genome.fa.s436.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold436
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  700632

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361--414	20	2.7	20	91	0	81	48	16	11	24	1.79
1592--1725	38	3.5	37	74	5	106	45	2	10	41	1.54
1888--2022	67	2.0	67	86	0	189	40	7	16	36	1.76
1783--2225	193	2.3	191	91	1	715	38	6	18	36	1.75
2216--2433	89	2.4	91	81	6	246	40	8	19	30	1.82
9310--9386	20	3.8	20	74	3	66	42	11	12	32	1.80
10285--10636	28	12.5	28	86	0	461	22	16	30	30	1.96
11843--11893	20	2.4	20	87	9	66	1	3	11	82	0.89
11866--11891	12	2.2	12	100	0	52	0	0	7	92	0.39
16163--16229	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
16688--16713	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
16752--16827	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
16772--16845	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
16752--16845	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
17465--17508	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
18502--18526	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
21653--21719	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
22178--22203	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22242--22317	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
22262--22335	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
22242--22335	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
28092--28432	79	4.3	79	87	1	450	28	26	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28092--28424	159	2.1	158	88	2	479	29	26	13	30	1.94
31514--31759	98	2.5	97	82	5	262	39	12	20	28	1.89
33062--33094	14	2.4	14	90	10	50	48	15	6	30	1.69
34154--34205	20	2.5	20	84	12	61	34	13	13	38	1.84
38421--38760	174	2.0	173	91	1	556	42	16	10	30	1.82
39314--39460	59	2.5	59	80	9	156	19	17	15	48	1.82
39640--39844	60	3.4	59	82	2	221	18	17	16	47	1.83
40096--40331	30	7.9	30	71	8	97	22	18	15	43	1.88
40771--40809	20	2.0	20	89	0	60	51	17	7	23	1.71
40864--40939	20	3.8	20	76	8	66	42	11	10	35	1.76
43848--43882	18	1.9	18	88	0	52	85	5	2	5	0.81
49424--49463	12	3.3	12	85	0	53	67	0	7	25	1.16
51577--51612	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
53293--53328	18	2.0	18	100	0	72	33	5	27	33	1.80
53346--53378	16	2.1	16	88	5	50	45	6	9	39	1.61
57085--57175	46	2.0	46	100	0	182	37	10	24	27	1.89
60642--60678	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
61759--61824	23	2.9	23	100	0	132	27	16	18	37	1.92
64022--64096	35	2.1	35	87	0	105	37	28	1	33	1.66
64030--64114	35	2.4	35	82	3	100	40	27	2	30	1.69
65644--65683	22	1.9	22	85	10	57	47	15	25	12	1.80
71316--72051	166	4.5	166	84	4	832	48	8	11	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71365--72051	331	2.1	330	84	5	879	49	9	11	30	1.70
75161--75226	27	2.3	28	84	12	89	28	18	16	36	1.93
75175--75229	27	2.0	27	96	0	101	27	18	16	38	1.92
78135--78174	16	2.4	16	87	4	53	47	2	5	45	1.38
78154--78205	21	2.4	22	81	12	63	50	0	3	46	1.20
79466--79648	97	1.9	97	82	10	232	36	11	22	30	1.89
81278--81329	19	2.8	19	85	2	70	36	17	15	30	1.91
81351--81388	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
85589--85673	37	2.5	32	77	17	98	38	12	15	32	1.85
85630--85745	50	2.3	50	91	4	180	40	15	15	28	1.88
86817--86890	26	2.6	27	79	16	80	64	0	1	33	1.02
86847--86889	19	2.3	19	84	8	52	67	0	0	32	0.91
86817--86890	28	2.6	28	81	12	80	64	0	1	33	1.02
86848--86889	10	4.2	10	81	9	50	69	0	0	30	0.89
89563--89601	5	7.8	5	83	11	53	23	2	0	74	0.94
90333--90376	3	15.0	3	95	4	81	65	0	0	34	0.93
91032--91206	29	5.9	29	78	5	188	28	9	6	54	1.58
91028--91206	89	2.0	93	85	5	249	27	9	6	55	1.57
91032--91194	60	2.8	57	78	8	182	27	10	7	54	1.61
91329--91366	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
91527--91554	5	5.6	5	100	0	56	21	17	0	60	1.36
92377--92433	20	2.8	20	86	0	78	40	15	14	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92491--92516	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
98188--98212	12	2.1	12	100	0	50	20	8	48	24	1.76
98426--98509	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
98466--98490	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98447--98511	32	2.0	32	96	0	121	33	12	16	36	1.87
98552--98576	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101277--101302	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
103520--103564	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
105369--105399	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
107417--107495	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
107482--107520	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
107641--107687	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
107643--107685	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
109890--109946	20	2.8	20	86	0	78	40	15	14	29	1.87
110004--110029	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116104--116740	34	19.8	33	81	11	658	19	35	13	32	1.90
116133--116247	27	4.0	27	71	16	97	20	36	14	27	1.92
116104--116740	61	10.0	60	81	12	501	19	35	13	32	1.90
116227--116752	67	8.1	68	83	10	574	19	34	12	33	1.90
116104--116740	101	6.6	98	81	12	627	19	35	13	32	1.90
116525--116672	27	5.2	27	84	10	188	20	38	14	27	1.91
116746--116870	32	3.7	34	82	5	137	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116746--116870	66	1.9	67	84	1	171	29	28	20	21	1.98
116876--117326	49	9.7	48	81	11	548	26	26	17	29	1.98
116875--117326	92	4.9	92	95	0	780	26	26	17	29	1.98
119433--119484	19	2.7	20	96	3	97	32	11	19	36	1.87
119473--119510	13	2.9	13	96	0	67	36	18	13	31	1.89
123616--123668	12	4.7	12	71	21	51	15	45	0	39	1.46
123611--123692	33	2.5	33	89	0	119	13	40	1	45	1.51
124386--124427	20	2.1	20	90	0	66	4	9	4	80	0.99
126255--126314	26	2.3	26	94	0	102	41	25	6	26	1.80
126484--126520	16	2.3	16	90	0	56	67	0	5	27	1.12
130985--131036	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
130993--131057	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
130985--131055	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
132061--132115	20	2.7	19	75	10	56	81	5	9	3	0.95
138911--138935	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
138998--139025	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
139031--139150	52	2.3	52	95	0	213	36	16	17	29	1.92
141235--141285	27	2.0	26	88	11	79	25	41	17	15	1.89
143588--143644	24	2.5	22	91	5	87	82	0	12	5	0.82
143617--143649	17	1.9	17	93	0	57	69	0	21	9	1.15
144967--145111	31	4.7	31	82	10	181	27	30	17	24	1.97
144967--145135	62	2.7	61	81	9	191	27	30	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145119--145438	34	9.8	33	78	13	294	21	34	13	30	1.92
145119--145437	61	5.0	61	80	13	320	21	34	13	30	1.92
145089--145557	95	4.9	97	73	16	306	21	33	13	32	1.92
145245--145562	70	4.4	70	79	14	322	20	33	12	33	1.90
145352--145523	87	2.0	87	91	2	283	20	31	12	34	1.91
145447--145583	33	3.9	35	85	11	174	18	33	11	35	1.88
145565--145705	34	4.2	34	92	0	232	27	35	17	19	1.94
145565--145705	67	2.1	67	92	2	230	27	35	17	19	1.94
145705--146470	49	15.7	49	87	2	1098	25	26	17	30	1.98
145705--146470	98	7.9	98	94	1	1224	25	26	17	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5