genome.fa.s391.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold391
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  290649

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 292 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111388--111428	21	2.0	21	90	0	64	39	12	2	46	1.54
115646--115681	17	2.2	17	90	5	56	61	22	13	2	1.46
118629--118685	18	3.3	18	74	20	59	26	3	1	68	1.15
119111--119221	55	2.0	54	87	1	159	30	21	19	27	1.98
119743--119795	26	2.0	26	88	0	79	35	11	0	52	1.37
119755--119809	26	2.2	26	83	3	67	36	5	5	52	1.48
120246--120327	32	2.6	32	86	0	110	50	6	4	39	1.49
120278--120350	32	2.3	32	83	9	87	56	8	2	32	1.43
122008--122034	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
122108--122218	55	2.0	54	85	1	150	30	22	19	27	1.98
122591--122660	35	2.2	30	82	12	77	48	0	1	50	1.09
122601--122639	20	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
122771--122817	12	3.8	12	83	10	58	36	4	0	59	1.17
122764--122819	26	2.2	26	86	0	76	37	10	0	51	1.37
122780--122820	14	3.1	14	82	13	59	36	4	0	58	1.20
123219--123246	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
124530--124650	45	2.6	44	77	11	118	13	29	19	37	1.90
124767--124802	2	18.0	2	94	0	63	0	52	0	47	1.00
125424--125456	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
127609--127640	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
127894--127939	20	2.5	20	82	10	62	41	0	0	58	0.98
127894--127952	20	3.4	17	76	15	57	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127901--127939	21	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
127900--127946	21	2.2	21	81	7	60	42	0	0	57	0.98
127917--127966	16	3.1	16	73	2	55	48	0	0	52	1.00
128139--128187	16	2.9	16	84	6	53	57	2	0	40	1.10
128699--128740	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
129346--129720	45	8.3	44	75	6	286	16	30	16	36	1.92
129347--129717	135	2.7	135	87	3	498	16	30	16	36	1.92
130655--130733	29	2.8	28	79	16	74	65	0	1	32	1.00
131281--131319	20	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
131443--131498	26	2.2	26	90	0	85	37	12	0	50	1.41
131945--132049	32	3.3	32	81	5	106	53	5	2	38	1.40
133190--133310	45	2.6	44	82	8	127	13	30	19	36	1.90
134069--134101	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
134393--134463	2	35.5	2	90	8	92	50	5	0	43	1.25
136052--136106	28	2.0	28	85	7	76	61	0	0	38	0.96
136038--136104	23	2.8	24	73	13	66	59	0	1	38	1.06
136612--136653	20	2.0	22	86	9	61	54	0	2	42	1.13
136808--136847	15	2.7	15	88	0	53	60	2	0	37	1.11
136825--136865	7	5.7	7	91	2	64	56	2	0	41	1.13
138007--138338	135	2.5	135	86	2	461	17	28	17	36	1.92
138006--138333	45	7.3	44	75	7	264	17	28	17	36	1.92
138563--138790	34	7.4	34	74	22	243	41	39	0	19	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138592--138737	22	6.5	22	78	18	151	39	40	0	19	1.52
138564--138737	56	3.1	56	86	10	232	41	39	0	19	1.52
138563--138790	90	2.5	90	99	0	447	41	39	0	19	1.52
138592--138764	56	3.1	55	88	6	226	38	41	0	20	1.52
143488--143633	22	6.5	22	76	12	136	40	40	0	19	1.51
143460--143633	56	3.1	56	88	10	250	41	39	0	18	1.51
143510--143611	34	3.0	34	94	0	177	41	40	0	18	1.51
143459--143686	90	2.5	90	98	0	438	41	39	0	18	1.51
143488--143667	56	3.2	55	89	7	251	40	40	0	18	1.51
143600--143686	34	2.6	34	100	0	174	41	41	0	17	1.49
144687--144725	18	2.3	16	91	8	60	69	0	0	30	0.89
145306--145344	20	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
145468--145523	26	2.2	26	90	0	85	37	12	0	50	1.41
145970--146074	32	3.3	32	81	5	106	53	5	2	38	1.40
147208--147328	45	2.6	44	82	8	127	13	29	19	37	1.90
148098--148130	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
150048--150106	28	2.0	30	83	6	77	61	0	0	38	0.96
150323--150348	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
150611--150662	20	2.8	20	82	8	65	42	0	0	57	0.98
150634--150682	16	3.1	16	73	8	55	48	0	0	51	1.00
150857--150905	16	2.9	16	84	6	53	57	2	0	40	1.10
151418--151459	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152065--152439	45	8.3	44	74	6	277	16	30	16	36	1.92
152066--152436	135	2.7	135	86	3	489	16	29	16	36	1.92
153374--153452	29	2.8	28	79	16	74	65	0	1	32	1.00
154000--154038	20	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
154162--154217	26	2.2	26	90	0	85	37	12	0	50	1.41
154664--154768	32	3.3	32	81	5	106	53	5	2	38	1.40
155909--156029	45	2.6	44	82	8	127	13	30	19	36	1.90
156788--156820	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
158516--158555	20	2.0	20	95	0	71	42	0	7	50	1.30
158722--158770	24	2.1	23	84	3	62	67	4	0	28	1.09
158804--158831	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
159274--159337	32	1.9	34	84	12	89	51	0	0	48	1.00
159300--159341	20	2.0	22	90	9	70	57	0	0	42	0.99
159494--159542	16	2.9	16	84	6	53	57	0	0	42	0.99
160056--160091	3	12.0	3	93	0	63	63	2	0	33	1.08
160522--160567	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
161046--161100	24	2.3	26	78	18	73	52	0	1	45	1.11
161058--161089	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
161058--161107	24	2.1	24	92	3	84	50	0	0	50	1.00
161255--161280	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
161239--161357	50	2.4	48	82	10	125	47	0	0	52	1.00
168152--168204	25	2.1	25	82	6	63	41	1	3	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168369--168419	22	2.3	22	80	6	59	49	0	0	50	1.00
168647--168703	21	2.9	19	70	12	53	45	0	3	50	1.18
169250--169321	24	3.1	24	80	11	80	45	0	1	52	1.09
169272--169315	23	1.9	23	90	9	72	47	0	0	52	1.00
176110--176154	20	2.4	19	85	7	56	44	0	0	55	0.99
176469--176494	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
176965--176999	17	2.0	18	88	5	54	60	2	5	31	1.35
179571--179631	30	2.0	30	96	0	113	31	24	13	31	1.93
179829--179876	16	3.1	15	71	11	51	50	0	0	50	1.00
181539--181581	4	10.8	4	89	0	68	23	4	0	72	1.04
184027--184069	22	2.0	22	90	0	68	53	23	2	20	1.57
190958--191791	234	3.6	232	89	2	1197	42	22	10	23	1.85
193299--193331	14	2.4	14	100	0	66	24	0	63	12	1.28
194127--194190	26	2.3	29	82	12	73	43	3	7	45	1.48
194708--194758	23	2.2	24	82	10	61	52	0	0	47	1.00
194699--194785	28	3.3	27	71	20	78	51	0	0	48	1.00
196495--196555	23	2.7	23	74	2	61	45	9	1	42	1.47
203378--203428	23	2.2	24	82	10	61	52	0	0	47	1.00
203369--203455	28	3.3	27	71	20	78	51	0	0	48	1.00
205168--205228	23	2.7	23	74	2	61	45	9	1	42	1.47
212050--212100	23	2.2	24	82	10	61	52	0	0	47	1.00
212041--212127	28	3.3	27	71	20	78	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213842--213902	23	2.7	23	74	2	61	45	9	1	42	1.47
221266--221307	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
221521--221557	13	2.8	14	88	8	51	35	0	0	64	0.94
221519--221580	24	2.6	22	73	14	52	33	0	0	66	0.92
221688--221745	27	2.1	27	81	6	64	43	3	1	51	1.28
222479--222550	30	2.4	31	82	13	89	36	1	0	62	1.04
222761--222795	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
226575--226614	13	3.0	14	80	20	50	52	0	0	47	1.00
226569--226614	14	3.4	14	80	17	60	50	0	0	50	1.00
227357--227453	17	5.7	17	72	20	69	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3