genome.fa.s388.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold388
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  417701

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7713--7750	17	2.3	17	90	4	60	31	0	2	65	1.06
11832--11906	35	2.1	38	87	12	113	46	0	1	52	1.09
13272--13299	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14726--14801	30	2.5	30	79	8	100	43	2	9	44	1.50
14726--14813	30	2.9	30	75	12	92	46	2	7	43	1.45
15231--15282	26	1.9	28	84	7	72	57	3	1	36	1.28
15788--15823	18	1.9	19	94	5	65	41	0	2	55	1.14
15826--15866	19	2.2	19	86	8	57	63	0	0	36	0.95
15821--15896	35	2.3	35	86	13	108	64	1	0	34	1.02
16090--16142	16	3.6	14	78	14	52	49	1	1	47	1.23
19666--19720	20	2.8	20	86	5	67	40	12	16	30	1.86
19750--19812	19	3.7	17	76	24	62	38	19	12	30	1.89
19742--19812	32	2.2	32	92	0	115	38	19	12	29	1.89
21788--21837	21	2.5	20	81	9	59	32	6	6	56	1.48
23492--23848	179	2.0	178	88	0	525	38	6	11	43	1.67
26481--26510	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26937--26964	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29224--29251	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
30174--30230	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
30280--30305	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
30260--30297	20	1.9	20	88	0	58	28	10	21	39	1.86
35771--35813	19	2.3	19	96	4	79	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37678--37704	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
37689--37782	19	4.9	19	96	1	161	28	19	17	35	1.94
40758--40832	27	2.8	27	85	0	96	26	34	14	24	1.94
40806--40904	34	2.9	34	87	1	128	20	31	11	37	1.87
40901--41733	49	17.8	49	74	13	650	25	26	17	30	1.97
41014--41081	21	3.2	20	66	25	50	26	27	16	29	1.97
40901--41690	92	8.5	92	87	5	981	25	26	17	30	1.98
41288--41441	39	3.7	39	72	16	137	25	25	21	27	1.99
41413--41733	149	2.2	147	81	5	351	24	27	16	31	1.97
42605--42632	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
42585--42650	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
49579--49626	14	3.4	14	83	8	53	83	12	4	0	0.79
49875--49910	16	2.2	16	90	9	56	83	8	8	0	0.82
50908--51122	61	3.4	61	82	6	216	22	28	15	32	1.95
50908--51095	31	6.0	32	83	8	233	23	28	15	32	1.95
51077--51241	87	1.9	86	87	1	240	20	29	15	35	1.93
51122--51270	61	2.5	61	87	1	228	20	30	14	34	1.92
50975--51273	27	9.8	32	77	12	179	21	29	15	34	1.93
51264--52056	43	17.2	43	72	15	506	26	26	17	30	1.97
51313--52192	49	18.7	49	72	13	645	25	26	17	30	1.97
51270--52153	92	9.5	92	84	6	1027	26	26	17	30	1.97
51749--51904	39	3.7	39	74	15	159	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51866--52101	100	2.4	101	82	4	275	26	27	16	29	1.97
51876--52197	149	2.2	148	81	3	380	25	27	16	31	1.96
52990--53052	19	3.6	19	72	24	75	34	12	19	33	1.89
52988--53092	32	3.4	32	89	6	157	37	14	17	31	1.89
53009--53093	13	6.0	13	75	17	80	37	15	16	30	1.90
53131--53158	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
53112--53176	33	2.0	33	87	6	96	30	15	13	40	1.86
61519--61559	22	1.9	22	85	14	59	48	4	21	24	1.69
62093--62146	19	2.8	20	85	2	74	31	16	16	35	1.92
62175--62244	33	2.1	34	84	7	90	31	10	21	37	1.86
64047--64075	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
67878--67908	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
68174--68228	23	2.4	23	84	3	67	30	12	32	23	1.92
69295--69337	16	2.7	15	79	13	50	30	0	4	65	1.13
69412--69886	110	4.3	109	81	3	479	34	17	15	32	1.91
69412--69807	218	1.8	219	82	3	512	35	17	15	31	1.91
73669--73715	21	2.2	21	82	14	53	53	2	2	42	1.25
74220--74261	18	2.3	19	84	12	52	66	0	0	33	0.92
75865--75909	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
76119--76159	17	2.3	17	83	8	55	41	0	0	58	0.98
78446--78489	13	3.5	13	78	6	54	77	0	0	22	0.77
78438--78492	18	2.9	18	80	15	58	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78448--78489	12	3.4	12	80	6	57	78	0	0	21	0.75
78510--78556	24	2.0	23	83	8	58	44	2	0	53	1.12
78517--78558	22	2.0	21	86	9	59	42	2	0	54	1.13
78752--78783	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
79216--79264	22	2.2	23	85	3	64	55	2	34	8	1.41
82142--82179	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
83417--83633	34	6.4	33	81	8	249	41	25	7	25	1.82
83417--83633	68	3.2	67	84	3	283	41	25	7	25	1.82
83417--83633	102	2.1	101	92	0	353	41	25	7	25	1.82
88042--88260	34	6.5	33	81	9	253	40	26	7	25	1.82
88044--88260	68	3.2	67	84	3	283	40	26	7	25	1.82
88042--88260	102	2.2	101	89	1	357	40	26	7	25	1.82
89990--90037	24	2.0	24	88	8	71	41	0	0	58	0.98
89988--90035	8	6.0	8	78	9	53	37	0	0	62	0.95
90058--90129	19	3.7	19	75	17	69	50	0	1	48	1.09
90268--90320	25	2.2	23	73	20	54	50	1	1	45	1.23
90575--90617	21	2.0	21	91	8	70	44	0	0	55	0.99
90623--90707	16	5.1	16	73	13	57	56	0	1	42	1.07
92474--92507	15	2.3	15	95	5	61	32	0	23	44	1.54
95803--95858	27	2.1	27	93	0	94	26	42	1	28	1.65
96121--96461	75	4.6	75	89	1	517	30	6	21	42	1.77
96117--96461	148	2.3	148	90	2	532	31	6	20	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98816--98842	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
100492--100522	15	2.1	15	93	0	53	41	0	29	29	1.56
107576--107621	20	2.3	20	92	3	76	32	15	15	36	1.88
119812--119842	16	1.9	16	93	0	53	35	3	6	54	1.42
127275--127319	22	2.0	22	91	0	72	31	31	4	33	1.78
128687--128731	20	2.1	21	84	8	56	4	26	48	20	1.68
129163--129200	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
135413--135437	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
135447--135485	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
137073--137098	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
138326--138364	21	1.9	20	89	5	60	38	10	7	43	1.67
144741--144805	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
144760--144784	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
144728--144803	32	2.4	32	93	0	125	35	18	14	31	1.91
145641--145717	39	2.0	39	84	5	102	24	22	23	29	1.99
145821--145889	22	3.2	22	63	19	54	33	18	21	26	1.97
145633--145948	87	3.5	89	78	6	334	30	19	24	25	1.98
145957--146063	29	3.6	30	76	12	96	18	19	29	31	1.96
146010--146094	27	3.0	27	81	5	89	24	17	32	24	1.97
146064--146194	34	3.8	34	84	4	156	39	11	29	19	1.87
146198--146282	29	2.9	30	85	7	120	18	18	31	30	1.96
147714--147802	1	89.0	1	70	0	52	0	4	11	84	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147705--147803	10	9.9	10	78	8	94	0	4	13	82	0.80
147705--147777	31	2.3	32	85	4	94	0	4	13	82	0.81
147705--147803	49	2.0	50	84	5	130	0	4	13	82	0.80
147705--147792	32	2.8	30	80	16	99	0	3	13	82	0.78
147705--147803	27	3.7	26	77	20	89	0	4	13	82	0.80
164676--164822	52	2.8	52	93	4	244	28	18	19	34	1.95
164844--164868	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
166962--166999	18	2.1	18	95	0	67	60	10	7	21	1.54
169608--169759	64	2.4	64	80	7	175	48	15	19	16	1.82
169741--170418	66	10.3	67	70	11	257	46	14	22	16	1.83

Tables:   1   2   3