genome.fa.s405.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold405
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  752937

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193977--194007	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
194435--194491	18	2.9	19	74	7	53	57	1	0	40	1.09
195068--195153	16	5.4	16	75	8	59	22	3	12	61	1.46
195151--195197	22	2.2	21	84	3	58	40	6	8	44	1.60
195369--195447	33	2.4	33	95	0	140	30	6	13	49	1.67
195365--195447	16	5.1	17	75	7	82	30	7	14	48	1.71
195648--195745	50	1.9	51	87	4	144	56	3	11	29	1.50
195648--195758	52	2.1	51	85	6	143	56	2	10	29	1.47
196532--196564	13	2.4	14	90	5	50	51	21	3	24	1.62
197029--197062	16	2.1	16	88	0	50	47	0	0	52	1.00
197393--197430	20	1.9	20	84	10	51	55	5	7	31	1.51
198493--198520	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
202427--202460	12	2.9	12	86	4	52	41	0	0	58	0.98
202898--202956	2	30.0	2	80	10	59	42	6	1	49	1.39
203555--203584	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
203732--203763	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
204125--204162	19	2.0	20	84	5	51	44	0	2	52	1.14
204298--204327	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
207554--207590	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
208165--208275	43	2.6	43	84	2	145	45	15	31	8	1.75
209068--209141	20	3.6	20	85	3	85	43	9	14	32	1.78
211515--211561	13	3.4	14	82	11	62	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211522--211563	15	2.7	15	82	13	50	64	0	0	35	0.94
212572--212614	14	2.9	16	83	16	58	62	6	0	30	1.21
212593--212689	35	2.7	37	73	13	96	63	2	1	32	1.12
212724--212756	16	2.0	17	88	5	50	0	27	6	66	1.15
216355--216395	21	2.0	21	86	9	59	36	2	0	60	1.10
216690--216740	17	3.3	16	78	13	54	72	0	1	25	0.95
218667--218699	5	6.6	5	100	0	66	0	18	0	81	0.68
218973--219010	11	3.2	12	85	11	51	0	13	2	84	0.73
219359--219398	14	3.0	14	85	7	57	57	0	0	42	0.98
219334--219388	23	2.3	24	79	17	62	49	1	1	47	1.23
221353--221769	153	2.7	152	83	6	511	32	5	9	52	1.55
222048--222113	25	2.7	24	80	17	73	66	0	3	30	1.06
223954--224006	20	2.6	21	87	3	72	41	13	13	32	1.82
224042--224160	52	2.3	51	91	1	184	27	14	15	42	1.86
225038--225095	21	2.8	21	94	2	100	27	24	12	36	1.91
226018--226061	20	2.2	20	84	8	54	34	6	20	38	1.79
226419--226487	35	1.9	35	85	8	95	34	7	27	30	1.84
226418--226513	36	3.0	31	78	14	88	32	9	26	32	1.88
230190--230220	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
237281--237337	20	2.9	19	78	5	60	42	17	12	28	1.85
240807--240861	20	2.8	20	86	13	78	34	16	10	38	1.84
240775--240911	70	1.9	72	85	4	188	40	13	13	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247153--247563	112	3.7	112	90	1	574	35	12	12	38	1.82
248044--248273	88	2.6	88	77	5	221	26	20	12	40	1.88
248289--248366	24	3.4	24	71	20	76	29	16	10	43	1.81
248287--248383	44	2.2	43	81	7	124	27	16	12	43	1.84
248356--248504	44	3.4	43	78	10	158	23	20	14	41	1.89
248136--248496	200	1.8	200	85	0	515	26	18	13	42	1.87
248332--248526	88	2.2	88	86	0	264	25	19	13	42	1.87
248375--248557	88	2.1	88	83	2	224	25	20	12	42	1.86
248547--248608	24	2.6	24	94	0	106	16	11	16	56	1.67
248601--248840	89	2.7	88	76	1	255	25	15	12	45	1.82
249272--249428	60	2.6	60	83	4	183	19	19	16	43	1.88
249331--249460	60	2.2	60	85	2	172	20	20	15	43	1.87
249541--249824	73	3.9	72	71	15	181	26	14	13	45	1.82
250012--250141	69	1.9	69	82	3	163	27	20	10	40	1.86
250091--250242	76	2.0	77	82	1	189	24	17	12	45	1.83
251164--251282	41	2.8	42	74	3	132	19	19	15	45	1.86
251249--251425	83	2.2	81	81	6	196	15	22	18	44	1.87
251325--251549	124	1.8	126	82	5	296	16	21	16	45	1.85
252645--252780	73	1.9	72	84	1	182	13	22	20	43	1.87
252645--252835	72	2.6	73	79	4	190	14	21	19	43	1.87
253092--253187	43	2.2	43	85	3	131	20	23	15	39	1.91
254168--254737	305	1.9	310	83	5	764	33	5	7	52	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254659--254722	24	2.8	21	74	21	58	40	4	3	51	1.38
254124--254737	153	4.0	152	78	8	624	33	6	7	53	1.54
254950--254982	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
256861--257170	136	2.2	141	80	6	337	27	14	19	39	1.90
257500--257536	19	1.9	19	88	0	56	54	0	2	43	1.14
261740--261778	20	2.0	20	85	10	53	38	7	15	38	1.76
272310--272343	17	2.0	17	88	0	50	35	2	38	23	1.70
275281--275306	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
275261--275322	33	1.9	32	87	9	90	27	12	20	38	1.90
275366--275421	20	2.8	20	83	8	69	26	16	16	41	1.88
284043--284068	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
284023--284086	33	2.0	32	90	9	103	28	14	18	39	1.90
284128--284180	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
286877--286902	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
286857--286920	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
289485--289520	13	2.8	13	86	0	54	33	13	16	36	1.89
296263--296288	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
296327--296402	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
296348--296420	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
296327--296420	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
297026--297071	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
298877--298915	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298901--298979	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
300983--301020	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
305083--305108	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
305147--305222	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
305168--305240	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
305147--305240	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
305720--305745	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
305700--305763	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
305845--305869	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
307829--308214	51	7.4	51	71	10	233	31	12	25	30	1.92
308038--308107	27	2.6	27	86	2	86	21	21	32	24	1.98
307724--308219	263	1.9	263	88	2	755	31	13	26	29	1.94
310580--310618	20	1.9	21	94	5	71	48	15	15	20	1.81
310552--310614	33	1.9	33	86	0	90	44	15	15	23	1.86
310638--310705	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
310660--310684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
310641--310703	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
310741--310797	21	2.7	22	91	8	100	35	17	10	36	1.84
313468--313542	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
313468--313545	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
317648--317688	19	2.1	20	86	4	57	12	12	7	68	1.39
328626--329555	28	32.6	28	85	3	1133	28	30	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328626--329555	85	10.9	85	84	4	1147	28	30	17	23	1.97
328626--329602	57	17.0	57	84	5	1134	28	30	17	23	1.97
330165--330241	20	3.8	20	72	6	75	32	14	11	41	1.82
332025--332087	29	2.2	29	100	0	126	17	26	19	36	1.94
338140--338360	103	2.2	102	81	4	266	35	14	23	27	1.93
340398--340422	13	1.9	13	100	0	50	28	8	40	24	1.83
340860--340913	20	2.6	21	79	2	65	27	9	16	46	1.78
348684--348876	81	2.3	80	79	8	188	24	17	21	36	1.94
348726--348876	81	1.9	81	85	2	214	25	17	20	37	1.94
349527--349581	24	2.3	23	81	9	74	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5