genome.fa.s436.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold436
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  700632

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  2  of  5  ( 580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146289--146426	43	3.1	43	90	5	195	26	26	18	28	1.98
146380--146518	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
147334--147400	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
147354--147378	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147441--147465	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
156240--156321	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
156304--156474	51	3.3	51	78	4	189	33	11	25	29	1.91
156457--156532	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
159468--160440	55	17.6	54	88	6	1328	21	20	29	28	1.98
159523--159612	26	3.3	26	66	19	67	20	18	33	27	1.96
160026--160166	28	5.1	27	62	15	65	21	19	31	28	1.97
160194--160334	26	5.2	26	65	21	92	17	19	34	29	1.95
161404--161478	25	3.0	23	75	14	69	0	9	8	82	0.84
161419--161478	11	4.8	12	86	12	77	0	5	10	85	0.75
163068--163225	63	2.5	63	85	5	205	23	28	17	30	1.97
163204--163348	31	4.8	30	67	12	91	26	28	15	28	1.96
163143--163346	92	2.2	90	87	6	295	25	29	16	28	1.97
163373--163624	27	7.7	35	81	10	215	20	33	13	31	1.92
163618--163729	33	3.4	33	88	6	174	25	35	18	19	1.95
163729--164048	49	6.8	47	83	8	368	25	25	18	30	1.98
163958--164476	52	9.6	55	76	13	254	24	25	15	34	1.94
164126--164358	49	4.8	49	84	7	300	24	26	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164181--164319	43	3.1	43	89	5	197	25	26	18	29	1.98
164181--164358	91	1.9	93	88	4	270	25	26	18	29	1.98
163816--164493	314	2.2	314	95	0	1223	24	25	16	33	1.96
165303--165327	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
165391--165418	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
165424--165543	52	2.3	52	97	0	222	36	17	17	28	1.93
169191--169239	22	2.3	20	80	13	53	48	0	6	44	1.27
171061--171104	21	2.1	21	87	8	63	43	0	0	56	0.99
179304--179370	11	6.5	11	72	20	56	38	0	0	61	0.96
179434--179475	19	2.2	19	91	0	66	26	9	9	54	1.63
179480--179571	27	3.2	27	75	21	80	47	0	0	52	1.00
179299--179567	147	1.8	147	90	0	439	40	1	2	55	1.25
179672--179730	21	2.8	21	87	5	75	35	5	27	32	1.79
179693--179736	21	2.1	21	86	0	61	36	6	20	36	1.79
182509--182590	28	2.9	29	82	8	98	29	15	29	25	1.96
182573--182791	51	4.3	51	84	3	251	33	9	25	31	1.88
182725--182903	79	2.3	79	92	1	297	30	15	27	26	1.96
182856--182925	27	2.5	28	88	9	108	24	18	32	24	1.97
182914--183046	51	2.6	52	79	8	153	31	11	25	31	1.91
185381--185433	21	2.6	21	87	3	72	45	13	18	22	1.84
185384--185470	20	4.7	20	72	20	80	45	13	16	24	1.83
185424--185448	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185405--185468	33	1.9	33	100	0	128	45	12	15	26	1.82
185502--185555	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
185591--185648	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
186353--186975	55	10.9	55	83	9	695	24	19	28	27	1.99
187974--188028	14	4.0	13	84	11	65	1	7	7	83	0.87
187978--188026	12	3.9	12	78	7	53	2	6	6	85	0.80
188005--188043	19	2.2	18	86	13	55	2	2	10	84	0.81
187977--188040	29	2.2	29	83	5	76	3	6	7	82	0.92
200431--200515	28	3.0	28	84	6	111	30	14	30	24	1.94
200495--200714	51	4.3	51	85	2	253	34	11	25	29	1.91
200647--200825	79	2.3	79	91	3	281	29	15	27	26	1.96
200836--200957	51	2.4	51	84	5	147	32	12	23	31	1.92
203325--203350	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
203402--203455	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
203493--203548	21	2.6	22	80	8	71	33	16	14	35	1.88
204254--204903	55	11.3	55	82	11	688	24	19	28	27	1.99
206099--206159	31	1.9	30	90	9	95	60	1	0	37	1.07
207114--207289	20	8.8	20	73	20	138	27	17	14	41	1.87
207221--207250	13	2.4	13	94	5	53	33	16	10	40	1.82
207201--207269	32	2.1	33	94	2	122	28	18	11	40	1.86
207184--207289	52	2.0	53	83	8	137	29	16	12	41	1.85
209584--209752	51	3.3	51	82	3	171	27	26	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216054--216552	61	8.3	61	85	8	569	24	27	20	26	1.99
216054--216552	123	4.2	118	85	8	607	24	27	20	26	1.99
216382--216470	28	3.2	28	66	12	83	25	24	20	29	1.99
216207--216552	117	3.0	117	89	3	538	25	26	20	27	1.99
216534--216640	42	2.4	45	83	9	132	24	31	14	29	1.94
216678--216850	42	4.1	42	82	10	183	20	24	10	43	1.84
216473--216793	147	2.2	148	90	2	493	22	27	15	34	1.95
216678--216873	87	2.3	87	84	3	252	21	25	11	41	1.87
216877--216976	41	2.5	40	80	8	112	16	25	12	47	1.80
217595--217624	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
217644--217694	20	2.5	20	87	6	68	27	17	13	41	1.87
217657--217726	33	2.1	33	94	0	122	30	17	12	40	1.87
217687--217746	20	3.0	20	87	7	86	33	15	11	40	1.83
217644--217746	53	1.9	53	84	7	138	30	16	12	40	1.85
217677--217707	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
220092--220212	51	2.4	51	87	5	156	30	26	11	31	1.91
220148--220555	79	5.2	78	82	5	502	26	26	15	31	1.95
221291--221332	21	2.0	21	100	0	84	38	14	19	28	1.90
222197--222228	16	2.0	16	93	0	55	31	21	31	15	1.95
222556--222614	29	2.1	28	84	9	77	28	40	16	13	1.87
222628--222840	74	2.9	73	83	2	259	30	37	19	12	1.89
227022--227375	184	1.9	184	98	0	690	39	14	27	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234206--234231	9	2.9	9	100	0	52	46	30	11	11	1.76
235947--235996	21	2.3	22	80	13	59	62	14	10	14	1.55
236283--237086	296	2.7	293	80	4	837	19	28	18	33	1.95
236276--237094	211	3.9	209	77	5	564	19	28	18	33	1.95
236241--237108	42	20.6	42	73	8	467	19	28	18	33	1.95
236964--237130	85	2.0	84	84	1	217	15	28	19	36	1.93
237672--237716	8	5.6	8	79	10	56	82	2	0	15	0.77
237665--237716	15	3.3	15	86	7	68	80	1	0	17	0.80
237665--237720	17	3.5	16	85	4	69	78	3	0	17	0.89
237920--237951	16	2.0	16	100	0	64	31	25	31	12	1.92
239155--239227	20	3.7	19	85	7	76	30	15	16	38	1.89
247371--247425	22	2.5	22	90	0	83	36	5	36	21	1.77
247970--247996	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
247951--248014	32	2.0	32	87	9	94	28	15	15	40	1.88
247980--248036	19	2.9	19	86	2	78	35	15	17	31	1.92
248066--248103	20	1.9	20	88	0	58	31	7	18	42	1.79
248065--248133	33	2.1	33	86	10	97	33	8	18	39	1.82
262109--262339	55	4.2	55	87	1	302	27	32	12	27	1.93
262090--263026	56	16.0	56	82	7	553	29	29	16	24	1.97
262090--263050	28	32.7	28	81	10	382	29	28	16	24	1.97
262322--263031	32	23.7	32	85	6	498	31	28	17	22	1.97
262353--263039	189	3.8	180	78	10	639	31	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262240--263046	28	27.2	29	81	10	546	30	28	17	23	1.97
267685--267741	30	1.9	30	85	7	80	45	10	21	22	1.82
271426--271492	31	2.2	31	86	5	91	31	20	0	47	1.51
279349--279408	13	5.1	13	76	19	69	33	16	15	35	1.90
279350--279425	33	2.3	33	100	0	152	35	17	15	31	1.91
279363--279431	20	3.8	20	73	25	80	37	15	15	30	1.90
279477--279501	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
279458--279526	33	2.1	33	84	10	88	33	11	15	39	1.84
284940--284977	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
285010--285062	13	4.1	13	97	0	97	30	13	16	39	1.87

Tables:   1   2   3   4   5