genome.fa.s411.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold411
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  403047

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 332 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172050--172113	20	3.0	20	81	9	65	18	0	6	75	1.01
172069--172139	28	2.4	31	83	9	85	15	1	5	77	1.02
172050--172140	16	6.0	15	74	15	62	18	1	5	74	1.07
173793--173855	16	4.0	15	78	13	56	38	6	3	52	1.43
185114--185138	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
187199--187229	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
193983--194026	19	2.3	20	80	11	56	72	0	4	22	1.02
194178--194309	64	2.0	64	82	7	160	57	12	9	21	1.62
194693--194741	22	2.2	21	85	7	62	48	2	6	42	1.39
195199--195301	49	2.1	47	82	10	129	37	0	0	62	0.96
195228--195310	22	3.5	23	67	23	64	42	1	0	56	1.07
197056--197115	28	2.0	30	81	9	70	33	1	5	60	1.29
197309--198007	326	2.2	325	88	3	1016	38	9	11	40	1.73
199582--199704	55	2.2	56	94	4	221	53	10	30	4	1.56
200579--200618	2	20.0	2	89	0	62	45	0	0	55	0.99
201298--201330	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
204158--204225	34	2.0	33	94	2	118	42	4	0	52	1.21
204273--204323	10	4.8	10	75	20	50	72	0	0	27	0.85
204272--204323	20	2.4	21	78	12	61	71	0	0	28	0.87
204295--204320	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
205320--205356	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
205718--205771	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208353--208473	59	2.1	59	95	0	215	24	22	20	32	1.98
209669--209720	25	2.1	25	92	0	86	23	28	15	32	1.95
211002--212492	744	2.0	744	95	0	2671	31	26	19	21	1.98
213474--213508	11	3.2	11	88	12	54	82	17	0	0	0.66
213460--213515	22	2.5	22	75	11	60	73	14	7	5	1.23
217526--217563	20	1.9	20	100	0	76	42	10	10	36	1.74
217496--217559	33	1.9	33	84	12	87	42	9	14	34	1.77
219054--219131	39	2.0	39	87	0	111	28	21	23	26	1.99
218950--219227	49	6.2	45	74	16	227	31	19	24	25	1.98
219246--219428	28	6.4	29	80	9	191	21	16	29	32	1.95
219246--219430	57	3.3	57	81	7	189	21	16	29	32	1.95
219270--219428	85	1.9	86	90	4	259	20	16	29	33	1.95
220563--220603	17	2.4	17	91	0	64	0	0	14	85	0.60
220571--220605	18	1.9	18	94	0	61	0	0	14	85	0.59
220562--220602	8	5.0	8	85	5	55	0	0	17	82	0.66
220563--220603	10	4.4	9	85	14	57	0	0	14	85	0.60
226622--226728	20	5.7	19	75	18	91	28	14	14	42	1.86
226659--226689	13	2.4	13	88	0	53	29	12	16	41	1.85
226622--226724	53	1.9	52	83	11	129	28	14	15	41	1.86
229026--229220	51	3.8	51	79	6	171	30	23	9	36	1.87
229178--229348	79	2.2	78	86	9	251	25	27	15	30	1.96
235530--236170	61	10.4	61	82	7	704	24	26	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235530--236170	123	5.2	122	83	5	754	24	26	19	29	1.98
236154--236660	43	11.5	44	79	12	442	20	29	13	37	1.91
236195--236689	178	2.8	178	92	1	789	18	28	12	39	1.88
237525--237714	53	3.6	53	69	11	140	28	16	14	40	1.88
237625--237694	33	2.1	33	91	0	113	25	18	14	41	1.88
237656--237715	20	3.0	20	85	7	86	30	18	11	40	1.86
237648--237675	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
239996--240207	51	4.2	51	82	3	250	30	25	8	34	1.87
240161--240359	76	2.6	76	92	0	326	27	25	13	34	1.93
240313--240432	51	2.4	51	84	8	163	26	25	13	34	1.93
240237--240481	130	1.9	127	85	5	341	26	24	13	35	1.93
245857--245976	52	2.3	52	94	0	204	29	17	18	35	1.94
245857--245996	52	2.7	52	85	4	176	30	17	19	33	1.94
246050--246116	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
246072--246096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
246832--246958	67	1.9	68	81	4	159	39	10	25	25	1.87
246971--247788	49	16.7	49	84	6	1034	30	17	26	25	1.97
246971--247788	101	8.4	99	91	4	1204	30	17	26	25	1.97
247606--247673	21	3.2	21	65	19	59	30	17	25	26	1.97
247781--247891	33	3.5	32	88	8	165	19	17	35	27	1.94
247895--248124	34	6.9	34	90	4	328	33	13	34	18	1.89
248092--248145	27	2.0	27	92	0	90	27	18	33	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256521--256736	30	7.1	30	87	3	263	23	31	14	30	1.94
256528--256748	62	3.7	61	83	6	272	23	30	14	30	1.95
256806--257414	27	20.9	27	79	12	495	21	32	12	32	1.91
256715--257252	121	4.4	121	84	6	628	21	32	12	33	1.91
257128--257225	34	2.9	33	86	10	135	22	32	12	32	1.91
257044--257497	88	5.2	82	73	16	333	22	33	13	30	1.93
256806--257414	149	4.2	145	84	7	668	21	32	12	32	1.91
257274--257340	34	2.0	34	84	0	89	17	34	11	35	1.87
256829--257497	115	5.6	114	83	6	466	21	32	12	32	1.92
257432--257553	29	4.2	29	77	9	124	31	32	16	18	1.93
257570--258337	49	16.7	49	73	15	597	26	26	17	29	1.97
257623--258142	39	11.9	39	69	20	242	27	26	17	28	1.98
257582--257750	88	1.9	88	91	0	275	28	26	16	28	1.97
257580--258011	221	2.0	215	83	6	530	28	27	17	27	1.98
257712--258138	87	4.9	87	90	2	653	27	26	18	27	1.98
257712--258138	175	2.5	173	90	1	667	27	26	18	27	1.98
258064--258346	100	2.8	101	86	1	406	24	25	17	33	1.96
258060--258436	101	3.8	101	82	2	420	24	25	18	32	1.97
259201--259254	21	2.7	21	80	5	67	38	12	14	33	1.85
259305--259332	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
259285--259350	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
263903--263934	14	2.2	15	94	5	57	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263908--263951	21	2.0	22	91	8	72	27	0	0	72	0.85
263908--263949	19	2.1	20	86	8	59	26	0	0	73	0.83
264171--264224	18	3.0	18	87	12	76	77	0	16	5	0.94
264175--264223	24	2.1	23	88	3	71	79	0	16	4	0.88
264233--264281	22	2.2	23	88	3	73	20	2	2	75	1.00
263848--264773	343	2.7	337	85	7	1199	40	3	9	46	1.53
264499--264564	19	3.4	19	81	8	71	75	0	21	3	0.93
264573--264628	23	2.7	20	86	8	67	21	1	5	71	1.15
263846--264773	342	2.7	339	84	7	1207	40	3	9	46	1.54
264765--264824	30	1.9	32	86	6	88	35	13	1	50	1.52
265637--265688	22	2.5	21	81	15	63	44	0	0	55	0.99
265630--265701	27	2.8	26	81	10	85	47	0	0	52	1.00
266177--266223	19	2.5	19	85	0	58	12	2	6	78	1.02
268722--268787	17	3.9	16	77	15	62	59	10	1	28	1.40
269936--270153	79	2.8	79	81	4	253	34	15	23	26	1.94
270088--270206	51	2.3	51	88	0	184	31	14	26	27	1.95
270059--270707	158	4.1	159	85	3	737	32	13	26	27	1.94
270249--270345	51	1.9	51	84	0	131	38	8	20	32	1.82
270304--270679	51	7.2	51	66	14	160	31	13	27	28	1.93
270349--270422	27	2.7	28	83	6	98	27	17	31	24	1.97
270504--270575	28	2.6	28	89	10	112	27	19	30	22	1.98
270174--270710	158	3.4	156	87	3	747	32	13	25	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270698--270806	51	2.1	51	86	0	146	33	9	23	33	1.87
270535--270888	130	2.7	130	89	1	523	32	12	25	29	1.92
270745--270998	79	3.2	79	87	1	339	30	12	26	29	1.93
270973--271026	28	1.9	28	84	0	72	29	14	27	27	1.95
279267--279316	10	5.0	10	88	7	66	84	10	0	6	0.79
279267--279308	10	4.0	11	90	9	70	83	9	0	7	0.81
279267--279330	11	5.9	10	83	7	65	82	10	1	4	0.88
279268--279320	21	2.5	21	87	3	79	84	9	0	5	0.76
280558--281061	28	17.6	28	85	5	523	28	31	16	23	1.96
280557--281061	56	8.8	56	84	3	578	28	31	16	22	1.96

Tables:   1   2   3