genome.fa.s440.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold440
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  783396

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378--457	24	3.4	23	78	11	90	72	0	0	27	0.85
378--457	23	3.4	22	73	19	72	72	0	0	27	0.85
389--456	23	2.9	23	81	18	86	69	0	0	30	0.89
9593--9633	11	3.7	11	84	12	57	60	0	0	39	0.96
10213--10251	18	2.1	20	86	13	57	56	5	10	28	1.54
10338--10425	32	2.6	34	78	8	99	56	0	1	42	1.06
10627--10712	32	2.7	31	78	7	93	40	0	3	55	1.17
10636--10717	16	5.1	16	76	8	69	39	0	3	57	1.16
11291--11406	18	6.1	19	76	21	102	42	0	0	57	0.98
11294--11411	29	4.6	23	68	26	67	42	0	0	57	0.98
11291--11374	29	2.9	29	80	18	104	40	0	0	59	0.97
11318--11375	8	7.5	8	74	18	52	43	0	0	56	0.99
11291--11413	38	3.2	37	75	14	99	42	0	0	57	0.98
11295--11406	56	2.0	54	85	10	147	42	0	0	57	0.99
12240--12295	20	2.9	19	76	19	62	46	0	0	53	1.00
12263--12330	32	2.1	33	86	5	93	50	0	0	50	1.00
12311--12387	36	2.1	37	81	11	97	54	2	0	42	1.14
12962--13052	44	2.1	44	87	0	128	51	1	4	42	1.29
16021--16053	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
16129--16166	19	2.0	19	85	10	51	36	2	5	55	1.37
16840--16880	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
16863--16889	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16832--16913	35	2.5	32	76	6	83	40	0	0	59	0.97
20605--20640	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
21951--21989	20	1.9	21	94	5	71	43	0	2	53	1.14
22200--22227	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26880--27047	70	2.3	70	81	9	174	55	2	2	38	1.30
29061--29103	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
30337--30388	3	17.7	3	88	4	79	65	3	0	30	1.10
30389--30434	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
38933--39049	16	6.8	18	69	24	67	41	2	0	55	1.13
38933--39044	15	6.6	16	69	25	54	41	2	0	55	1.14
39019--39091	29	2.4	31	80	15	80	43	1	0	54	1.08
39373--39398	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
39941--40124	91	2.0	91	93	0	314	40	12	9	38	1.75
40079--40242	70	2.3	70	88	1	238	35	14	12	37	1.85
45901--45938	2	19.0	2	88	0	58	44	0	2	52	1.14
46080--46135	25	2.2	25	84	6	69	21	25	8	44	1.81
49010--49058	17	2.9	16	76	11	53	38	0	2	59	1.09
49278--49381	47	2.2	47	81	10	124	50	0	0	48	1.07
49901--49925	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
51370--51433	32	2.0	33	87	3	94	43	15	12	28	1.83
55480--55510	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
57589--57626	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57738--57783	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
60167--60229	19	3.7	18	76	24	73	38	15	17	28	1.91
60185--60242	13	4.0	13	76	23	62	39	15	15	29	1.88
60167--60262	32	3.0	32	93	1	156	40	15	15	28	1.88
61764--61788	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
62106--62141	16	2.1	18	90	10	58	58	0	0	41	0.98
64107--64197	28	3.4	27	67	14	80	49	12	2	36	1.52
64086--64210	53	2.4	52	92	4	200	44	11	1	43	1.49
64637--64681	18	2.5	18	81	0	54	62	0	2	35	1.08
64626--64678	27	2.0	27	81	7	63	62	1	1	33	1.17
64619--64683	23	2.9	23	71	13	64	66	1	1	30	1.10
65039--65090	11	4.6	12	88	11	83	34	0	0	65	0.93
65039--65100	17	3.6	16	76	10	61	35	1	0	62	1.05
65511--65550	19	2.1	19	90	9	64	55	2	0	42	1.13
65856--65907	16	3.2	16	84	7	70	65	5	0	28	1.16
66281--66321	21	2.0	21	95	0	73	41	0	2	56	1.13
66653--66711	21	2.7	22	73	16	61	57	0	0	42	0.98
66662--66709	25	2.0	25	84	11	66	62	0	0	37	0.95
66765--66826	21	2.7	24	73	19	69	56	0	0	43	0.99
66750--66804	18	3.4	17	78	14	62	56	0	0	43	0.99
66974--67020	2	23.5	2	86	0	67	0	42	4	53	1.20
67686--67726	21	2.0	20	85	4	55	26	24	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68188--68229	21	2.0	21	86	9	59	47	0	0	52	1.00
74804--74875	29	2.4	30	88	6	103	58	4	2	34	1.32
76333--76390	29	1.9	31	82	10	75	48	1	3	46	1.29
77088--77127	19	2.1	19	85	0	53	40	0	0	60	0.97
77054--77147	48	2.0	48	85	4	127	42	2	3	52	1.29
77530--77666	68	2.0	68	82	0	166	31	10	15	42	1.81
77932--77976	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
79909--79942	12	2.8	12	90	0	50	50	41	0	8	1.34
86888--86931	15	2.7	18	86	13	60	36	0	0	63	0.95
87420--87459	9	4.1	10	84	15	57	70	0	0	30	0.88
87425--87478	23	2.3	23	84	6	65	72	0	0	27	0.85
87505--87558	18	3.2	17	78	17	58	50	1	1	46	1.23
87768--87848	31	2.4	33	82	10	85	53	4	0	41	1.22
87801--87865	8	8.1	8	79	20	66	50	3	0	46	1.17
88181--88261	8	10.9	8	69	24	61	50	0	0	49	1.00
88188--88251	14	3.7	18	74	25	66	50	0	0	50	1.00
88185--88230	13	3.5	14	80	11	53	50	0	0	50	1.00
88178--88250	31	2.2	32	90	7	112	52	0	0	47	1.00
88219--88287	18	3.7	19	75	14	63	52	0	0	47	1.00
88186--88289	20	5.5	18	72	15	68	53	0	0	46	1.00
88239--88304	20	2.9	24	76	17	86	53	0	0	46	1.00
88165--88298	27	4.9	27	74	16	107	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88536--88592	9	6.1	9	79	4	60	61	1	1	35	1.17
89009--89053	7	6.0	7	80	14	54	28	0	0	71	0.87
89009--89066	16	3.7	16	84	9	75	27	0	0	72	0.85
89008--89066	8	7.5	8	79	9	68	27	0	0	72	0.84
89009--89073	16	4.0	16	84	9	53	30	3	0	66	1.07
90043--90370	177	1.9	177	94	1	586	18	23	14	43	1.87
91667--91693	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
98109--98144	17	2.1	17	89	0	54	52	0	2	44	1.15
98106--98150	23	1.9	24	90	4	74	51	0	2	46	1.13
98624--98662	19	2.1	18	90	4	60	30	0	2	66	1.05
99110--99162	26	2.0	27	85	14	74	52	0	0	47	1.00
100010--100076	23	3.0	22	77	16	75	44	0	0	55	0.99
101198--101254	18	3.4	18	71	24	61	52	0	0	47	1.00
101214--101264	26	1.9	27	84	4	68	52	0	0	47	1.00
101423--101450	12	2.3	12	100	0	56	75	0	0	25	0.81
101498--101525	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
101736--101839	29	3.5	29	67	20	72	41	1	0	55	1.17
101829--101856	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
102762--102803	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
103570--103615	21	2.1	22	84	8	58	45	0	0	54	0.99
105576--105605	13	2.2	13	94	5	51	63	0	0	36	0.95
105949--105990	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106155--106227	10	6.7	10	74	21	58	69	1	2	26	1.09
107607--107660	22	2.5	23	79	11	69	46	0	0	53	1.00
107618--107657	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
108591--108631	22	1.9	21	85	5	55	36	0	0	63	0.95
114600--114652	22	2.5	22	81	9	65	52	0	1	45	1.11
115575--115857	36	7.9	36	82	5	315	13	25	28	32	1.93
115575--115851	108	2.6	108	84	3	362	12	25	28	33	1.93
115575--115851	72	3.8	72	90	1	405	12	25	28	33	1.93
118621--118670	24	2.1	23	81	3	55	8	30	4	58	1.45
119811--119881	32	2.2	33	84	2	90	40	2	1	54	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6