genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5986281

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393604--2393691	22	3.9	22	85	14	110	56	0	0	43	0.99
2395061--2395099	18	2.2	17	86	13	53	25	2	2	69	1.14
2395094--2395146	25	2.1	25	86	6	72	49	0	1	49	1.12
2395942--2395987	2	21.5	2	84	8	56	47	4	2	45	1.34
2396298--2396323	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2396864--2396909	23	2.0	23	82	0	56	36	13	13	36	1.83
2401494--2401591	49	2.0	48	86	2	133	43	1	10	44	1.44
2417709--2417748	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
2435514--2435546	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
2440598--2440635	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2443519--2443553	17	2.0	18	88	5	54	82	5	8	2	0.91
2443519--2443553	18	1.9	18	88	0	52	82	5	8	2	0.91
2443723--2443769	13	3.4	13	78	16	58	61	0	2	36	1.08
2443717--2443781	29	2.2	29	86	0	94	52	0	1	46	1.10
2443980--2444042	27	2.3	27	88	0	90	33	0	7	58	1.27
2444135--2444178	14	3.2	13	80	3	52	43	0	2	54	1.12
2444135--2444189	27	2.0	28	82	7	67	43	0	3	52	1.18
2444165--2444252	37	2.4	37	81	11	99	43	3	4	48	1.40
2444174--2444307	70	1.9	72	83	6	175	40	5	4	50	1.45
2444739--2444822	32	2.6	32	81	7	89	42	3	3	50	1.37
2444797--2444869	13	5.5	13	76	20	71	46	0	0	53	1.00
2444811--2444869	14	4.2	14	81	14	68	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444818--2444881	29	2.2	29	77	5	76	50	0	1	48	1.10
2459870--2459909	18	2.3	18	87	12	57	47	17	27	7	1.74
2462046--2462071	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2462810--2462876	22	3.1	23	77	12	70	59	1	2	35	1.22
2465248--2465291	13	3.3	13	78	15	54	50	0	0	50	1.00
2474826--2474860	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2475050--2475116	29	2.3	29	94	2	118	25	8	7	58	1.55
2483297--2483336	11	3.6	11	86	0	53	32	22	17	27	1.96
2483472--2483554	42	2.0	42	100	0	166	43	6	7	43	1.56
2483489--2483555	19	3.3	19	69	15	62	41	5	5	46	1.53
2484456--2484491	19	1.9	19	88	5	56	41	5	0	52	1.24
2493472--2493501	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2493578--2493616	2	19.5	2	89	0	60	46	2	0	51	1.14
2496670--2496720	21	2.4	22	86	3	68	23	13	15	47	1.82
2499886--2499939	22	2.4	23	85	14	78	38	0	0	61	0.96
2499882--2499933	14	3.5	15	82	17	65	38	0	0	61	0.96
2499886--2499937	15	3.5	15	75	21	56	38	0	0	61	0.96
2499986--2500014	13	2.1	14	93	6	51	44	13	0	41	1.44
2501870--2501927	9	6.0	9	76	20	55	43	0	3	53	1.17
2501881--2501922	11	3.9	11	79	17	52	42	0	4	52	1.22
2501874--2501928	21	2.7	21	97	2	103	40	0	3	56	1.17
2502359--2502428	35	1.9	37	85	5	99	41	1	5	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510132--2510163	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2527131--2527164	17	2.0	17	88	0	50	64	5	2	26	1.30
2527133--2527194	24	2.6	24	78	12	65	66	3	1	29	1.17
2529842--2529894	25	2.1	25	82	6	63	52	7	1	37	1.41
2535635--2535682	23	2.0	23	84	8	60	35	6	4	54	1.45
2535655--2535730	16	4.7	16	80	8	73	36	5	2	55	1.37
2535910--2535940	16	1.9	16	93	0	53	45	3	3	48	1.34
2535969--2536003	17	2.1	17	88	0	52	20	14	8	57	1.63
2536378--2536425	26	1.9	24	91	4	69	54	0	0	45	0.99
2536378--2536425	25	1.9	25	86	0	69	54	0	0	45	0.99
2544353--2544405	24	2.2	24	83	10	72	45	0	3	50	1.19
2544462--2544509	24	2.0	24	88	8	71	35	0	0	64	0.94
2544474--2544516	14	2.9	15	86	10	54	30	0	0	69	0.88
2546245--2546280	18	1.9	19	88	5	56	38	13	22	25	1.91
2551569--2551603	7	5.0	7	96	0	61	31	40	0	28	1.57
2551873--2551944	26	2.9	25	71	15	60	47	6	1	44	1.38
2556225--2556256	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2556256--2556295	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
2560105--2560133	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2562073--2562136	25	2.6	25	100	0	128	26	20	14	39	1.90
2563644--2563669	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2563934--2563958	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565440--2565470	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2565760--2565802	14	3.1	14	89	0	59	34	0	13	51	1.42
2565894--2565923	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
2566169--2566204	18	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
2566168--2566211	17	2.5	18	82	10	56	59	2	0	38	1.10
2567439--2567499	27	2.3	27	82	2	79	36	3	1	59	1.24
2568142--2568170	7	4.1	7	100	0	58	27	0	13	58	1.36
2575989--2576047	21	2.8	22	82	10	61	55	0	0	44	0.99
2575989--2576030	22	2.0	21	86	13	59	50	0	0	50	1.00
2576479--2576532	26	2.0	28	82	10	67	51	0	0	48	1.00
2576542--2576581	13	3.0	13	85	3	53	22	0	0	77	0.77
2576538--2576583	23	2.0	23	87	8	67	26	0	0	73	0.83
2576541--2576590	23	2.2	23	82	7	57	30	0	0	70	0.88
2577583--2577630	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2578331--2578364	18	1.9	18	88	5	52	38	0	2	58	1.13
2579648--2579728	23	3.4	24	75	16	71	53	0	1	45	1.08
2579659--2579748	35	2.7	33	78	15	78	53	0	0	46	1.00
2579741--2579786	19	2.4	19	88	0	65	47	0	0	52	1.00
2580916--2581009	33	2.8	32	78	12	91	55	0	1	43	1.06
2580916--2581020	16	6.4	17	69	19	62	54	0	0	44	1.06
2581561--2581599	19	2.1	18	90	4	60	61	2	5	30	1.31
2583982--2584019	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586098--2586126	15	1.9	15	100	0	58	41	6	27	24	1.80
2589084--2589125	13	3.2	13	89	3	57	33	0	4	61	1.17
2589091--2589132	13	3.0	14	86	10	59	38	0	2	59	1.10
2590729--2590755	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2591032--2591506	243	1.9	246	89	4	739	34	13	28	23	1.92
2595197--2595250	23	2.5	21	79	11	56	35	11	3	50	1.56
2599558--2599585	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2601834--2601872	20	1.9	21	94	5	71	46	0	0	53	1.00
2601869--2601925	24	2.4	23	80	11	62	42	1	3	52	1.28
2601998--2602084	15	5.5	15	70	18	52	43	0	0	56	0.99
2602000--2602051	15	3.2	16	81	10	61	38	0	0	61	0.96
2602007--2602058	20	2.5	20	71	3	50	42	0	0	57	0.98
2602017--2602064	19	2.5	20	86	3	62	45	0	0	54	0.99
2601999--2602085	33	2.7	34	83	11	112	44	0	0	55	0.99
2602087--2602128	16	2.4	18	76	11	52	42	0	0	57	0.99
2604059--2604089	11	2.8	11	100	0	62	25	0	0	74	0.82
2604082--2604193	57	1.9	59	82	13	144	50	0	0	50	1.00
2605730--2605781	24	2.2	24	89	6	79	30	5	0	63	1.18
2615557--2615611	14	3.9	14	78	4	65	56	1	0	41	1.10
2615564--2615605	15	2.9	15	82	3	50	59	0	0	40	0.97
2615635--2615686	16	3.3	15	72	17	52	57	0	0	42	0.98
2615660--2615742	35	2.4	35	79	4	87	65	0	1	33	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2615643--2615745	54	1.9	54	81	13	124	62	0	0	36	1.02
2615692--2615749	22	2.8	22	78	17	61	65	0	1	32	1.03
2615962--2616030	20	3.5	20	72	16	54	43	0	1	55	1.08
2616039--2616078	20	2.1	20	90	9	66	52	0	0	47	1.00
2617328--2617396	35	2.0	34	83	13	88	55	1	0	43	1.08
2617399--2617426	11	2.5	11	100	0	56	39	7	0	53	1.28
2618166--2618207	17	2.5	17	88	0	57	57	0	0	42	0.99
2618176--2618257	23	3.7	23	77	6	87	47	0	1	51	1.08
2618183--2618227	19	2.4	19	76	0	54	51	0	0	48	1.00
2618177--2618237	21	2.8	21	75	5	59	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31