genome.fa.s435.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold435
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  524057

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 293 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395--2430	14	2.5	14	95	4	63	5	2	91	0	0.49
2395--2440	13	3.7	12	85	5	56	6	2	89	2	0.64
12846--12886	17	2.5	17	92	4	66	21	2	0	75	0.92
13086--13479	158	2.5	156	84	6	494	43	10	9	36	1.72
13534--13592	28	2.1	29	90	3	93	42	18	0	38	1.51
17149--17189	19	2.3	19	88	12	61	51	2	0	46	1.14
17149--17235	10	9.3	9	68	20	54	45	1	1	51	1.16
17693--17748	17	3.2	17	77	18	53	51	1	0	46	1.11
19552--19590	19	2.1	19	100	0	78	12	41	5	41	1.65
26706--26750	13	3.9	12	78	18	51	57	0	0	42	0.98
26698--26750	25	2.0	26	89	7	81	54	0	0	45	0.99
27069--27152	28	3.0	28	76	11	93	46	0	0	53	1.00
27072--27164	36	2.6	38	81	10	106	47	0	0	52	1.00
27065--27149	19	4.5	19	70	22	72	47	0	0	52	1.00
30514--30543	14	2.1	14	93	0	51	20	10	16	53	1.71
34190--34226	18	2.1	18	94	0	65	21	21	8	48	1.76
36998--37040	18	2.5	17	81	7	50	34	6	4	53	1.49
51957--51981	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
52073--52100	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
52255--52293	15	2.4	16	91	8	62	69	0	0	30	0.89
56295--56549	127	2.0	127	83	1	323	39	10	12	37	1.78
62397--62449	21	2.5	22	84	3	72	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62391--62479	38	2.5	35	77	15	92	38	1	0	60	1.04
62471--62500	15	2.1	14	93	6	51	43	0	0	56	0.99
62608--62655	18	2.7	18	78	15	64	35	8	0	56	1.30
62676--62711	18	1.9	19	88	5	56	55	2	0	41	1.14
70997--71036	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
70997--71039	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
71072--71107	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
72415--72488	16	4.6	16	78	6	78	36	28	17	17	1.93
72433--72498	32	2.1	32	88	0	96	39	30	16	13	1.87
73151--73207	11	4.8	12	75	18	57	66	5	3	24	1.28
73141--73200	22	2.7	23	82	10	70	66	5	3	25	1.27
73628--73687	12	4.9	12	78	11	68	0	20	0	80	0.72
73635--73695	30	2.1	29	84	3	77	0	27	0	72	0.85
73923--73963	11	3.3	13	83	16	52	63	0	0	36	0.95
74088--74141	25	2.2	25	86	3	74	1	20	1	75	0.98
75092--75133	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
75508--75537	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
80879--80917	2	19.5	2	94	0	69	51	0	48	0	1.00
86195--86250	25	2.2	26	90	3	87	46	0	0	53	1.00
86309--86347	8	4.8	8	81	6	51	51	0	0	48	1.00
86433--86457	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
92044--92077	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92077--92114	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
92325--92448	51	2.5	50	85	9	164	39	8	8	42	1.67
92818--92852	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
92852--92885	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
93945--93979	2	17.5	2	93	0	61	0	45	0	54	0.99
94955--94982	6	4.7	6	100	0	56	0	17	14	67	1.22
96823--96860	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
97211--97245	15	2.5	13	90	9	52	34	0	0	65	0.93
97219--97278	20	3.1	19	77	20	61	38	1	3	56	1.26
97701--97744	19	2.3	18	81	11	52	50	2	2	45	1.27
97706--97747	21	1.9	21	85	9	57	50	2	2	45	1.27
97706--97735	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
98155--98406	129	2.0	129	91	0	414	29	15	13	40	1.86
98384--98409	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98632--98669	5	7.6	5	93	0	67	63	0	0	36	0.95
102466--102491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
102551--102623	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
102530--102606	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
102530--102623	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
103688--103740	27	2.0	27	100	0	106	37	30	1	30	1.68
104576--104600	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
106009--106173	84	2.0	84	81	9	194	24	19	4	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108206--108231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
108291--108363	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
108270--108346	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
108270--108363	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
109725--109750	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
114028--114055	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
114321--114444	61	2.0	61	96	0	230	37	20	12	29	1.90
114729--114804	34	2.2	33	80	11	82	52	11	13	22	1.72
116947--117080	67	2.0	67	100	0	268	46	10	13	29	1.76
123764--123826	32	2.0	32	87	6	92	39	1	0	58	1.07
123796--123854	19	3.3	18	82	13	77	40	0	0	59	0.97
135003--135041	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
148418--148446	3	9.7	3	100	0	58	65	34	0	0	0.93
155813--155840	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
156979--157011	10	3.7	9	84	15	50	21	24	21	33	1.97
160095--160140	2	23.5	2	91	4	76	52	0	0	47	1.00
162651--162680	14	2.1	14	93	0	51	63	0	0	36	0.95
163134--163180	23	2.0	24	87	4	69	42	2	0	55	1.12
163424--163468	16	2.5	17	82	17	56	40	0	0	60	0.97
163424--163472	18	2.7	18	78	12	64	42	0	0	57	0.99
164874--164914	18	2.3	18	84	12	57	39	0	7	53	1.29
165807--165892	29	3.1	28	77	11	95	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165835--165879	23	1.9	24	90	4	74	62	0	0	37	0.96
166334--166375	17	2.4	18	84	8	59	47	2	9	40	1.49
166390--166432	21	2.0	21	90	0	68	55	2	4	37	1.33
166394--166442	21	2.2	21	82	7	53	59	4	2	34	1.28
170721--170758	18	2.1	18	90	9	60	78	5	0	15	0.91
172223--172274	22	2.4	22	83	3	61	40	0	3	55	1.18
173885--173923	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
178169--178202	17	2.0	17	88	0	50	67	2	0	29	1.05
178897--178955	29	2.1	28	87	9	84	64	1	0	33	1.04
178951--178997	19	2.3	21	82	10	62	36	2	0	61	1.08
194884--194962	32	2.5	32	81	8	81	53	2	0	44	1.14
196055--196079	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
197037--197080	2	22.5	2	90	4	72	47	0	2	50	1.13
199326--199351	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
203532--203583	15	3.2	17	75	20	58	42	1	0	55	1.10
203864--203910	14	3.2	14	80	17	51	27	0	4	68	1.08
204327--204383	20	2.9	19	85	10	71	56	1	0	42	1.10
204264--204397	66	2.0	67	81	8	157	48	5	0	44	1.32
211327--211363	18	2.1	18	94	0	65	16	13	35	35	1.88
213227--213369	64	2.2	64	88	2	216	32	13	23	31	1.93
217580--217608	3	9.7	3	100	0	58	0	31	34	34	1.58
218260--218299	20	2.0	21	90	5	64	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221088--221132	19	2.3	19	85	14	65	46	0	0	53	1.00
221098--221150	24	2.2	24	83	9	65	50	1	0	47	1.12
221089--221138	18	2.6	19	78	15	59	46	0	0	54	1.00
221383--221428	13	3.5	13	79	8	58	52	0	10	36	1.37
222021--222064	16	2.7	16	86	10	54	70	2	0	27	0.99
227091--227252	82	2.0	82	91	0	261	31	22	19	25	1.98
229491--229547	28	2.0	28	93	0	96	26	8	24	40	1.84
240753--240801	21	2.2	21	78	7	53	36	8	4	51	1.51
240876--240929	21	2.6	21	88	5	74	44	1	5	48	1.37
240872--240929	11	5.5	11	70	15	50	41	1	5	51	1.34

Tables:   1   2   3