genome.fa.s388.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold388
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  417701

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 295 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173529--173554	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
173960--174186	65	3.5	65	75	4	215	46	14	22	16	1.83
177442--177499	21	2.8	20	76	10	53	60	1	17	20	1.45
181613--181678	35	1.9	34	90	3	105	33	15	21	30	1.94
186836--187131	153	1.9	153	100	0	592	41	6	9	41	1.64
195770--195823	22	2.3	24	84	6	67	51	0	1	46	1.11
201552--201588	6	6.3	6	87	12	51	54	0	0	45	1.00
202674--202703	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
203232--203275	20	2.2	20	100	0	88	50	15	9	25	1.74
207165--207200	13	2.9	13	92	8	58	61	16	8	13	1.56
209017--209067	25	2.0	25	100	0	102	43	3	19	33	1.70
210068--210157	13	6.0	13	73	26	72	28	17	15	37	1.91
210081--210175	19	5.6	19	72	27	106	28	18	15	36	1.92
210068--210175	32	3.4	32	100	0	216	28	18	15	37	1.92
212546--212592	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
214778--214808	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
218870--218895	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
221605--221676	32	2.2	32	78	4	74	6	12	34	45	1.69
221621--221718	16	6.1	16	74	9	74	11	16	28	43	1.82
221672--221740	32	2.2	32	84	5	86	11	13	31	43	1.79
221856--221889	18	1.9	17	88	5	50	38	0	2	58	1.13
221915--221960	18	2.5	18	75	25	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223119--223159	16	2.6	16	92	0	64	4	19	34	41	1.73
223119--223217	16	6.2	16	73	6	51	9	20	30	40	1.83
230521--230583	32	1.9	32	87	3	90	33	17	11	38	1.85
230548--230605	19	3.1	18	85	11	80	36	15	15	32	1.89
230549--230604	20	2.8	20	89	7	80	33	16	16	33	1.91
230631--230732	33	3.1	33	84	7	127	35	11	13	39	1.82
230981--231080	33	3.0	33	85	5	141	35	13	14	38	1.84
237470--237553	33	2.6	33	94	1	143	38	10	23	27	1.88
242195--242235	20	2.0	22	85	9	59	31	14	4	48	1.65
244320--244346	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
244330--244387	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
244301--244365	32	2.0	33	87	3	96	29	15	15	40	1.88
244331--244386	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
244416--244453	20	1.9	20	88	0	58	34	10	15	39	1.82
249001--249027	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
249011--249147	20	6.9	19	68	16	73	32	17	17	32	1.93
249096--249147	18	2.7	20	85	14	74	34	13	19	32	1.90
250122--250317	97	2.0	97	100	0	392	35	14	25	24	1.93
254949--254990	21	2.0	21	95	0	75	40	16	9	33	1.81
255091--255116	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
255072--255137	34	2.0	33	90	3	105	25	16	13	43	1.85
257482--257864	51	7.3	52	71	10	219	29	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257586--257662	28	2.8	28	81	0	82	22	35	22	20	1.96
257481--257972	262	1.9	261	92	1	824	28	26	13	31	1.94
259696--259724	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
261432--261575	66	2.2	66	97	2	274	36	6	13	42	1.72
262220--262276	19	2.9	19	84	2	78	31	17	17	33	1.93
262326--262351	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
262305--262373	34	2.1	33	89	8	104	33	14	20	31	1.92
264454--264480	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
268194--268218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
268174--268241	33	2.1	33	91	2	111	38	16	14	30	1.89
270240--270283	19	2.3	19	80	7	54	65	9	6	18	1.42
274404--274442	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
274567--274615	21	2.4	21	80	19	59	30	18	4	46	1.67
274569--274611	20	2.2	19	84	16	52	27	18	4	48	1.68
274888--274930	20	2.1	20	82	4	50	16	41	30	11	1.83
276821--276846	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
276803--276866	32	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
282966--283040	20	3.5	20	73	16	69	29	16	13	41	1.86
283027--283065	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
285623--285648	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
285605--285668	32	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
287365--287390	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287345--287409	33	2.0	33	84	6	87	29	13	15	41	1.86
289948--289986	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
293669--293694	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
293649--293713	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
294443--294510	33	2.1	33	83	8	86	42	14	11	30	1.82
297304--297355	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
299678--299715	18	2.1	18	100	0	76	26	10	23	39	1.87
303513--303538	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
306075--306138	32	2.0	33	87	3	94	40	18	12	28	1.87
307758--307848	36	2.7	34	77	14	100	30	24	13	31	1.93
308316--308440	32	3.8	32	82	4	135	41	9	21	27	1.84
308448--308472	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
309248--309285	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
312373--312424	20	2.7	19	88	5	77	32	15	15	36	1.89
312473--312497	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
318612--318644	10	3.4	10	87	4	50	87	0	9	3	0.63
318756--318795	19	2.1	19	85	4	53	77	0	17	5	0.94
323334--323381	22	2.2	21	78	10	51	22	4	10	62	1.44
337526--337565	1	40.0	1	84	0	53	92	7	0	0	0.38
337526--337565	16	2.5	16	91	0	71	92	7	0	0	0.38
337524--337565	21	2.0	20	90	9	66	90	9	0	0	0.45
338946--339241	30	9.7	30	75	10	169	27	28	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338942--339122	59	3.1	59	82	4	177	26	29	16	27	1.97
339098--339189	35	2.7	35	84	5	116	19	29	13	38	1.89
339163--339260	28	3.4	29	85	5	128	36	28	16	18	1.92
339306--339487	48	4.0	47	80	11	207	25	25	17	30	1.97
339403--339489	43	2.1	40	89	6	129	25	25	18	31	1.98
340254--340278	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
340234--340300	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
340341--340366	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
340354--340482	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
344261--344301	17	2.3	18	87	4	57	82	2	9	4	0.89
352027--352259	108	2.1	111	96	2	436	44	11	12	31	1.78
352563--352738	92	1.9	91	90	3	284	18	32	1	48	1.55
353372--353405	17	1.9	18	94	5	61	5	0	5	88	0.64
354441--354491	19	2.7	19	93	0	84	33	11	15	39	1.84
354567--354688	52	2.3	52	95	0	217	36	18	18	27	1.94
360186--360945	43	16.1	49	79	11	763	31	17	25	25	1.97
360298--360945	92	7.0	92	91	2	1005	30	18	25	25	1.98
360195--360945	184	4.0	184	89	4	1060	31	18	25	24	1.97
360832--360899	22	3.1	21	66	26	52	30	17	25	26	1.97
360945--361041	33	3.0	33	92	3	160	21	18	31	27	1.97
361051--361784	32	22.8	33	80	8	473	33	14	31	20	1.93
361320--361439	27	4.2	27	80	14	141	30	13	36	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361286--361513	61	3.6	61	93	4	366	34	12	34	18	1.88
361051--361597	190	2.8	195	82	9	638	33	13	32	20	1.91
361473--361914	32	14.2	31	83	5	484	32	16	28	23	1.96
361483--361909	62	6.9	62	88	5	603	30	16	28	23	1.97
368734--368852	52	2.3	52	97	0	220	29	17	17	35	1.93
368734--368871	52	2.6	51	89	4	206	31	16	18	34	1.93
368946--368970	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
372954--373021	29	2.4	28	83	11	86	82	7	8	1	0.91
373959--374212	32	8.2	32	77	12	199	22	29	15	32	1.94
374128--374303	34	5.8	27	74	18	109	19	32	14	33	1.91

Tables:   1   2   3