genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5986281

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661028--661190	84	1.9	84	97	0	308	50	9	10	28	1.68
662144--662171	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
668875--668985	39	3.2	33	72	18	100	63	1	0	33	1.11
668996--669051	2	29.0	2	80	7	62	57	1	0	41	1.09
668998--669142	47	3.2	44	72	22	113	56	2	1	39	1.22
669027--669073	18	2.7	17	75	12	51	63	2	2	31	1.18
670788--670821	2	17.0	2	93	0	50	55	0	0	44	0.99
670785--670812	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
673602--673635	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
675649--675690	2	22.0	2	85	9	61	50	0	2	47	1.14
680358--680391	15	2.3	15	90	10	52	0	20	2	76	0.92
686049--686102	27	2.0	27	81	0	63	38	0	12	48	1.42
687006--687042	19	1.9	19	100	0	74	32	21	8	37	1.83
689236--689290	16	3.8	16	69	30	59	30	5	23	40	1.77
690622--690690	27	2.5	28	88	2	95	31	8	15	43	1.78
694508--694534	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
694687--694727	20	2.0	20	95	0	73	29	17	17	36	1.92
700089--700121	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
705968--705992	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
707851--707921	33	2.1	35	84	10	103	57	0	0	42	0.98
707869--707919	26	1.9	26	88	11	77	58	0	0	41	0.98
707855--707921	32	2.0	34	88	5	102	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720288--720321	2	17.0	2	93	0	59	47	0	52	0	1.00
722474--722503	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
723822--723846	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
726400--726426	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
728525--728569	23	1.9	24	82	13	58	57	0	0	42	0.98
729087--729118	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
733021--733317	97	3.1	96	87	0	443	48	10	18	22	1.79
745275--745303	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
747760--747789	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
749249--749274	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
754397--754558	82	2.0	82	92	0	270	23	18	15	42	1.88
755218--755245	6	4.7	6	100	0	56	17	50	0	32	1.47
756566--756607	13	3.1	13	86	13	50	57	0	9	33	1.31
756681--756726	15	3.1	15	79	14	51	56	0	4	39	1.19
756711--756758	19	2.5	19	77	16	53	56	2	0	41	1.11
757186--757236	14	3.6	14	82	7	59	41	0	0	58	0.98
757717--757766	20	2.4	19	81	15	55	62	0	0	38	0.96
757719--757760	10	4.6	10	77	22	56	59	0	0	40	0.97
759818--759871	20	2.5	22	81	18	62	42	0	1	55	1.10
759834--759881	17	2.7	18	81	9	55	47	0	0	52	1.00
760180--760231	2	25.5	2	96	3	95	48	0	1	50	1.12
760622--760665	21	2.1	21	83	8	54	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763910--763945	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
764434--764467	17	1.9	17	94	5	59	70	0	0	29	0.87
764436--764469	16	2.1	17	88	5	52	70	0	0	29	0.87
764467--764502	2	17.5	2	88	5	54	47	2	0	50	1.15
769488--769513	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
774441--774490	26	1.9	26	95	0	91	40	14	6	40	1.70
774513--774542	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
774880--774922	20	2.2	19	83	8	50	51	0	0	48	1.00
775414--775472	12	4.6	12	75	25	50	49	1	1	47	1.21
775720--775751	2	16.0	2	93	0	55	0	46	3	50	1.17
776125--776161	2	18.0	2	94	5	65	48	0	48	2	1.15
777646--777680	18	1.9	18	94	0	61	37	22	5	34	1.78
778862--778890	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
791426--791522	39	2.5	39	85	6	117	20	21	18	39	1.93
791416--791561	39	3.8	38	76	8	100	19	23	20	36	1.95
797130--797195	28	2.4	27	85	10	80	28	6	0	65	1.17
801496--801520	12	2.1	12	100	0	50	60	16	16	8	1.58
802933--802960	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
803118--803162	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
804663--804691	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
807655--807718	31	2.0	32	84	3	85	53	14	4	28	1.60
807709--807780	26	2.9	23	69	17	54	52	9	4	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807852--807894	10	4.2	10	84	3	50	58	0	4	37	1.19
810057--810086	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
813497--813621	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
813497--813641	52	2.8	51	88	4	202	30	17	17	34	1.93
813630--813654	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
813718--813742	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814387--814425	12	3.2	12	81	0	51	15	33	2	48	1.58
819055--819101	17	2.7	17	71	15	51	48	0	0	51	1.00
819064--819113	16	3.2	16	72	13	50	48	0	0	52	1.00
819082--819189	16	6.9	16	67	22	52	35	0	1	62	1.06
819121--819189	21	3.5	20	74	21	65	30	0	1	68	0.99
819139--819191	10	5.3	10	86	8	72	30	0	0	69	0.88
819122--819191	5	14.2	5	71	14	56	31	0	1	67	1.00
822761--822791	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
823516--823542	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
822322--824100	755	2.4	750	91	2	2845	42	5	8	44	1.56
824567--824926	153	2.3	153	82	7	419	43	8	9	37	1.68
826027--826064	20	1.9	20	88	0	58	44	0	2	52	1.14
829079--829351	134	2.0	138	86	7	387	24	14	16	44	1.85
832132--832486	179	2.0	179	99	0	701	18	15	22	43	1.87
854441--854476	19	2.0	17	89	10	54	2	11	2	83	0.86
855229--855272	16	2.7	16	85	3	52	63	0	2	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855282--855329	20	2.3	21	75	3	53	54	6	0	39	1.26
859689--859726	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
860494--860518	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
862683--862804	6	20.8	6	73	15	78	15	1	66	16	1.34
862678--862726	24	2.0	24	92	0	80	12	2	69	16	1.28
862748--862831	27	3.1	27	87	0	132	17	0	69	13	1.20
862761--862828	9	7.6	9	74	12	59	19	0	70	10	1.15
862683--862828	12	11.7	12	73	16	82	16	1	66	15	1.32
863287--863328	19	2.2	19	83	8	50	2	11	14	71	1.24
864569--864653	19	4.7	18	74	17	61	69	1	0	29	0.96
864610--864674	20	3.2	20	72	20	64	60	1	0	38	1.07
864571--864644	15	4.6	16	72	20	55	70	1	0	28	0.96
867540--867575	19	1.9	18	94	5	63	27	16	0	55	1.42
870761--870795	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
880556--880632	36	2.1	36	81	9	86	58	1	2	37	1.20
882956--883002	23	2.1	22	88	11	69	51	0	0	48	1.00
893608--893633	6	4.3	6	100	0	52	15	15	53	15	1.73
898062--898133	28	2.4	31	81	13	105	26	19	18	36	1.94
900658--900689	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
908065--908098	16	2.2	16	89	5	52	88	0	11	0	0.52
908502--908539	9	4.1	9	84	15	51	31	0	0	68	0.90
908502--908540	19	2.1	19	90	9	62	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908613--908646	5	6.4	5	87	12	50	35	0	0	64	0.94
908607--908647	17	2.5	17	96	4	75	31	0	0	68	0.90
908600--908641	12	3.5	12	80	6	50	30	0	0	69	0.89
910338--910375	2	20.0	2	89	10	62	0	52	0	47	1.00
914953--914998	16	3.0	16	76	17	53	41	0	4	54	1.20
914953--915023	25	2.8	26	79	12	76	36	0	5	57	1.22
929834--929870	15	2.4	16	82	13	51	16	0	2	81	0.81
929831--929871	20	2.1	19	90	4	64	19	0	2	78	0.87
935384--935692	154	2.0	154	93	0	528	30	26	16	26	1.97
939985--940028	21	2.0	22	86	4	63	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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