genome.fa.s405.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold405
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  752937

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3538--3571	17	2.1	16	88	5	50	61	0	38	0	0.96
6702--6761	28	2.2	27	84	3	75	48	1	3	46	1.28
7125--7162	13	2.8	14	88	4	51	34	0	7	57	1.28
7156--7213	24	2.4	23	77	8	62	39	8	3	48	1.51
7216--7288	37	1.9	38	88	2	112	38	2	4	54	1.34
7437--7493	30	1.9	29	83	16	73	50	12	1	35	1.50
7431--7496	29	2.3	27	80	19	73	51	10	1	36	1.46
8168--8225	25	2.4	23	78	13	64	56	10	1	31	1.43
13323--13371	24	2.0	24	96	0	89	44	8	2	44	1.45
20178--20270	39	2.4	37	79	8	96	25	6	19	48	1.72
21013--21046	13	2.6	13	85	0	50	41	14	11	32	1.82
21218--21284	26	2.6	26	95	0	116	25	5	13	55	1.61
23451--23494	2	21.5	2	90	4	70	47	4	0	47	1.22
27277--27402	52	2.4	52	94	0	225	27	19	17	35	1.94
27277--27422	52	2.8	52	89	2	177	29	18	18	33	1.95
27411--27435	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
30889--32187	49	26.5	49	84	4	1568	33	17	25	23	1.96
30737--32200	247	6.0	246	88	3	1726	32	17	25	23	1.96
30889--32200	299	4.5	296	87	3	1671	33	17	25	23	1.96
32200--32300	33	3.1	33	97	0	184	19	17	33	28	1.95
32306--32501	35	5.7	34	88	1	257	34	11	32	21	1.90
32501--32626	31	4.1	31	78	9	134	34	15	25	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33843--33880	12	2.9	13	84	11	51	0	0	18	81	0.69
33844--33892	24	2.0	26	84	8	66	2	4	16	77	1.01
40416--40481	19	3.8	19	75	22	81	37	18	10	33	1.85
40437--40461	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
40418--40480	32	2.0	32	96	0	117	36	19	11	33	1.87
43271--43296	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
48968--49021	20	2.7	20	91	0	90	38	11	16	33	1.84
49178--49228	20	2.5	21	90	3	77	35	19	5	39	1.76
52614--52644	10	3.1	10	100	0	62	19	19	19	41	1.90
52652--52705	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
62686--62736	20	2.5	20	87	6	68	39	19	9	31	1.84
70673--70712	13	3.1	13	88	0	62	40	15	12	32	1.84
70687--70764	33	2.4	33	84	0	111	39	12	15	32	1.85
76830--77010	72	2.5	72	91	3	301	34	13	14	37	1.86
76978--77031	20	2.7	20	91	5	83	35	18	12	33	1.89
77060--77115	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
79690--79743	20	2.7	20	80	5	65	37	14	12	35	1.85
79771--79844	20	3.8	19	80	8	78	35	18	14	31	1.92
87263--87316	20	2.7	20	82	5	65	37	16	12	33	1.87
87345--87382	20	1.9	19	94	5	67	28	18	15	36	1.92
95555--95649	47	2.0	47	95	0	172	26	13	12	47	1.79
99457--99594	73	1.9	73	87	3	206	47	5	16	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100215--100270	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
102175--102251	38	2.0	38	100	0	154	48	12	10	28	1.75
103850--103886	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
105516--105548	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
107482--107538	21	2.6	23	83	8	73	36	1	5	56	1.32
107402--107517	60	2.0	58	82	9	141	44	1	4	49	1.32
107490--107538	23	2.2	21	85	7	62	36	2	6	55	1.37
107622--107663	20	2.1	20	86	8	59	40	0	0	59	0.97
107987--108029	22	2.0	22	90	0	68	44	0	0	55	0.99
107987--108031	11	4.0	11	80	13	56	44	0	0	55	0.99
108031--108072	19	2.2	20	91	4	68	69	0	0	30	0.89
110247--110363	19	6.7	18	67	28	76	36	13	15	34	1.87
110269--110376	32	3.4	32	93	0	180	35	14	15	34	1.89
113810--113834	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
113819--113876	20	3.1	19	82	7	82	36	15	15	32	1.89
119171--119209	20	1.9	21	94	5	71	35	15	17	30	1.91
119239--119263	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
120476--120582	22	5.0	21	71	18	80	36	4	23	35	1.76
120976--121042	22	3.1	21	72	21	59	43	7	10	38	1.67
122112--122164	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
122224--122249	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
122206--122269	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128183--128213	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
128837--128880	20	2.1	21	87	4	63	18	47	27	6	1.73
130795--130819	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
130807--130859	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
130919--130944	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
130901--130964	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
131006--131059	20	2.7	20	100	0	108	33	18	11	37	1.86
133333--133711	55	6.7	55	87	7	487	26	27	21	24	1.99
133716--133898	61	3.0	61	82	8	221	25	28	19	26	1.99
133773--134193	154	2.7	154	91	1	673	25	28	19	26	1.99
134082--134314	60	3.9	61	87	4	314	24	26	21	27	1.99
134087--134314	121	1.9	120	89	3	359	25	26	21	26	1.99
134083--134315	61	3.9	60	88	3	310	24	26	21	27	1.99
134299--134402	42	2.4	42	85	4	127	22	26	13	37	1.91
134299--134435	42	3.2	42	78	5	123	19	27	12	40	1.87
135284--135436	20	7.7	20	69	21	90	30	15	12	41	1.84
135284--135416	33	4.0	33	72	7	117	30	15	12	41	1.85
135304--135436	66	2.0	66	85	5	180	30	15	12	41	1.85
135354--135397	13	3.4	13	100	0	88	29	15	15	38	1.89
137352--137386	7	4.9	7	89	6	52	17	28	31	22	1.96
143924--144169	51	4.8	50	84	5	280	32	23	9	34	1.87
144222--144348	51	2.5	51	84	3	166	29	24	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144055--144302	129	1.9	129	85	1	345	30	26	11	31	1.92
144002--144525	180	2.9	179	79	5	513	29	24	11	34	1.90
147654--147681	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
148155--148231	39	2.0	37	85	9	102	61	1	2	35	1.18
148172--148210	16	2.5	16	91	4	62	61	0	2	35	1.10
154217--154248	15	2.1	15	100	0	64	46	0	6	46	1.27
156522--156718	97	2.0	97	95	0	349	31	12	28	26	1.92
156527--156749	97	2.3	97	89	3	324	32	12	27	27	1.93
158942--158992	20	2.5	20	80	0	57	45	13	5	35	1.68
159007--159083	20	3.8	20	83	6	93	41	12	14	31	1.83
158888--159063	71	2.5	71	79	5	205	42	13	14	30	1.83
162513--162632	61	2.0	61	88	0	177	35	14	10	40	1.79
162734--162775	21	2.1	20	86	8	59	11	7	2	78	1.04
169659--169713	28	2.0	28	85	7	76	29	14	30	25	1.95
169664--169720	28	2.0	28	83	6	71	29	14	28	28	1.95
169728--169833	51	2.1	51	83	3	133	34	13	20	31	1.91
169780--170068	157	1.8	157	83	5	388	31	13	26	28	1.94
169780--170068	79	3.7	80	76	9	283	31	13	26	28	1.94
170013--170119	51	2.1	51	82	3	126	33	11	24	30	1.90
172608--172714	20	5.7	19	75	18	91	42	14	14	28	1.85
172647--172676	13	2.3	13	100	0	60	40	16	13	30	1.87
172608--172714	53	2.0	52	84	10	137	42	14	14	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172632--172697	33	2.0	33	96	0	123	40	15	16	27	1.88
176945--177013	20	3.5	20	84	7	95	40	11	15	31	1.84
177832--178156	28	11.5	28	86	2	425	22	17	30	29	1.97
179376--179445	7	10.1	7	79	11	74	1	1	14	82	0.80
179401--179466	1	66.0	1	78	0	60	1	1	9	87	0.66
179402--179465	9	6.9	9	85	5	83	1	1	9	87	0.68
179376--179466	24	3.4	26	76	14	89	2	2	12	83	0.83
179378--179464	8	10.8	8	77	11	72	2	2	11	83	0.82
192293--192339	22	2.1	23	84	11	62	42	10	21	25	1.85
193288--193357	20	3.5	19	92	3	86	37	17	12	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5