genome.fa.s430.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold430
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  426104

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 402 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128105--128623	124	4.2	124	82	9	570	31	28	18	21	1.97
128730--128849	49	2.6	46	79	7	125	23	27	19	30	1.98
129599--129715	51	2.3	51	93	0	198	27	20	11	40	1.88
129559--129686	20	5.8	20	69	21	78	30	17	12	39	1.86
129599--129729	51	2.6	51	90	2	174	29	19	12	38	1.89
132793--132948	30	5.5	30	67	19	118	26	15	17	40	1.90
132773--132902	50	2.6	50	96	2	235	26	15	17	40	1.89
132890--132915	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
132840--132964	62	2.0	63	92	1	207	27	14	17	40	1.88
135610--135635	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
138111--138186	27	2.8	27	90	6	109	23	32	21	22	1.98
138169--138391	52	4.3	52	81	6	211	29	25	12	33	1.92
138374--138450	28	2.8	28	86	4	93	23	35	19	22	1.96
138404--138606	78	2.6	78	79	5	205	24	29	17	29	1.97
139617--139827	80	2.7	78	81	7	253	27	27	13	30	1.94
139882--139950	28	2.5	28	90	9	106	24	34	14	26	1.94
139934--140045	51	2.2	51	85	3	145	26	25	15	33	1.95
139750--140081	158	2.1	158	80	4	366	26	27	14	31	1.95
140083--140179	51	1.9	51	91	0	158	30	24	9	35	1.87
139907--140325	130	3.2	129	77	4	491	27	25	13	33	1.94
139907--140388	260	1.9	260	87	3	711	28	24	13	34	1.93
139907--140390	130	3.7	128	76	6	472	28	24	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140298--140473	79	2.2	79	81	4	194	27	22	13	36	1.92
145807--145901	20	4.8	20	74	7	86	35	16	13	33	1.88
145810--145901	40	2.3	40	98	0	175	34	17	14	33	1.90
148458--148507	15	3.1	16	77	8	57	16	2	24	58	1.49
152558--152593	17	2.0	19	89	10	58	30	2	5	61	1.33
153108--153211	38	2.7	37	84	8	120	25	6	23	44	1.78
160535--160566	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
161316--161365	20	2.4	21	76	6	57	40	14	16	30	1.87
161689--161713	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
161751--163290	391	3.8	394	83	8	1736	39	16	15	28	1.90
162533--163362	416	2.0	410	87	5	1216	39	17	15	27	1.89
165912--165959	14	3.5	13	75	13	51	43	0	4	52	1.20
169112--169137	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
169248--169301	22	2.5	22	76	8	56	38	0	1	59	1.08
169814--169985	86	2.0	86	100	0	344	30	17	19	32	1.95
170233--170291	24	2.4	24	83	8	66	62	1	3	32	1.21
170522--170738	34	6.4	34	86	2	285	24	7	26	40	1.82
170522--170738	102	2.1	101	90	1	344	24	7	26	40	1.82
175146--175364	34	6.5	34	87	2	298	25	7	26	40	1.82
175146--175364	102	2.2	101	91	1	357	25	7	26	40	1.82
179027--179051	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
179007--179073	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179118--179142	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
179151--179275	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
182892--182935	19	2.3	19	92	0	79	25	13	20	40	1.89
186177--186233	13	3.9	13	74	24	51	36	14	15	33	1.88
186157--186254	32	3.0	32	93	1	160	35	11	16	36	1.84
186155--186252	19	5.8	18	68	28	72	34	11	16	37	1.84
186295--186319	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
193561--193603	14	3.0	14	83	10	52	83	9	6	0	0.80
194604--194709	33	3.3	33	72	7	119	22	26	16	34	1.95
194637--194805	29	5.5	30	76	10	108	21	31	15	31	1.94
194580--194839	63	4.1	63	83	6	273	21	31	14	33	1.93
194709--195478	34	24.0	34	73	16	451	19	35	13	31	1.91
194680--195441	95	8.0	96	76	14	342	20	35	13	30	1.91
194842--195078	27	8.0	27	74	18	177	20	37	14	28	1.91
194808--195442	61	10.0	61	78	12	620	19	36	13	30	1.91
194991--195477	100	5.0	97	77	12	324	19	35	13	31	1.91
194710--195479	131	6.0	132	87	7	820	19	35	13	31	1.91
195482--195879	33	12.2	33	87	7	580	29	33	17	19	1.95
195946--196013	21	3.2	21	62	25	52	26	27	17	27	1.98
195925--196290	43	8.1	43	82	10	435	26	25	17	30	1.98
195962--196032	21	3.2	24	61	19	62	26	25	19	28	1.99
195967--196033	22	3.1	22	61	26	52	26	26	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195925--196290	92	4.0	92	90	2	555	26	25	17	30	1.98
195867--196287	135	3.1	136	84	8	505	26	26	17	29	1.98
196194--196334	49	2.8	49	89	3	201	26	23	16	33	1.96
196419--196693	43	5.8	47	80	11	305	25	22	17	34	1.96
196420--196702	92	3.0	92	90	2	431	25	22	17	34	1.95
196603--196756	52	2.9	53	79	4	184	24	22	15	37	1.93
196603--196756	55	2.9	54	83	2	195	24	22	15	37	1.93
197402--197458	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
197382--197479	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
197380--197477	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
202775--202891	20	5.9	19	75	12	110	40	12	15	31	1.85
202781--202894	40	2.8	41	83	9	137	36	14	16	32	1.89
206370--206394	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
207611--207635	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
207756--207801	23	2.0	24	87	8	69	50	10	0	39	1.38
210498--210523	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
213082--213119	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
215200--215230	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
225523--225562	20	2.0	20	90	0	62	42	2	0	55	1.13
226703--226784	42	2.0	42	90	4	130	40	17	9	32	1.82
226771--226823	26	2.0	26	96	0	97	41	16	7	33	1.77
231299--231372	26	2.9	26	84	6	98	41	17	5	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232151--232203	20	2.7	20	77	13	65	41	0	0	58	0.98
232487--232563	13	5.6	13	75	14	66	50	3	0	45	1.20
232487--232542	15	3.9	15	70	27	50	51	1	0	46	1.11
232489--232551	28	2.3	27	78	8	74	49	3	0	47	1.17
232521--232581	27	2.3	26	86	8	79	47	3	0	49	1.18
232568--232596	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
232665--232735	15	4.7	15	74	17	58	45	2	1	50	1.25
234122--234156	16	2.3	15	90	5	52	48	0	0	51	1.00
234413--234958	292	1.9	292	92	0	932	31	15	12	40	1.84
235118--235150	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
236885--236932	24	2.0	25	84	12	64	35	4	0	60	1.16
237599--237638	20	2.0	20	90	4	64	25	5	10	60	1.49
238203--238249	20	2.4	19	85	7	58	53	2	2	42	1.25
238883--238918	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
238953--238990	2	19.5	2	84	15	53	52	0	2	44	1.14
240110--240143	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
241342--241560	122	1.8	121	85	1	312	40	15	8	35	1.79
242625--242688	32	2.0	32	87	3	92	42	9	6	42	1.62
242898--242939	17	2.5	17	88	0	57	19	7	2	71	1.20
249151--249215	24	2.7	24	73	7	60	41	3	21	33	1.69
250576--250613	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
253273--253313	21	2.0	21	85	9	57	39	0	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254930--255063	27	4.9	27	68	17	73	40	0	4	54	1.26
256441--256472	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
256783--256816	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
259848--259895	22	2.2	22	88	7	71	47	0	0	52	1.00
260143--260204	32	1.9	32	86	3	88	58	1	0	40	1.08
260175--260242	20	3.2	20	67	28	50	55	0	0	44	0.99
260158--260242	27	3.5	27	70	26	73	56	1	0	42	1.07
260534--260602	30	2.2	32	80	10	81	43	0	0	56	0.99
260649--260717	23	2.9	23	80	8	68	47	2	0	49	1.16
261291--261356	34	1.9	35	87	9	100	40	0	0	59	0.98

Tables:   1   2   3   4