genome.fa.s411.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold411
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  403047

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 332 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
403--438	15	2.4	16	86	13	58	47	19	19	13	1.83
2643--2688	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
5053--5116	19	3.7	19	76	23	86	37	18	15	28	1.92
5072--5129	13	4.0	13	76	23	62	37	17	15	29	1.90
5053--5130	32	2.4	32	100	0	156	37	19	15	28	1.92
9772--9837	33	2.0	33	90	0	105	39	12	16	31	1.85
9855--9912	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
12348--12395	20	2.4	20	82	6	62	37	12	8	41	1.73
13054--13175	37	3.3	37	94	0	208	22	3	22	52	1.61
17018--17082	32	2.0	32	84	3	85	27	16	13	41	1.87
17005--17250	120	2.1	120	97	0	467	33	21	14	30	1.93
20373--20500	52	2.5	52	94	0	220	28	18	17	35	1.93
20509--20533	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20574--20671	19	5.8	18	69	28	81	37	17	11	33	1.85
20593--20649	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
20572--20669	32	3.0	32	93	1	169	36	17	11	34	1.85
30487--30540	13	4.2	13	92	0	90	31	12	14	40	1.84
32406--32431	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
36112--36156	22	2.0	22	86	0	63	37	2	0	60	1.09
37052--37081	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
37628--37670	17	2.5	18	81	11	54	69	6	6	16	1.32
46783--46808	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47507--47550	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
49356--49394	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
51473--51503	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
53307--53351	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
55578--55603	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
63827--63951	20	5.7	20	71	18	97	41	12	16	29	1.85
64662--64776	49	2.5	45	83	8	140	34	20	24	20	1.96
64802--64978	71	2.5	71	93	0	291	23	16	24	35	1.95
64918--65826	28	32.1	28	87	3	995	23	17	29	29	1.97
67037--67086	25	2.0	24	80	7	55	2	10	10	78	1.06
83569--83786	34	6.9	30	71	20	99	21	33	13	32	1.92
83603--83786	34	5.7	34	75	11	197	19	34	12	33	1.89
83599--83817	60	3.5	62	85	8	275	18	34	13	33	1.90
83656--83786	67	1.9	68	93	1	228	18	33	12	35	1.88
83593--83865	127	2.1	130	84	6	349	20	33	13	32	1.91
83853--83989	32	4.4	31	88	5	204	28	37	17	16	1.92
83828--83989	64	2.5	64	89	7	231	27	35	17	19	1.94
83977--84344	43	8.1	43	83	10	450	25	25	17	30	1.97
83977--84344	92	4.1	86	88	7	450	25	25	17	30	1.97
84028--84344	135	2.3	135	95	2	582	25	24	18	30	1.98
84255--84322	22	3.1	22	62	19	52	25	23	19	32	1.97
84298--84635	52	6.1	55	72	14	221	23	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84316--84728	227	1.8	228	85	5	586	23	24	15	37	1.93
84468--84662	52	3.7	52	75	6	133	25	24	14	35	1.93
85986--86032	21	2.3	20	82	13	60	25	17	14	42	1.87
88624--88668	22	2.0	23	82	4	56	46	2	20	31	1.62
92388--92442	20	2.8	20	82	0	65	34	12	14	38	1.84
92460--92536	20	3.8	20	84	0	100	31	11	12	44	1.79
92480--92660	73	2.5	72	82	6	222	29	13	14	41	1.84
92551--92607	20	2.8	20	83	5	69	33	12	14	40	1.83
92596--92692	31	3.4	31	65	26	95	26	18	13	41	1.88
92571--92711	54	2.7	54	94	4	245	30	15	14	39	1.88
94852--95089	97	2.5	97	94	1	406	28	31	11	28	1.92
97642--97843	79	2.6	79	83	3	228	29	16	28	25	1.97
97795--97864	28	2.5	28	88	0	95	24	17	35	22	1.95
97855--97979	52	2.4	52	77	6	128	32	11	24	31	1.90
100337--100362	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
100316--100382	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
100402--100469	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
100424--100448	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
100405--100467	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
100525--100581	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
102081--103094	55	18.4	55	91	3	1523	20	20	30	28	1.98
102842--102931	26	3.3	26	68	14	74	20	17	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102872--102960	29	3.2	29	67	20	89	19	19	33	28	1.96
116517--116718	79	2.6	79	83	3	228	29	16	28	25	1.97
116670--116741	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
116730--116854	52	2.4	52	78	6	137	32	12	24	30	1.92
119214--119239	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
119193--119259	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
119279--119346	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
119301--119325	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
119282--119344	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
119402--119458	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
119467--119492	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
127373--127400	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
127453--127515	19	3.7	18	76	24	73	38	17	12	31	1.87
127445--127515	32	2.2	32	94	0	124	38	18	12	30	1.88
127471--127497	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
128196--128487	52	5.7	51	81	8	326	33	18	24	23	1.97
128186--128485	101	2.9	101	84	5	322	33	18	24	23	1.97
128196--128487	153	1.9	155	87	4	430	33	18	24	23	1.97
128525--128657	49	2.7	50	83	5	173	33	14	26	26	1.94
128734--128823	30	3.1	30	78	12	114	24	15	28	31	1.96
128724--128817	28	3.3	28	80	11	118	19	15	29	35	1.93
130261--130302	4	10.8	4	84	5	50	0	0	16	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130259--130307	12	4.2	12	87	5	66	0	0	14	85	0.59
130259--130333	8	9.5	8	79	13	59	0	4	12	84	0.76
130276--130328	21	2.6	21	87	3	72	0	5	9	84	0.76
135361--135442	28	3.0	28	82	8	89	26	17	32	23	1.96
135428--135596	52	3.2	51	82	5	212	32	11	26	29	1.92
135611--135736	51	2.4	50	83	7	153	34	11	20	33	1.89
135478--135729	133	1.9	133	80	4	294	34	13	23	29	1.92
135395--135738	185	1.9	183	85	4	485	33	12	25	29	1.92
138106--138131	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
138085--138151	33	2.0	33	88	0	98	43	14	16	25	1.86
138223--138301	21	3.8	21	78	6	88	34	15	15	35	1.89
138408--138501	42	2.2	42	83	5	109	43	12	24	19	1.85
138480--139137	55	11.3	59	88	4	773	25	20	28	26	1.99
152539--152620	28	3.0	27	83	7	94	26	17	31	24	1.97
152603--152774	52	3.3	51	81	8	211	31	11	27	30	1.91
152598--152941	105	3.3	102	71	14	293	31	11	25	30	1.92
152757--152827	27	2.6	28	80	8	83	22	18	32	26	1.97
152816--152941	51	2.4	51	80	4	135	32	11	22	34	1.89
152545--152943	212	1.9	212	88	2	604	30	12	27	29	1.93
155288--155313	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
155267--155333	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
155431--155456	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155410--155476	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
155199--155489	143	2.0	143	100	0	582	37	14	17	30	1.89
155496--155563	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
155518--155542	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
155499--155561	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
155618--155675	21	2.8	21	97	0	107	37	18	10	32	1.85
165694--165756	32	2.0	32	93	0	108	34	17	12	34	1.88
171900--172028	20	6.8	20	74	17	123	21	26	8	43	1.81
171927--172040	37	3.1	37	92	3	194	21	27	7	42	1.80
172050--172123	8	9.8	8	73	16	59	17	1	6	74	1.11

Tables:   1   2   3