	101	40	9	21	28	1.85
251205--251420	100	2.1	103	86	6	296	41	8	21	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251205--251371	50	3.3	50	73	14	171	41	8	20	29	1.82
251357--251390	14	2.3	15	90	5	52	50	11	20	17	1.77
255644--255706	19	3.6	19	72	24	75	34	19	14	31	1.91
255631--255706	32	2.4	32	97	0	143	34	18	15	31	1.92
256399--257162	101	7.7	101	85	5	956	32	17	26	24	1.97
257169--257227	31	2.0	27	87	12	82	20	18	27	33	1.96
257179--257274	30	3.3	29	81	7	115	18	16	30	34	1.93
257247--257702	33	14.4	32	78	12	360	34	14	32	19	1.91
257350--257550	27	6.9	27	75	14	186	31	14	32	20	1.93
257315--257468	61	2.5	61	91	1	247	34	14	32	18	1.91
257363--257626	88	2.9	88	85	6	307	33	12	32	21	1.91
257436--257571	61	2.2	62	92	1	220	35	14	30	19	1.92
257626--257821	31	6.3	31	82	4	216	34	15	30	19	1.93
266057--266082	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266134--266194	19	3.5	19	70	25	71	34	16	14	34	1.89
266127--266194	32	2.1	32	94	0	118	35	16	14	33	1.89
266388--266415	12	2.3	12	100	0	56	21	42	10	25	1.85
266484--266522	20	1.9	21	94	5	71	35	12	20	30	1.90
266551--266589	13	3.0	13	96	0	69	28	15	17	38	1.91
268483--268527	22	2.0	23	86	4	65	31	4	20	44	1.71
269114--269185	19	3.7	19	88	3	117	29	15	18	37	1.91
269110--269185	39	2.0	38	97	2	143	31	15	17	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269217--269279	31	2.0	30	88	11	92	31	15	15	36	1.90
278561--278613	20	2.7	20	84	0	70	39	11	13	35	1.80
285080--285117	18	2.1	18	95	0	67	68	13	7	10	1.39
285964--286101	20	6.8	20	80	11	133	38	10	18	32	1.85
285967--286101	61	2.2	60	84	8	177	37	11	17	33	1.85
291116--291183	32	2.1	33	86	8	95	73	0	22	4	1.01
291123--291179	14	3.8	14	72	22	53	71	0	24	3	1.01
292409--292434	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
294882--294915	17	1.9	17	88	5	50	35	29	14	20	1.93
295568--295684	34	3.4	34	87	4	164	37	31	4	26	1.76
300334--300414	34	2.3	35	89	4	128	39	34	1	24	1.64
300380--300459	22	3.6	23	84	5	110	36	31	3	28	1.75
302434--302464	8	3.8	8	91	8	53	87	0	0	12	0.55
306883--306934	20	2.5	20	81	3	59	38	13	13	34	1.84
307028--307075	20	2.4	20	92	0	78	37	8	4	50	1.52
309454--309650	97	2.0	97	82	1	234	26	19	12	40	1.88
310685--310759	31	2.4	31	88	0	105	25	14	16	44	1.85
313441--313490	20	2.6	19	80	3	55	34	14	16	36	1.88
313519--313572	20	2.7	19	83	11	65	31	14	16	37	1.89
322842--322899	20	2.9	20	86	0	89	43	12	12	32	1.79
324297--324384	44	2.0	44	95	0	158	40	22	23	12	1.88
325632--325659	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330069--330119	20	2.5	20	93	0	84	45	9	11	33	1.74
330134--330231	20	4.8	20	78	10	94	36	12	19	31	1.89
332816--332858	20	2.2	20	100	0	86	30	20	13	34	1.92
334239--334484	97	2.5	99	76	6	252	30	24	10	35	1.88
336732--336801	33	2.1	34	89	2	106	74	0	21	4	0.99
336732--336797	16	4.1	15	72	16	53	74	0	22	3	0.96
336739--336797	15	3.7	15	73	20	57	72	0	23	3	0.99
338588--338618	16	1.9	16	100	0	62	38	9	12	38	1.77
341035--341152	34	3.4	34	87	2	155	37	34	3	24	1.72
341120--341175	22	2.5	22	91	0	85	37	33	3	25	1.73
345822--345905	34	2.4	34	92	2	132	36	34	3	25	1.73
345871--345950	22	3.6	23	84	5	110	36	31	3	28	1.75
347126--347380	141	1.8	141	90	0	411	34	20	16	28	1.94
352589--352640	20	2.6	20	96	0	95	34	5	9	50	1.59
355019--355215	97	2.0	97	82	1	234	27	19	12	41	1.87
356722--356897	90	2.0	90	96	0	325	35	18	14	31	1.91
361342--361414	20	3.7	19	80	7	67	30	13	16	39	1.87
361444--361508	33	2.0	32	88	11	96	32	15	18	33	1.92
361464--361488	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
367277--367365	20	4.8	19	70	20	73	28	15	14	41	1.87
367295--367325	13	2.4	13	94	0	53	29	12	16	41	1.85
367277--367340	33	1.9	33	96	0	119	26	15	15	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
368187--368216	12	2.5	12	100	0	60	10	16	16	56	1.66
369657--369978	51	6.3	50	71	8	236	27	24	12	35	1.92
369657--369938	103	2.8	101	93	1	456	26	24	13	35	1.92
369963--370036	28	2.7	27	87	8	96	21	32	21	24	1.98
369963--370163	110	1.8	109	86	1	294	25	27	17	29	1.97
370072--370146	28	2.6	28	75	12	73	21	32	22	24	1.98
370130--370248	51	2.3	50	84	4	157	31	26	10	30	1.91
370310--370458	80	1.9	80	81	5	185	25	23	16	34	1.95
370102--370506	132	3.1	131	85	4	498	26	24	14	33	1.94
372573--372597	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80

Tables:   1   2   3