genome.fa.s430.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold430
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  426104

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962--1019	20	2.9	19	82	7	71	34	12	13	39	1.82
4944--4992	14	3.4	14	76	15	55	48	2	0	48	1.12
4940--5019	29	2.7	29	84	5	99	51	3	0	45	1.19
5852--5876	11	2.3	11	100	0	50	16	0	24	60	1.36
5830--5934	45	2.3	45	91	0	174	22	1	23	51	1.58
6240--6278	18	2.2	17	86	13	53	33	0	0	66	0.92
7074--7121	17	2.8	17	81	9	53	72	4	4	18	1.17
8464--8839	195	1.9	192	90	2	601	55	7	2	34	1.40
8846--8875	10	2.9	10	95	5	51	0	13	0	86	0.57
8973--9013	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
9514--9574	20	2.8	23	73	16	67	57	0	0	42	0.98
9535--9613	33	2.4	31	78	19	79	59	2	0	37	1.11
10118--10167	20	2.4	21	93	3	84	24	6	28	42	1.78
10809--10862	19	2.7	21	82	5	76	40	12	14	31	1.84
11791--11840	20	2.5	20	100	0	100	20	20	10	50	1.76
16446--16473	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17354--17412	13	3.8	17	75	20	67	52	0	0	47	1.00
17353--17412	30	2.0	30	93	3	104	53	0	0	46	1.00
17687--17724	20	1.9	19	89	5	58	44	2	0	52	1.14
18970--19027	30	2.0	29	86	10	82	34	3	12	50	1.57
19012--19044	10	3.0	11	86	13	50	54	0	0	45	0.99
20734--20802	19	3.6	19	76	19	81	44	8	11	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20724--20782	19	3.0	20	70	22	61	42	8	13	35	1.75
20975--20999	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
21087--21145	21	2.9	21	80	12	77	37	18	15	28	1.91
27183--27257	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
27180--27257	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
27830--29602	28	61.2	28	84	7	1770	21	17	32	28	1.96
27830--30184	145	16.5	141	83	7	1888	23	17	32	26	1.96
27863--29466	692	2.3	691	90	4	2523	21	18	32	27	1.97
28368--30184	28	64.0	27	86	5	1028	23	16	33	26	1.96
28368--30184	137	12.8	135	82	7	1028	23	16	33	26	1.96
33408--33461	22	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
34375--34446	20	3.6	19	75	7	72	40	9	13	36	1.78
34372--34449	40	2.0	39	89	2	120	39	11	12	35	1.80
34847--34888	20	2.1	20	100	0	84	45	23	16	14	1.84
37348--37452	48	2.2	49	81	8	117	31	11	20	37	1.88
39904--39956	20	2.7	20	90	0	70	37	11	16	33	1.85
40024--40082	21	2.9	21	87	12	95	37	16	15	30	1.90
40003--40082	41	1.9	41	85	10	108	40	16	13	30	1.87
41371--41404	16	2.1	17	89	10	54	35	5	0	58	1.22
43489--43513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
43469--43535	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
43576--43600	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43609--43737	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
46865--46912	17	2.8	17	78	9	62	64	4	4	27	1.30
47019--47062	3	14.7	3	95	0	79	34	2	0	63	1.07
47539--47593	24	2.3	24	75	3	58	61	0	0	38	0.96
47777--48411	315	2.0	315	99	0	1261	33	23	16	27	1.96
48458--48507	20	2.4	21	93	3	84	24	6	28	42	1.78
51523--51561	20	2.1	18	85	9	51	58	7	0	33	1.26
51968--52009	22	1.9	22	85	0	57	54	2	2	40	1.26
52274--52299	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
52638--52672	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
53549--53606	27	2.0	27	87	9	80	51	0	0	48	1.00
53655--53694	15	2.5	16	84	12	55	7	12	30	50	1.68
53883--53920	20	1.9	19	89	5	58	44	2	0	52	1.14
53994--54047	27	2.1	27	86	10	78	20	3	5	70	1.23
55180--55246	2	35.5	2	77	16	54	47	1	4	46	1.31
55168--55238	34	2.1	33	87	12	101	42	1	9	46	1.46
55214--55243	5	5.8	5	96	4	51	56	0	0	43	0.99
56673--56698	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
60526--60589	19	3.3	19	74	20	69	50	6	12	31	1.65
60518--60594	39	2.0	39	94	0	136	45	6	12	35	1.69
60518--60574	19	2.9	20	73	23	66	43	7	14	35	1.72
60871--60929	21	2.9	21	85	12	86	37	15	15	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64312--64350	20	2.0	20	94	0	69	48	23	10	17	1.78
68845--68883	21	1.9	20	89	5	60	35	17	10	35	1.84
74380--74528	52	2.9	52	87	4	219	29	18	18	33	1.95
74517--74541	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
74603--74627	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74582--74647	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
75444--75735	43	6.0	52	77	13	196	33	16	23	26	1.96
75551--76276	43	16.1	43	71	17	433	32	16	25	25	1.96
75507--75738	43	4.9	48	77	13	250	32	17	24	25	1.97
75507--75733	92	2.4	93	92	2	375	32	17	24	25	1.97
75882--75949	22	3.1	22	62	19	52	30	17	25	26	1.97
75376--76043	309	2.2	309	96	0	1230	34	15	24	25	1.95
75817--76276	92	5.0	93	92	2	748	31	17	25	25	1.97
76271--76473	33	6.2	33	88	6	308	18	16	34	30	1.93
76271--76473	67	3.1	66	87	7	308	18	16	34	30	1.93
76455--76974	67	7.7	69	82	8	525	34	12	33	20	1.90
76488--76974	34	14.4	34	81	7	519	34	12	32	20	1.90
76509--77127	67	9.5	66	81	11	549	32	13	33	20	1.91
76488--76974	103	4.8	102	84	6	539	34	12	32	20	1.90
76918--77091	57	3.0	57	93	2	276	30	16	31	21	1.95
78064--78107	16	2.6	17	83	16	56	2	2	9	86	0.75
78066--78107	18	2.4	18	81	14	52	2	2	9	85	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78064--78108	11	4.0	11	82	2	54	2	2	11	84	0.80
78346--78385	16	2.5	16	83	0	53	0	2	10	87	0.63
78346--78387	14	3.1	14	86	10	52	0	2	11	85	0.68
78358--78397	18	2.1	18	86	9	53	2	2	10	85	0.80
85259--85387	52	2.5	52	94	0	222	30	17	17	35	1.92
85259--85407	52	2.9	51	88	4	210	31	16	17	34	1.93
85482--85506	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85461--85526	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
87292--87350	22	2.7	22	80	17	70	49	8	11	30	1.69
87436--87488	20	2.7	20	82	5	72	35	16	16	30	1.92
87555--87695	21	6.9	21	84	13	195	38	18	13	29	1.89
87555--87692	20	6.8	20	85	12	183	38	18	13	28	1.90
87560--87695	41	3.3	41	97	0	263	37	19	13	30	1.89
88981--89014	16	2.1	16	89	10	52	35	5	0	58	1.22
94778--94924	16	8.9	16	67	12	64	33	3	6	56	1.42
94839--94931	48	1.9	48	86	2	132	34	4	6	54	1.46
94838--94900	16	3.9	16	83	8	65	34	3	4	57	1.36
96530--96606	38	2.1	36	81	16	86	33	0	10	55	1.34
96722--96751	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
97084--97277	73	2.7	71	78	13	225	31	0	11	55	1.40
104000--104233	88	2.7	88	83	2	294	35	18	5	40	1.75
106513--106548	15	2.4	15	95	0	63	25	25	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106598--106632	16	2.2	16	94	0	61	48	0	0	51	1.00
106614--106674	27	2.3	26	80	8	68	50	1	3	44	1.28
106879--106914	14	2.5	15	91	8	58	30	0	0	69	0.89
112730--112762	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
113680--113745	21	3.2	21	78	6	73	36	24	6	33	1.80
117451--117503	20	2.7	20	81	0	61	37	13	13	35	1.83
117542--117618	20	3.8	20	80	0	91	29	15	14	40	1.87
117440--117647	91	2.3	91	91	1	328	29	17	12	40	1.87
126743--126812	21	3.2	21	78	11	70	71	7	11	10	1.31
128108--128638	32	17.4	32	82	6	443	31	28	18	21	1.97

Tables:   1   2   3   4