genome.fa.s405.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold405
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  752937

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
578010--578361	88	4.0	88	92	1	569	27	19	28	25	1.98
578374--578894	34	15.7	34	80	9	560	36	12	30	20	1.89
578374--579072	32	21.5	32	79	8	524	34	13	30	21	1.92
578374--578894	66	7.9	66	88	4	721	36	12	30	20	1.89
578825--579079	92	2.7	93	85	7	354	32	15	29	21	1.94
580046--580103	21	2.8	21	91	0	98	32	10	18	37	1.85
580214--580239	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
584328--584391	35	1.9	34	87	9	96	1	0	18	79	0.81
584341--584392	10	4.7	10	76	19	50	0	0	19	80	0.71
592161--592214	17	3.2	17	94	2	92	55	16	9	18	1.67
597810--597930	52	2.3	52	95	0	215	28	18	18	35	1.94
597810--597950	52	2.7	52	85	4	160	29	19	17	34	1.95
598030--598054	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
598008--598074	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
602551--602648	33	3.0	33	92	5	155	31	17	16	34	1.92
602584--602649	20	3.7	20	73	26	83	31	18	18	31	1.95
602604--602628	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
608625--608649	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
608608--608670	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
611144--611181	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
617331--617395	34	2.0	32	88	11	96	33	12	15	38	1.85
617467--617491	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
617450--617512	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
619387--619514	20	5.8	20	69	18	94	30	14	11	43	1.80
619375--619471	51	1.9	51	95	0	176	30	16	9	43	1.79
620582--620607	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
620562--620625	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
621326--621369	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
623165--623202	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
625281--625312	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
629389--629414	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
629369--629432	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
637476--637520	15	3.0	15	76	0	54	42	42	0	15	1.47
640279--640303	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
640259--640325	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
640365--640389	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
640378--640526	52	2.9	50	87	6	208	33	17	17	31	1.93
647426--647474	22	2.3	22	82	10	57	79	18	2	0	0.83
647422--647471	18	2.8	18	79	11	57	78	20	2	0	0.86
647430--647473	13	3.5	12	84	9	52	79	18	2	0	0.83
647725--647771	22	2.1	22	84	11	60	82	8	6	2	0.90
647712--647774	28	2.4	27	86	7	85	82	7	7	1	0.90
648597--648642	8	5.6	8	92	5	65	43	23	6	26	1.78
648866--648957	36	2.8	31	73	21	89	20	36	10	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648886--649022	36	3.9	35	83	10	156	19	32	11	35	1.88
648886--649022	69	1.9	73	82	10	176	19	32	11	35	1.88
649029--649135	32	3.4	31	93	6	189	28	37	17	16	1.92
649128--649582	49	9.8	48	82	12	565	26	24	18	31	1.97
649174--649538	43	8.1	43	84	10	480	26	24	18	31	1.97
649123--649582	92	5.0	92	96	1	823	26	24	17	31	1.97
650458--650484	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
650525--650549	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
650538--650686	52	2.9	50	87	6	208	33	17	17	31	1.93
658478--658565	14	6.6	14	69	17	53	34	11	18	36	1.86
658575--658717	28	5.1	28	89	0	196	30	25	18	25	1.98
658575--658758	56	3.2	56	79	4	201	32	26	16	25	1.96
658585--658739	28	5.5	28	78	6	102	32	25	18	24	1.97
658575--658758	84	2.2	85	83	3	219	32	26	16	25	1.96
658745--658846	32	3.2	32	84	1	125	30	25	16	27	1.97
658878--659043	49	3.5	47	86	7	212	20	26	18	34	1.96
671941--671976	18	2.1	17	89	5	54	63	0	0	36	0.94
672524--672671	80	1.9	80	95	0	269	45	8	14	31	1.75
675227--675290	27	2.3	27	80	17	69	42	4	6	46	1.49
685886--685939	19	2.8	20	88	2	83	29	16	14	38	1.89
696123--696681	28	19.9	28	81	3	493	25	18	28	27	1.98
696127--696681	253	2.2	252	83	4	674	25	17	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698002--698068	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
698022--698046	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
698114--698138	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
698146--698266	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
704394--704435	1	42.0	1	90	0	66	95	2	2	0	0.32
704762--704799	8	5.0	8	87	9	53	89	7	2	0	0.57
704760--704799	14	2.9	14	88	7	55	87	10	2	0	0.63
705745--705824	30	2.6	31	90	2	117	25	30	17	27	1.97
705804--706336	34	15.7	33	81	11	582	20	34	12	31	1.91
705801--706532	70	10.4	70	81	13	755	20	34	12	33	1.90
705935--706093	29	5.2	28	78	16	165	21	34	13	30	1.92
705936--706532	62	9.1	62	76	17	425	19	33	12	33	1.90
706345--706532	71	2.7	69	90	4	297	18	33	12	35	1.88
706345--706552	34	5.9	36	83	8	257	18	35	12	34	1.88
706363--706552	105	1.8	105	88	2	292	20	34	11	33	1.88
706606--707031	49	8.6	49	83	11	498	25	24	17	32	1.97
706655--706934	92	3.0	92	85	9	392	25	24	17	31	1.97
706601--707045	141	3.0	141	90	5	656	24	25	17	32	1.96
706888--707335	55	7.8	56	73	15	323	24	24	14	36	1.93
706931--707339	170	2.4	171	93	2	705	23	24	13	37	1.92
708138--708204	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
708158--708182	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708249--708273	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
708281--708401	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
715309--715350	1	42.0	1	90	0	66	95	2	2	0	0.32
715677--715714	8	5.0	8	87	9	53	89	7	2	0	0.57
715675--715714	14	2.9	14	88	7	55	87	10	2	0	0.63
716660--716739	30	2.6	31	90	2	117	25	30	17	27	1.97
716719--717251	34	15.7	33	81	11	582	20	34	12	31	1.91
716716--717447	70	10.4	70	81	13	762	20	34	12	32	1.90
716850--717008	29	5.2	28	78	16	165	21	34	13	30	1.92
716851--717447	62	9.1	62	76	17	425	19	34	12	33	1.90
717260--717467	34	5.9	35	82	10	253	18	35	12	33	1.88
717260--717467	71	2.9	69	87	7	283	18	35	12	33	1.88
717278--717467	105	1.8	104	87	6	285	20	35	11	33	1.88
717521--717946	49	8.6	49	83	11	498	25	24	17	32	1.97
717570--717849	92	3.0	92	85	9	392	25	24	17	31	1.97
717516--717960	141	3.0	141	90	5	656	24	25	17	32	1.96
717803--718250	55	7.8	56	73	15	323	24	24	14	36	1.93
717846--718254	170	2.4	171	93	2	705	23	24	13	37	1.92
719053--719119	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
719073--719097	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
719164--719188	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
719196--719316	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722688--722740	24	2.2	24	87	9	74	3	7	5	83	0.92
736495--736643	39	3.9	39	69	7	126	43	12	14	28	1.83
736495--736569	20	3.8	20	92	1	125	44	12	13	30	1.80
736441--736643	94	2.2	94	93	1	354	42	13	15	28	1.85
736589--736642	19	2.8	19	91	2	81	44	12	12	29	1.80
737587--737629	22	2.0	22	82	13	54	44	2	2	51	1.27
739046--739107	25	2.5	25	84	5	72	27	19	14	38	1.90
742988--743016	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
748409--748455	21	2.2	21	85	11	60	70	2	2	25	1.10
749283--749324	16	2.5	17	75	21	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5